SERVICIO GENERAL DE GENÓMICA -UNIDAD DE EXPRESIÓN GÉNICA

La Unidad de Expresión Génica del Servicio de Genómica y Proteómica ofrece asesoramiento científico y soporte técnico, y dota de la infraestructura básica para que investigadores de la Universidad del País Vasco e investigadores de otros centros públicos y privados de la Comunidad Autónoma Vasca y comunidades limítrofes incorporen la tecnología de microarrays y de análisis de expresión génica en sus proyectos. Los servicios ofertados por la unidad integran los experimentos y protocolos requeridos en todo proyecto que implique la aplicación de la tecnología de microarrays, que van desde el diseño experimental del experimento de microarray; procesado y control de calidad de las muestras, procesado de los microarrays, y análisis de resultados; hasta la validación de resultados y análisis de expresión génica por medio de PCR a tiempo Real.
Así mismo la unidad ofrece cursos de formación que abarcan principalmente protocolos y análisis de resultados.
Concretamente la unidad ofrece los siguientes servicios:

• Extracción de RNA a partir de células y tejidos animales. Consultar con la unidad para otro tipo de tejidos o bacterias. Purificación de RNA obtenido por otros métodos de extracción  con RNeasy Mini kit (QIAGEN).
• Control de calidad (QC) de muestras de RNA para utilización en el sistema de microarrays de alta densidad y PCR a tiempo real. (Ver documento)
• Servicio de microarrays de la plataforma de Agilent Technologies. (Ver documento)
  1. Asesoramiento sobre diseño experimental y análisis de resultados.
  2. Asesoramiento y diseño de arrays.
  3. Procesado completo de microarrays de Agilent Technologies de varios formatos: High Definition (HD) microarrays (1x244K, 2x105K, 4x44K, 8x15K); SurePrint G3 microarrays (1x1M, 2x400K, 4x180K, 8x60K).
  4. Procesado de microarrays de Expresión Génica, Exon Arrays, ChIP-on-chip, arrays de CGH y Copy Number Variation (CGH, CNV, CGH/CNV, CGH/SNP), microarrays de microRNAs (miRNAs).
• Análisis de Expresión génica mediante PCR a tiempo real o PCR cuantitativa (Q-PCR). (Ver documento)
  1. Asesoramiento sobre diseño experimental.
  2. Diseño de primers y sondas TaqMan con el software PrimerExpress de Applied Biosystems.
  3. Síntesis de cDNA.
  4. Optimización de primers para SYBR Green.
  5. Desarrollo de PCR a tiempo real en placas  de 96 (Sistema Fast) o 384 pocillos, y migración de TLDAS o MFCs (TaqMan Arrays), utilizando dos químicas: SYBR Green o sondas específicas TaqMan.
  6. Proyectos de gran escala de análisis de expresión génica y cuantificación absoluta con el sistema de PCR a tiempo real de nanofluídica BioMark HD System de Fluidigm Corporation. Dynamic arrays 48.48 y 96.96 para expresión génica y Digital arrays para cuantificación absoluta.
  7. Análisis de datos.