Ikerketaren Gestioko Zuzendaritza EHUren ikerketa-jarduera koordinatzeaz arduratzen den unitatea da. Zuzendaritzak honako zeregin hauek dauzka bere ardurapean: egitasmoak eta berariazko ikerketa-taldeak, autonomikoak eta estatukoak kudeatzea; trebatzen ari diren ikerketa-langileak eta kontratatutako ikertzaileak txertatzea; eta ikerketarako azpiegituretarako deialdiak egitea.

Gainera, ikerketa-unitatean, unibertsitateko ikerketa-sailetan eta -institutuetan egiten den ekoizpen zientifikoa ebaluatzen da. Jarduera osagarri moduan, zuzendaritza honek euskarria ematen die Ikerketa, Garapen eta Berrikuntza Batzordeari eta EHUko Etika Batzordeari.