DOCTORADO-INVESTIGACION-BIOMEDICA-Actividades 2024

Doctoral Programme in Biomedical Research

Introducción al análisis bioinformático de microbiomas (16S)

Formulario de inscripción

Programa de doctorado que propone la actividad

Investigación Biomédica

Contacto

Neskuts Izagirre Arribalzaga

Teléfono: 946015301

Email: neskuts.izagirre@ehu.eus

Breve descripción de la actividad

Curso práctico de análisis bioinfomáticos de datos de secuenciación de la región 16S de rRNA mediante el paquete QIIME2. Se describirán todos los pasos a llevar a cabo: filtrado, alineamiento, tablas de cuantificación, perfil taxonómico, análisis de rarefacción, estimación de la riqueza de especies (diversidad alfa y beta) y análisis filogenético.

El análisis se llevará a cabo en un entorno Linux, para lo cual se instalará una Máquina Virtual en el ordenador personal de cada alumna o alumno. En la máquina Virtual tendrán todo el software necesario para llevar a cabo el análisis bioinformatico.

Previo al curso se explicarán los comandos básicos de Linux.

Ponentes

Santos Alonso Alegre: Licenciado en Biología en la UPV/EHU, Doctor en Biología por la UPV/EHU y profesor también en la UPV/EHU. Investigador Ramón y Cajal, Secretario de la Sociedad Española de Antropología Física. IP de tres Proyectos MICINN/MINECO. Intereses científicos: diversidad genética asociada a adaptaciones humanas (pigmentación) y enfermedades (melanoma) para la salud.

Neskuts Izagirre Arribalzaga: Licenciada en Biología en la UPV/EHU, Doctora en Biología por la UPV/EHU y profesora también en la UPV/EHU. Durante los últimos 10 años: ha colaborado activamente en 5 proyectos de convocatorias ministeriales (la última como IP), 21 proyectos del Gobierno Vasco, Diputaciones de Álava y Bizkaia, Gobierno de Navarra y UPV/EHU. Tiene 38 publicaciones en revistas internacionales, la mitad de las cuales pertenecen al Q1.

Beñat Villanueva Ordoñez: Graduado en Biología por la UPV/EHU, posteriormente realizó un máster en Bioinformática y Bioestadística en la Universidad Oberta de Catalunia (UOC). Ha colaborado como becario en el laboratorio de Antropología Física de la UPV/EHU y en el de Inmunología de IIS Biocruces Bizkaia. Tiene experiencia en detección de variantes genéticas en ADN humano a partir de paneles de genes o exomas, técnicas de representación y técnicas de aprendizaje automático entre otros. Actualmente trabaja como bioinformático en Tecnalia R&I, donde colabora con diversas áreas de la empresa para implementar y aplicar nuevas técnicas bioinformáticas y bioestadísticas.

Calendario

21 a 23 de mayo de 2024
Horario: de 15:00 a 19:00

Lugar

Edificio María Goyri (Leioa)