El sistema de cromatografía de gases-espectrometría de masas con muestreador automático multipropósito (MPS-GC-MS) permite la determinación de compuestos orgánicos. El MPS (Gerstel) puede usarse como una estación para el tratamiento de muestra integrando diferentes módulos que permiten llevar a cabo distintos procesos de extracción (Twisters, SPME, etc.) e inyectar los analitos a través de un inyector SSL o usando una unidad de desorción térmica.  El cromatógrafo de gases es un 6890N GC (Agilent Technologies) mientras que el espectrómetro de masas (MSD 5975, Agilent Technologies) está formado por un analizador de masas cuadrupolo de baja resolución. El instrumento permite la ionización de los analitos mediante ionización electrónica y la adquisición se puede hacer mediante un barrido de fullscan o la monitorización selectiva de iones. La adquisición de datos se realiza con los softwares MAESTROTM (MPS) y   ChemStationTM mientras que el procesado de los mismos se lleva a cabo en el software MassHunterTM el cual integra la librería de espectros NIST permitiendo el uso del instrumento en enfoques dirigidos y análisis de sospechosos.