No, cada año se paga solo en una de las dos universidades. El convenio de cotutela establecerá dónde corresponderá pagar las tasas por cada año académico, quedando exonerado el pago de tasas en la otra institución a excepción de la tasa fija administrativa en la UPV/EHU, que tendrá que abonarse anualmente.

No se permitirá la defensa de la tesis hasta que no se hayan cumplido las obligaciones de pago recogidas en el convenio.