La investigación que llevamos a cabo tiene que ver con el análisis de las comunidades microbianas en el medio marino. Estudiamos la abundancia, composición específica, diversidad y actividad de las comunidades de procariotas, bacterias y arqueas, así como de los protistas bacterívoros.

Si bien nuestra estación habitual de muestreo se encuentra en la costa de Armintza (Bizkaia) en el Cantábrico Oriental, varios miembros del grupo hemos participado en campañas de oceanografía microbiológica realizadas en aguas del mar Mediterráneo, en el océano Atlántico y en el océano Glacial Antártico. También, en el contexto del proyecto de investigación "Expedición de circunnavegación Malaspina-2010", analizaremos además aguas de los escasamente estudiados océanos Índico y Pacífico.

Actualmente el interés del grupo se centra en encontrar nexos de unión entre diversidad y función de las bacterias marinas. De esta manera, buscamos relaciones entre la estructura, composición y diversidad de la comunidad bacteriana, las cuales conocemos empleando métodos moleculares de análisis genómico, y los procesos que llevan a cabo y que tienen que ver con la transformación del material orgánico marino, consumo de compuestos orgánicos, crecimiento y respiración y liberación de dióxido de carbono.

En este sentido, el bacterioplancton del océano es el principal componente biótico del mar generador de dióxido de carbono, CO2, principal gas de efecto invernadero y cuya dinámica en la atmosfera y el océano se encuentra estrechamente relacionada con el proceso de cambio climático y cambio global del planeta.

También nos interesan otros campos de estudio tales como el análisis de la composición química y transformación de la materia orgánica que contiene el agua de mar, y el estudio de las interrelaciones y comunicación química que se produce entre los protozoos depredadores y sus presas, las bacterias.