Nazioarteko Ikasketen Katedraren antolakuntza-egitura honako organo hauek osatua da:

• Katedra Kontseilua
• Zuzendaria 
• Aholku Batzordea 

Kontseilua Katedraren zuzendaritzako kide anitzeko organoa da. UPV/EHUko eta DFV/BFAko kideek osatzen dute. Lehendakaria UPV/EHUko errektorea izango da, edo berak izendatutako pertsona. Katedrako zuzendaria, behin aukeratuta, Kontseiluko kidetzat hartuko da.

Kontseiluak Katedraren orientabide orokorrak onartzeko funtzioa du. Oniritzia ematen die urtero ekintza-planari eta aurrekontuari.

Katedrako zuzendaria kudeaketaren eta zuzendaritzaren arduradun nagusia da. Errektoreak izendatuko du, Katedra Kontseiluak proposatuta.

Kontseiluak Aholku Batzorde bat izendatu ahal izango du, behin eta berriro aipatutako gaietan adituak diren pertsonek osatua.