PRIMER CURSO DEL GRADO DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR

PRIMER CURSO DEL GRADO DE BIOTECNOLOGÍA

Los objetivos de esta práctica consisten en:

• 1.- Aprender a realizar búsquedas bibliográficas en PubMed (para localizar artículos científicos).
• 2.- Una vez localizado el artículo, conseguir una copia en formato electrónico (pdf) o en papel.

MEDLINE y PUBMED

Para un científico es muy importante estar al tanto de todo lo que se publica sobre su especialidad. Por eso debe realizar frecuentemente búsquedas bibliográficas en las bases de datos (BD) para encontrar todos los artículos publicados sobre un tema concreto. Una buena BD debe reunir varias características:

• Debe almacenar gran cantidad de información
• La información debe estar actualizada
• La información debe estar organizada (indexada)
• Debe tener un motor de búsqueda rápido y eficaz
• Debe de ser fácilmente accesible (a ser posible, en Internet y de forma gratuita)
• El diseño de la página web, además de ser atractivo, debe facilitar su manejo
  

Desde 1879, la NLM (National Library of Medicine) ha estado clasificando la literatura biomédica para facilitar a los profesionales de la salud el acceso a la información que puedan necesitar para la investigación, la educación o la asistencia sanitaria.

Toda la información bibliográfica sobre artículos relacionados con las ciencias de la vida y con la biomedicina publicados a partir de 1946 se almacena en la base de datos MEDLINE. En la actualidad, MEDLINE recoge referencias bibliográficas de artículos publicados en más de 5.200 revistas científicas y contiene más de 31,5 millones de registros. Es importante tener claro que MEDLINE no contiene artículos científicos sino sus fichas bibliográficas y un resumen de sus contenidos.

PubMed es un potente motor de búsqueda que permite encontrar de manera rápida y eficaz la información bibliográfica correspondiente a artículos científicos publicados en revistas científicas especializadas en las ciencias de la vida y a libros. PubMed ha sido desarrollado por el NCBI (National Center for Biotechnology Information) para permitir el acceso a los registros de MEDLINE.

El acceso a esta información es completamente gratuito y se puede llevar a cabo desde cualquier ordenador conectado a Internet. Existen también aplicaciones como Prime:PubMed, PubMed Mobile o PubMed Search App que permiten hacer búsquedas en MEDLINE desde el teléfono móvil, ya sea Android o iPhone.

En cada registro, la información está distribuida en diferentes campos para facilitar la labor del motor de búsqueda. Normalmente, cada campo de información se define mediante dos letras: TI (title), AU (author), AB (abstract), AD (address), SO (source), etc.; aunque en algunos casos puede tener más: FAU (first author), PMID (un número que es un identificador único y permanente para cada artículo, como el número del DNI de cada persona).

La figura inferior representa el formato de un registro MEDLINE. Pincha en la figura para obtener más información sobre los registros de la BD MEDLINE.

El último campo (SO, source) corresponde a la cita bibliográfica del artículo. Incluye el nombre de la revista en formato estándar resumido, la fecha de publicación, el volumen de la revista, el número de ejemplar de ese volumen (entre paréntesis), la primera página y la última página. Esta es la información mínima que me permite encargar este artículo a una biblioteca o pedírselo directamente a los autores.

Las citas bibliográficas pueden adoptar diversos formatos, que incluyen más o menos información y en un determinado orden. Cuando vayamos a incluir las citas bibliográficas en el apartado de "referencias" de un manuscrito científico siempre hay que utilizar el formato que viene descrito en las instrucciones que dicta cada revista. Veamos un ejemplo de una referencia incluida en un artículo de la revista Biophysical Journal:

PUBMED CENTRAL

En el NCBI hay una BD relacionada que se llama PubMed Central. A diferencia de MEDLINE, PubMed Central contiene artículos científicos en formato pdf y es de acceso público y gratuito. Cualquier persona que disponga de un ordenador conectado a Internet puede acceder a esta BD y descargar los artículos que le interesen.

Una de las revistas con un factor de impacto elevado que podemos encontrar allí es el Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS).

No obstante, PubMed Central tiene un par de pegas:

• no todas las revistas le ceden sus contenidos
• cuando lo hacen, se trata de artículos que superan cierta antigüedad. Sin embargo esto no es un inconveniente grave porque estamos hablando de artículos publicados hace seis meses o un año.
  

BÚSQUEDA BIBLIOGRÁFICA CON PUBMED

En el tiempo que dure esta práctica tienes que responder a las preguntas del ejercicio número 1 () utilizando PubMed.

CÓMO CONSEGUIR UNA COPIA DE UN ARTÍCULO CIENTÍFICO

Una vez realizada la búsqueda bibliográfica, es probable que te interese conseguir una copia en formato pdf de los artículos científicos. Para ello hay varias opciones:

1.- Acceso directo desde un icono de PubMed: Cuando el artículo es gratuito, PubMed muestra iconos para acceder directamente al artículo en formato pdf desde la página web de la revista o desde PubMed Central (PMC).
2.- Acceder a la revista mediante un gestor de acceso a revistas electrónicas como Science Direct. Ellos se encargan de comprobar quién tiene acceso a qué revistas (y durante qué fechas) y te dejan acceder o no al fichero pdf. A veces, la propia página de resultados de PubMed te ofrece un enlace directo a Science Direct.
3.- Ir directamente en la página web de la revista como, por ejemplo, en el Journal of Biological Chemistry. Es la opción más rápida si se tiene acceso a la versión electrónica de la revista (o sea, si se ha pagado la suscripción). Desde los ordenadores de la Universidad se tiene acceso a un gran número de revistas. De todas formas, aunque no se haya pagado la suscripción, en algunos casos es posible acceder de forma gratuita a los artículos que van a salir en el próximo número de la revista (Papers in press) o a artículos que han superado cierta antigüedad.
4.- Acceso remoto a la página web de una revista mediante una VPN (Virtual Private Network). Desde tu casa y con tu ordenador te puedes conectar a Internet como si estuvieses en la UPV. Para ello necesitas conectarte a través de una VPN. Si quieres saber cómo se hace, pincha aquí.
5.- También puedes consultar PubMed Central (PMC), una BD del NCBI que contiene artículos científicos en formato pdf y es de acceso público y gratuito. A veces, la propia página de resultados de PubMed te ofrece un enlace directo a PMC. Se pueden hacer búsquedas en PubMed Central exactamente igual que en PubMed.
6.- También se pueden encontrar ficheros pdf de artículos científicos utilizando una variante de Google llamada Google Académico (Google scholar) que está especializada en la literatura científica y académica. 7.- Muchos científicos y grupos de investigación tienen colgadas en Internet sus propias páginas web como, por ejemplo, la página del laboratorio de Stephen White o el Departamento de Bioquímica de la Universidad de Ljubljana. Utilizando buscadores como Google es posible encontrarlas y descargar libremente los trabajos que han publicado en formato pdf. Las palabras clave para la búsqueda deben incluir términos como el nombre del autor, el título del artículo, el tema sobre el que trate el artículo y el término "filetype:pdf", para que la búsqueda solo incluya este tipo de ficheros. No siempre resulta, pero a veces uno encuentra cosas muy interesantes.
8.- SCI-HUB es una página web creada en 2011 por Alexandra Elbakyan, una estudiante de Kazajistán, que permite obtener artículos científicos en formato pdf y de forma gratuita, a pesar de estar protegidos por derechos de autor. Para encontrar un artículo, basta con introducir su PMID. Aunque en 2015 fue demandada por la editorial Elsevier por piratería, en 2016 la revista Nature la nombró como una de las 10 personas más influyentes del año. Se la conoce popularmente como la "Robin Hood" de la ciencia.
9.- BookSC es otra página web que permite obtener libros y artículos científicos en formato pdf y de forma gratuita.
10.- Cada vez es mayor el número de revistas científicas que permiten acceder a sus contenidos de forma gratuita. Se trata de los open access journals. Sostienen el principio de que la investigación científica debe ser accesible on-line de forma gratuita inmediatamente después de haber sido publicada.

A veces, cuando se trata de artículos muy antiguos o de revistas que han dejado de publicarse, no es posible conseguir una copia del artículo en formato electrónico, pero siempre se puede recurrir al método clásico, que consiste en obtener una copia en papel. En este caso, también hay varias opciones:

• Ir a la Biblioteca de la UPV (5º piso) para buscar en el archivo la revista y el volumen correspondiente y sacar una fotocopia.

• Si se trata de una revista que no está en la Biblioteca de la UPV-EHU, se puede encargar al personal de la Biblioteca que consiga una copia en otras bibliotecas (préstamo interbibliotecario). Hay que rellenar un formulario con tus datos y la cita bibliográfica del artículo que te interesa. También habrá que pagar una pequeña cantidad de dinero en concepto de fotocopias y gastos de correo.

• También se puede pedir una copia directamente a los autores, bien por correo ordinario o por e-mail. Existen modelos de cartas para hacerlo y cualquier científico estará encantado de mandarte una copia de sus artículos.

BIBLIOGRAFÍA

1.- Apuntes ()

2.- Cómo buscar y usar información científica: Guía para estudiantes universitarios 2013 ()

3.- PubMed Central (PMC): An Archive for Literature from Life Sciences Journals ()

4.- Ejemplo de carta para pedir un artículo a los autores ()

5.- Structure of a MEDLINE Record in PubMed ()

POWER POINT

1.- Búsqueda bibliográfica en PubMed....................................................................

Ejercicio nº 1

1.- Contesta a las siguientes preguntas utilizando el buscador PubMed............................

ENLACES

1.- PubMed (NCBI Web Site) -- PubMed Help -- PubMed Tutorial

2.- Información almacenada en un registro de MEDLINE (NCBI Web Site)

3.- PubMed Central (Base de datos de artículos científicos)

4.- Google

5.- Google académico (Google scholar)

6.- SCI-HUB - BookSC

7.- Instrucciones para los autores

8.- Nombres de las revistas científicas en formato estándar resumido

Los objetivos de esta práctica consisten en:

• 1.- Familiarizarse con la Bibliometría y la Web of Science
• 2.-Aprender a utilizar el Journal Citation Reports (para saber los factores de impacto de cada revista en cada año)
• 3.- Aprender a utilizar el Science Citation Index (para averiguar las veces que se cita un artículo o a un autor)

La cienciometría es la ciencia que estudia la producción científica con el fin de medirla y analizarla. En la práctica, la cienciometría se basa en la bibliometría, que se puede definir como una parte de la cienciometría que aplica métodos matemáticos y estadísticos a toda la literatura de carácter científico y a los autores que la producen, con el objetivo de estudiar y analizar la actividad científica.

La bibliometría moderna se basa en los trabajos de Eugene Garfield, quien fundó en 1960 el Institute for Scientific Information (ISI). En la actualidad, la empresa Clarivate Analytics se encarga, cada año, de recopilar, almacenar y distribuir los datos bibliográficos en una serie de productos que permiten llevar a cabo estudios bibliométricos.

Los diversos parámetros que proporcionan información sobre los resultados de la actividad científica en cualquiera de sus manifestaciones (artículos científicos, revisiones, comunicaciones a congresos, editoriales, libros, etc.) se denominan indicadores bibliométricos. Los estudios bibliométricos han encontrado numerosas aplicaciones:

• En el ámbito de la ciencia y la tecnología permiten conocer la producción científica de los investigadores, evaluar la actividad científica de un país, identificar a los autores más productivos, determinar cómo se dispersa la literatura científica, conocer el envejecimiento de la ciencia, evaluar las políticas científicas, evaluar al profesorado y los centros universitarios, etc. Desde el año 2004, el Ranking Académico de las Universidades del Mundo ("Ranking de Shanghai") utiliza el análisis bibliométrico para hacer un listado de las universidades del mundo por orden de importancia.

• En el ámbito de la gestión de bibliotecas y centros de documentación, los estudios bibliométricos permiten identificar las publicaciones más necesarias y ayudan a tomar decisiones a la hora de pagar las suscripciones de libros o revistas.

La denominada Web of Science (WOS) (anteriormente conocida como Web of Knowledge, WOK) es un servicio on-line que, previo pago, permite el acceso a los índices de citas científicas. La WOS permite acceder a numerosas bases de datos, entre las que se encuentran algunas de las fuentes más importantes de datos bibliográficos y bibliométricos (ver figura inferior) como, por ejemplo:

• MEDLINE: es la base de datos bibliográficos más completa en el campo de las biociencias
• Journal Citation Reports (JCR): es una publicación anual en la que se ofrece un listado de los indicadores bibliométricos de las revistas científicas internacionales que publican trabajos de investigación. Hay dos ediciones, una para las ciencias puras y otra para las ciencias sociales
• Science Citation Index-Expanded (SCI): es una publicación anual que recoge las referencias que aparecen en las publicaciones científicas (independientemente de la calidad o tipo de documento) y calcula el número de veces que se cita un determinado artículo científico o a un autor.
• Current Contents Connect: es una base de datos que recoge los índices, los abstracts y la información bibliográfica de las publicaciones científicas más recientes.

Debido al gran volumen de información científica y técnica que se produce en nuestros días, la Web of Science selecciona muy atentamente las revistas que indexa para mantener una alta calidad de la información. La publicación en una revista indexada por el ISI se valora de manera muy positiva en los comités de evaluación científica porque permite determinar fácilmente:

• El factor de impacto de las revistas donde ha publicado sus trabajos
• La producción y trayectoria científica de un investigador
• El número de veces que se citan sus trabajos
• Con qué otros científicos ha colaborado
• Los resultados de la política científica de un país

POWER POINT

1.- La Web of Science (WOS)..........................

BIBLIOGRAFÍA

1.- Apuntes ()

2.- La nueva WOS ()

El Journal Citation Reports (JCR) es una base de datos que, cada año, recopila información estadística sobre las revistas más importantes, tanto en el área de las ciencias puras como en el de las ciencias sociales.

La información estadística se obtiene a partir de las citas bibliográficas que aparecen en todos los artículos publicados en un año natural concreto y permite determinar de una manera sistemática y objetiva la importancia relativa de cada revista dentro de su categoría temática. El JCR es una herramienta esencial para cualquiera que necesite conocer el impacto y la influencia de las revistas en la comunidad investigadora global.

Los principales indicadores bibliométricos que aparecen en el JCR son:

• La cantidad de documentos publicados por una revista en un año
• El número de citas recibidas por los artículos publicados por una revista
• El índice de inmediatez
• El factor de impacto de una revista (a dos y a cinco años)
• La antigüedad de las referencias incluidas en las revistas (citing half-life)
• La antigüedad de las citas hechas a las revistas (cited half-life)

Los indicadores bibliométricos correspondientes al año 2017 para más de 11.500 revistas científicas se publicaron el 26 de junio de 2018, ya que hay que contabilizar todas las citas que aparecen en las revistas publicadas hasta el 31 de Diciembre de 2017.

El JCR ofrece un amplio espectro de aplicaciones prácticas para los profesionales de la información.

• A los investigadores, profesores y estudiantes les ayuda a identificar las publicaciones más citadas en su campo y a decidir a qué revista pueden enviar un manuscrito.
• A los bibliotecarios les ayuda a evaluar la calidad de su colección de publicaciones periódicas y a decidir si conviene dejar de adquirir algunas revistas y comprar otras nuevas.
• " A los editores y a los analistas de la información les ayuda a determinar la influencia de sus publicaciones en el mercado, a evaluar si al cabo de un tiempo sus decisiones editoriales han sido acertadas y a decidir si merece la pena cambiar la línea editorial de sus publicaciones.
  

INDICADORES BIBLIOMÉTRICOS DEL JCR

El JCR calcula el factor de impacto de las publicaciones científicas. El factor de impacto es uno de los principales indicadores a la hora de evaluar la actividad científica en Europa y Estados Unidos, ya que no todas las revistas son igual de importantes. Cada revista tiene un factor de impacto y cuanto mayor sea, mayor será la repercusión que alcance el artículo publicado en ella (tendrá mayor audiencia). El JCR calcula el factor de impacto de las publicaciones periódicas internacionales de investigación tanto en ciencias puras como en ciencias sociales. La edición de ciencias puras del año 2014 contiene los factores de impacto de más de 8.400 revistas.

¿Cómo se calcula el factor de impacto de una revista?

El factor de impacto (o índice de impacto) de una determinada revista para un año concreto se calcula dividiendo el número de veces que se ha citado cualquier artículo de esa revista publicado en los dos años anteriores entre el número total de artículos publicados por esa revista en ese mismo período de tiempo. Por ejemplo, el factor de impacto del año 2014 para la revista Journal of Biological Chemistry (JBC) se calcula del siguiente modo:

• A = Se mira en todas las revistas publicadas en 2014 y se cuenta el número de veces que se citan artículos del JBC publicados en los años 2013 y 2012
• B = El número de artículos (o cualquier otra modalidad de comunicación que se pueda citar) que el JBC ha publicado en los años 2013 y 2012
• El factor de impacto 2014 para el JBC = A/B

Además del factor de impacto, el JCR calcula otros indicadores bibliométricos:

• El factor de impacto a 5 años (5-year Journal Impact Factor): El factor de impacto a 5 años correspondiente al año 2014 se calcula dividiendo las veces que se han citado artículos de la revista publicados en 2013, 2012, 2011, 2010 y 2009 entre el número de artículos publicados por la revista en ese mismo periodo de tiempo. En el caso del Journal of Biological Chemistry (JBC):

• El índice de inmediatez (Immediacy index): Mide la rapidez con la que, por término medio, se citan los artículos de una revista. Se calcula dividiendo el número de veces que los artículos de una revista se citan en el mismo año en que han sido publicados (por ejemplo, publicados en el JBC en 2014 y citados en cualquier revista en 2014) entre el número total de artículos publicados por esa revista en ese mismo año (en este caso, publicados en el JBC en 2014). En cada campo de la ciencia, las revistas de vanguardia tienen un índice de inmediatez elevado, ya que sus artículos se citan poco después de haber sido publicados.

• La vida media de las citas que se hacen a una revista (Cited Half-Life): Es el periodo de tiempo en el que se concentra el 50% del total de citas hechas a una revista. Por ejemplo, en 2014, la vida media de las citas hechas a la revista Nature es de más de 10 años. Este dato indica que los artículos de Nature son de gran calidad, puesto que, por término medio, se siguen citando aunque se hayan publicado hace más de 10 años. Cuanto mayor es este valor, mayor es la relevancia científica de la revista.

• La vida media de las citas que aparecen en una revista (Citing Half-Life): Es el periodo de tiempo en el que se concentra el 50% del total de citas que aparecen en una revista. Por ejemplo, en 2014, la vida media de las citas que aparecen en Nature es de 5,6 años. En otras palabras, por término medio, las citas que aparecen en Nature son bastante recientes, ya que la mitad de todas ellas corresponden a artículos publicados durante los últimos 5,6 años. Cuanto menor es este valor, más recientes son las citas que aparecen en la revista.

• El Eigenfactor: Se calcula como el factor de impacto a 5 años, pero asigna un mayor peso específico a las citas que aparecen en las revistas más influyentes. Además, este indicador no tiene en cuenta las autocitas (las citas que una revista se hace a sí misma). Los datos del JCR (Edición de 2015) para la revista Nature son:

• La influencia del artículo: Es un número que se calcula dividiendo el Eigenfactor entre la fracción de artículos publicados por la revista (siendo 1 la suma de todos los artículos publicados por todas las revistas). Un valor mayor que 1 indica que la revista tiene una influencia superior a la media. Un valor menor que 1 indica que la revista tiene una influencia inferior a la media. En la figura superior se observa que la influencia de la revista Nature en la comunidad científica es notable.

PRÁCTICA DE BIBLIOMETRÍA

En el tiempo que dure esta práctica tienes que responder a las preguntas del ejercicio número 2 () utilizando el Journal Citation Reports y el Science Citation Index.

POWER POINT

1.- Journal Citation Reports................................

BIBLIOGRAFÍA

1.- Apuntes ()

2.- The history and meaning of the journal impact factor (Artículo escrito por Eugene Garfield)

3.- Journal Citation Reports: Learn the Basics (Clarivate Analytics)

4.- El JCR 2018 (Clarivate Analytics) - Versión en inglés -

5.- The "Impact factor " revisited ()

6.- How to use the impact factor wisely

Ejercicio nº 2

1.- Contesta a las siguientes preguntas utilizando PubMed, JCR o SCI..........................

ENLACES

1.- Wikipedia: Bibliometría -- Bibliometrics -- El factor de impacto -- Journal Citation Reports -- Eugene Garfield --

2.- Clarivate Analytics: Welcome to our Training Portal -

3.- Incites Journal Citation Reports HELP (Clarivate Analytics)

4.- Acceso al JCR:

• desde Clarivate
• desde la página web del Ministerio (primero entras en la WOS)
• desde la página web de la biblioteca de la UPV

5.- Listado de los factores de impacto 2021 ()

6.- Altmetrics (Wikipedia) - Article-level metrics

VÍDEOS

1.- Web of Scence Training (Colección de videos explicativos para utilizar la WOS)

2.- Impact factor (en inglés) - Journal Impact factor (en castellano)

3.- Immediacy index (en inglés) - Journal Immediacy Index (en castellano)

4.- Búsquedas en Journal Citation Reports (JCR) (en castellano)

5.- Journal Citation Reports: Journal Profile Quick Tour

El Science Citation Index (SCI) es una base de datos donde se recogen todas las contribuciones (artículos, editoriales, cartas, revisiones, discusiones, etc.) publicadas en las revistas de ciencia y tecnología indexadas por Thomson Reuters y donde se contabiliza, entre otras cosas, el número de veces que se cita cada artículo a partir de la fecha de su publicación.

El SCI también permite analizar la producción y la trayectoria científica de un investigador. Por ejemplo, el SCI nos indica con qué otros autores ha publicado o con qué otros laboratorios (nacionales o internacionales) ha colaborado. Esta información es importante porque permite detectar las redes de investigación que existen en relación con un área concreta de investigación, los campos de investigación emergentes, y las publicaciones más relevantes en cada disciplina científica.

La editorial Elsevier ha desarrollado una base de datos parecida al SCI que se denomina SCOPUS.

PRÁCTICA DE BIBLIOMETRÍA

En el tiempo que dure esta práctica tienes que responder a las preguntas del ejercicio número 2 () utilizando el Journal Citation Reports y el Science Citation Index.

POWER POINT

1.- Science Citation Index.......................................................................................

Ejercicio nº 2

1.- Contesta a las siguientes preguntas utilizando PubMed, JCR o SCI..........................

BIBLIOGRAFÍA

1.- Apuntes ()

2.- Ciencia, revistas científicas y el Science Citation Index (o cómo volvernos locos a golpe de números) ()

ENLACES

1.- Wikipedia: Science Citation Index - Web of Science (WOS)

4.- Páginas de ayuda de la WOS (Clarivate Analytics) - (Tambien en castellano)

VÍDEOS

1.- Web of Science Core Collection - Author Searching

2.- Web of Science: Citation Report