Ozeano irekiko eta kostaldeko prokarioto-komunitatearen eraketa, dibertsitatea eta funtzioa ezagutzea dugu helburu. Horretarako, talde filogenetikoen konposizioa, biodibertsitatea, ugaritasuna, egitura fisiologikoa, jarduera entzimatikoak, konposatu organikoen kontsumoa eta prozesu fisiologikoak, hala nola bakterioplanktonaren hazkuntza abiadura, arnasketa eta hazkuntza-efizientzia, aztertzen ditugu. Horrela, itsasoko karbono organiko biziaren zatirik handiena osatzen duen taldearen funtzionamenduari buruzko informazioa lortzen dugu. CO2-rainoko materia organikoaren arnasketa eta hazkuntza-efizientzia, interes bereziko arloak dira, bakterioak baitira CO2-a atmosferara askatzearen arduradun nagusiak, gas hau izanik berotegi efektuaren eragile garrantzitsuena. Materia organikoari atxikitutako bakterioen eta bizitza askeko bakterioen arteko desberdintasun funtzionala ere aztertzen dugu, ozeanoko gainazaletik hondorainoko karbonoaren esportazioa oso garrantzitsua baita. Ikerketa lerro hau bai esperimentuen bitartez, bai lagin naturalak analizatuz, mendebaldeko Mediterraneo Itsaso eta ekialdeko Kantauriar Itsasoko eta berriki Ozeano Atlantikoko, Indiako Ozeanoko eta Ozeano Bareko laginak aztertuz garatu da.

Sistema urtarretako mikrobio-elikakatean protozooen (harrapari) eta bakterioen (harrapakin) arteko elkarloturak ezagutzea interesatzen zaigu. Komunitate natural zein ikasketa-eredu diren espezieen mailan elkarloturak aztertzen ditugu eta horretarako ingurune itsastar zein ur gezatako ekosistemen azterketa edota mikrokosmosetan egindako saioak burutzen ditugu. Guri interesatzen zaigun alorretako bat, agregatuei atxikitutako protozoo bakteriboroek burutzen duten funtzioa ezagutzea da, partikula hauek jarduera handiko guneak baitira ur zutabean. Horrela, agregatuei atxikitutako protozooen kolonizazioa eta jarraipena aztertu ditugu, nanoflagelatuek buruturiko partikulei atxikitutako bakterioen barneraketa-abiadura lehendabizi zenbatuz. Beste alor garrantzitsu bat protozoo askok aurkezten duten bakterioen aukeraketa hautagarria da, eta konkretuki seinale kimikoek daukaten garrantzia harrapari-harrapakin elkarrekintzan. Azkenik, bakterioek protozooei aurre egiteko garatzen dituzten erresistentzia mekanismoak aztertu ditugu, horiei esker bakterio-biomasaren %50a kontsumezina izan daitekeelako.

Itsasoan disolbaturiko materia organikoaren konposaketa kimikoa ezagutu, bere esanahia ulertu eta materia organikoaren eraldaketan bakterioplankton heterotrofoak duen eragina aztertzea interesatzen zaigu. Itsas uretako aminoazidoen osaketa eta, konkretuki beraien egoera L- eta D- enantiomerikoen proportzioa ikertzen dugu, azken urteetan materia organikoaren biodegradagarritasunari buruzko informazioa eman dezakeela planteatu izan baita. Ozeano Antartikoan burutu zen DHARMA kanpainan lortutako emaitzek ekialdeko Kantauriar itsasoaren kostaldeko uretan D- eta L- egoera enantiomerikoen metaketari, desagertzeari, bakterioplanktonak buruturiko kontsumoari eta urte-sasoiko aldakortasunari buruzko ikerketak planteatzea eragin zuen. Horrela, bakterioek hazkuntza-garaian D-aminoazidoen kantitate garrantzitsuak jariatzen dituztela ikusi dugu, seguruenik bakterio-hormaren sintesia eta berrantolaketa dela medio. Gainera, konbinatutako D-formak metatu egiten direla medioan eta beraien kontzentrazioen aldaketak ozeanoko materia organikoaren degradazio-egoeraren adierazleak izan daitezkeela ikusi dugu, ozeanoko karbonoaren zikloaren funtzionamenduaren ulermenean garrantzitsuak izan daitezkeelarik.