Ekonomia eta Enpresa Fakultatea (EEF) konplexua da antolaketa aldetik: ikastegi bat baino gehiago ditu campus guztietan, Araban, Bizkaian eta Gipuzkoan, banatuta. Gradu eta graduondoko ikasketak antolatu, koordinatu eta kudeatzeko prozesuak, irakaskuntzaren zein administrazioaren arlokoak, kide anitzeko gobernu organoen bidez egiten dira, fakultatearen arautegian zehaztutakoari jarraikiz.

EEFa modu deszentralizatuan kudeatu eta koordinatzen da, kide anitzeko organoen arteko hartu emanen bidez. Fakultate Batzarra ikastegiaren gobernu eta administrazio organo gorena da, eta fakultatea osatzen duten talde guztiek dute ordezkaritza. Bere eginkizunak betetzeko egoki diren batzordeak era ditzake.

Kudeaketa lana deszentralizatzeko eta arintzeko, koordinazioko dekanordeak sortu dira, eta koordinazio taldea osatzen dute dekanoarekin, idazkari akademikoarekin eta administrazio buruarekin batera.

Ikastegia osatzen duten lau ataletako bakoitzak Ataleko Batzarra dauka eta Sarrikon, Egoitzako Batzordea. Ataleko batzordeburua koordinazioko dekanordea da eta Egoitzakoa, dekanoa. Era berean, EEFko atal bakoitzean arloko dekanorde bat dago, eta aldian-aldian bilerak egiten ditu bere eskumenen esparruan. Graduondoko Dekanotzaren kasuan, fakultate osorako ditu eskumenak eta Egoitzan dago.

Administrazio eta Zerbitzuetako langileak ere deszentralizatuta daude, eta administrazio buruak koordinatzen ditu.

Aipatutako kide anitzeko organoekin batera, erabakiak hartzeko eta koordinaziorako mekanismoak garatu dira, hala nola dekanoak Mahai Parekidearekin egindako bilerak, sailen zuzendaritzarekin eta aldebiko beste bilera batzuk, barneko kudeaketa eta maila anitzeko gobernantza errazteko.