SEKUENTZIAZIO ETA GENOTIPO AZTERKETEN UNITATEA GENOMIKA ZERBITZUA

Tresnak

Euskal Herriko Unibertsitateko (EHU) Sekuentziazio eta Genotipatze Unitateak DNA markatzaileen sekuentziazio automatikoan eta genotipatzean aurreratutako teknikari eta ekipoak ditu. Nabarmentzekoak dira Sekuentziazio klasikoko eta belaunaldi berriko plataformak (NGS), bai eta SNPak genotipatzeko plataformak ere, formatu-tarte zabal batera egokitzen direnak, eta, horri esker, proiektuen aldakortasun handiko beharretara egokitu daitezke.

Azken ESKAERA: NovaSeq 6000 sekuentziatzaile masiboa (ILLUMINA) https://www.ehu.eus/eu/web/sgiker/-/equipo_mes_febrero_2021
Talde garrantzitsuenen zerrenda:

NGS sekuentziadorea: MiSeq desktop sequencer (ILLUMINA)
NGS sekuentziadorea: NextSeq 550 median througput (ILLUMINA)
NGS sekuentziadorea: NovaSeq 6000 ultra-high throughput (ILLUMINA)
SeqStudio analizatzaile genetikoa (THERMOFISHER)
QPCR plataforma: Juno nanofluidikoa eta BioMark HD System (FLUIDIGM)
PCR denbora errealean CFX96 – CFX384 (BIO-RAD).
PCR denbora errealean 7900HT Fast (Applied Biosystems) Zymark robotarekin, plaka akoplatuen kargagailuarekin.
ASSIST PLUS likidoak banatzeko robotak (INTEGRA)
KingFisher Duo Prime System (THERMOFISHER) DNA erauzteko robota.
Precellys 24 homogeneizatzailea.
M220 Focused-ultrasonicator (COVARIS).
Espektrofotometroak (Nanodrop 1000 eta 8000) eta fluorimetroak (FLX800 eta QuBit).
Labchip GX Touch 24 Nucleic Acid Analyzer (PERKIN ELMER).
Pippin Prep (Sage Science) - DNA Size Selection for NGS.
Termoziklatzaileak GeneAmp PCR System 9700 dual, Veriti eta Simply (THERMOFISHER).
Telstar Bio II Advance biosegurtasuneko 3 kabina.
DNA deskontaminatzeko UV argi-sistemak.

Unitateak laborategiko jardunbide egokien gomendioei jarraituz diseinatutako laborategiak ditu. Laborategi horiek gaur egun Maria Goyri Bioteknologia Zentroko 1. solairuan daude, UPV/EHUren parke zientifikoan (Leioako campusa).

Prozesu guztiak independenteak dira kutsadura gurutzatuaren arriskuak saihesteko. Instalazioak honela diseinatuta daude: DNA erauzteko prozesu guztiak, PCR aurreko prozesuak, PCR osteko prozesuak, emaitzak irakurtzeko eta datuak aztertzeko ekipoak fisikoki bereizita dauden eta erabilera esklusiboko ekipamendua duten instalazioetan egitea. Laborategien multzoak trantsizio-kabinak eta eremuen arteko presio-gradiente bidezko kutsadura prebenitzeko sistema bat ditu.

TRESNA BATZUK BATERA FINANTZATU DITUZTE EUSKO JAURLARITZAK ETA EUROPAKO BATASUNAK EUSKUALDE GARAPENEKO EUROPAKO FUNTSAREN BIDEZ

ZEHAZTASUN HANDIKO KUANTIFIKAZIOA

Nanodrop ND-100

FLX800 (Fluorimetroa, xafla-irakurgailua)

DNAren KALITATE AZTERKETAK eta DNA DIGESTIOEN ETA ANPLIFIKAZIOEN MIGRAZIO EREDUAK

Agilent 2100z Bioanalizatzailea

HAMILTON STARLETen LIKIDOAK BANATZEKO ERROBOTAK

3 unitate (azido nukleikoak ateratzeko 1, 1PrePCR, 1 PostPCR)

TERMOZIKLADOREAK

GeneAMP 9700 APPLIED BIOSYSTEMS: buru bikoitzeko 2 unitate eta buru bakarreko 96ko unitate 1

VERITI APPLIED BIOSYSTEMSen bi unitate: PCR programen malgutasuna Standard edo Fast moduan eta tenperatura programatzeko 6 bloke independiente dituen burua