Ikastegiko organo bildu gorena Fakultateko Batzarra da, Dekanoak zuzenduta eta gobernu-taldeak, ikastegiko administrazio burua eta ikastegia osatzen duten kidego ezberdinetako kide hautatuek osaturik. Honen iharduerak UPV/EHUko estatutuen menpean daude, 202. Artikuluak arautua, ikastegiko arautegiak ere zuzentzen dituztelarik. Batzarrearen konpetentzien artean, besteak beste, Dekanoaren hautaketa, ikasketa-planak laboratu eta aldatzea, irakasleak kontratatzeko proposamenak, aurrekontuaren banaketa eta akademi antolakuntza aipa daitezke. Arauari jarraiki, seihilabetean behin biltzen da eta, ezohiko eran, behar beste alditan.