BANCO DE ADN
Equipamiento
La Unidad de Banco de ADN de la Universidad del País Vasco (UPV/EHU) dispone de los equipos necesarios para:
- la conservación y custodia de cualquier tipo de muestra biológica
- análisis moleculares de los ácidos nucleicos, tanto ADN como RNA.
Todos se encuentran integrados en un laboratorio de 210 m2 especialmente diseñado para ambos ámbitos y que cumple las buenas prácticas de laboratorio. En conjunto consta de tres espacios principales e independientes destinados a:
- extracción de ADN y/o RNA y preparación de PCR. En este caso se subdivide en 7 espacios igualmente aislados a los que se acceden mediante un distribuidor y con presión positiva para evitar la contaminación cruzada:
- Lab 1. Preparación de pCR
- Lab 2. Extracción ADN en muestras con poca celularidad o degradadas
- Lab 3 y Lab 4. Extracción ADN en muestras altamente degradadas
- Lab 5. Extracción ADN en muestras con alta celularidad y bien conservadas
- Lab 6. Extracción ARN
- Lab7. Espacios de apoyo: registro fotográfico y procesamiento de muestras
- análisis de muestras postPCR.
- conservación y custodia de muestras
El equipamiento más importante para la conservación y custodia de muestras es el siguiente:
- Equipo extracción automático de ácidos nucleicos
- Estaciones de trabajo automatizadas:
- Dispensador de líquidos Biomek 3000 (Beckman Coulter)
- Dispensador de líquidos Starlet (Hamilton)
- Organizador de tubos 2D XL20 (BioMIcroLab)
- Cuantificación de ácidos nucleicos
- Espectrofotometría:
- Nanodrop 1000 (GE)
- DTX880 (Beckman Coulter)
- Fluorimetría:
- Nanodrop 3300 (GE)
- DTX880 Multimode Detector (Beckman Coulter)
- Electroforesis:
- Bioanalyzer 2100 (Agilent)
- Espectrofotometría:
- Banco de ADN
- Congeladores -20ºC (Liebherr)
- Congelador -80ºC (Panasonic)
- Ultracongeladores -152ºC
- Contenedores N2 liquido ARPEGE
El equipamiento más importante para los análisis moleculares de los ácidos nucleicos, tanto ADN como RNA es el siguiente:
- Termocicladores convencionales (BioRad y Applied Biosystem)
- Termociclador a tiempo Real ABI7000 (Applied Biosystems).
- Secuenciador ABI3130 (Applied Biosystems)
- Pirosecuenciador Pyromark Q96 (Qiagen).
- Sistema de hibridación y
- dHPLC (Transgenomic) lectura de microarrays Axon 4100 (Axon).
Otros equipos generales de laboratorio importantes son:
- Sistema de purificación de agua milliQ Integral (Millipore)
- Centrífugas de microtubos y tubos tipo Falcon (Beckman).
- Blood mixer (Labolan)
- Cámara digital EOS1000D (Canon)
- Ultraviolet Crosslinker (Amersham Life Sciences)
- Freezer Mill 6750 (Spex)
- Microtomo manual (Comecta)
- Concentrador de ADN DNA mini (Heto)
- Sistema de hibridación de ácidos nucleicos compuesto por:
- Horno de hibridación de ácidos nucleicos
- Horno UV para fijación de ácidos nucleicos a membranas
- Baño termostático
- Sistemas de electroforesis formados por:
- Fuentes de corriente continua de 3.000 y 300 V
- Cubas para electroforesis desnaturalizante, SSCPs y agarosa
EQUIPO DE EXTRACCION AUTOMATICA DE ADN
Automate ExpressTM Forensic DNA Extraction System (Applied Biosystems)
Equipo diseñado para la extracción de ADN de alta calidad y libre de inhibidores en muestras complejas, con poco ADN o degradado: manchas e hisopos de muestras biológicas (sangre, saliva, semen, …), pelo, hueso, muestras incluidas en parafina, colillas, chicle, …
El Automate ExpressTM desarrolla todos los pasos de extracción de ADN automáticamente tras la selección de uno de los protocolos que tiene diseñados y validados.
Tras la lisis de la muestra, cuyo tiempo varía según el tipo de la misma, se pueden extraer hasta 13 muestras a la vez en un tiempo máximo de 30 minutos sin ningún tipo de pipeteo o manipulación manual, evitando el riesgo de contaminación y errores de transposición.
Los kits que utilizan utiliza una solución de lavado especialmente formulada para maximizar la máxima eliminación de los inhibidores más comunes de la PCR, mientras minimiza la pérdida de ADN durante los pasos de lavado.
La recuperación del ADN se puede realizar en diferentes volúmenes de elución, apto para aplicaciones posteriores, tales como PCR cuantitativa a tiempo real y análisis de fragmentos (STRs).