EEFk graduondoko ikasketa sorta zabala eskaintzen du ikasketak amaitu dituzten ikasleen prestakuntza beharrei erantzuteko, eta horren bidez ikerketa karrerari ekiteko oinarri bat lortzeko edo lanbidean hobeto jarduteko behar diren baliabideak eskuratzeko. Eskaintza horren artean, 11 unibertsitate master ditugu, ekonomiaren eta enpresaren arloko espezializazio akademiko edo profesionalera bideratuak, gizartearen eskaerari erantzuten dioten berezko 10 master eta titulu inguru, eta hainbat doktorego programa.

Titulazio bakoitzaren koordinazioak eta jarraipenak unibertsitate masterren araudia eta berezko tituluen araudia betetzen ditu. Izan ere, horien bidez UPV/EHUko Graduondoko Batzordeak eskumena dauka Gobernu Kontseiluari graduondoko ikasketak antolatzeko eta kudeatzeko araudiak proposatzeko.

Unibertsitate masterretan, irakaskuntza eskaintza, ikaskuntzaren emaitzen definizioa, irakaskuntzako metodologiak eta ebaluazio sistemak graduondoko bakoitzaren programan eta batzorde akademikoaren bidez zehazten dira, bat etorrita titulazio bakoitzeko memoriarekin. Batzordeak Fakultateko Batzarrak izendatzen ditu, eta batzordeen erabakiak Akademia Antolakuntzako Batzordeak (graduondokoen atalak) eta Fakultateko Batzarrak berretsi behar dituzte. Titulazioari jarraipen txostena egiten dute urtero. Txosten horietan graduondoaren garapenaren balantzea biltzen da eta behar diren hobekuntza ekintzak zehaztu. Kalitate Batzordeak baliozkotzen ditu Fakultateko Batzordeak onartu eta web orrian argitaratu baino lehen.

Berezko tituluen kasuan, programa bakoitzak definitzen ditu, batzorde akademikoen bidez, eskuratu beharreko gaitasunak eta ikaskuntza-prozesua. Sortu berriak diren titulazioen kasuan, Fakultateko Batzarrak onartu behar ditu. Ikasturtea bukatutakoan, proposamena egin duten eta/edo antolatu duten organoek azken memoria eta txosten ekonomikoa aurkeztu beharko dituzte.

Zeharkako gai jakin batzuk bideratu eta koordinatzeko lanaz EEFko Graduondoko Dekanotza arduratzen da, batez ere kalitatearekin zerikusia duten prozesuei, zabalkunde estrategiei, plangintza estrategikoari edo araudiko aldaketa sakonei buruzko gogoetei dagokienez. Konplexutasun txikiko gaiak modu telematikoan ebazten dira, eta garrantzi handienekoak EEFko Graduondoko Komunitatearen bilera presentzialetan eztabaidatzen dira (titulazio bakoitzeko ordezkariek osaturiko bilera).