El sistema de cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) permite la determinación de compuestos orgánicos. El cromatógrafo de gases es un 6890N GC (Agilent Technologies) equipado con un muestreador automático. El espectrómetro de masas (MSD 5973, Agilent Technologies) está formado por un analizador de masas cuadrupolo de baja resolución. El instrumento permite la ionización de los analitos mediante ionización electrónica y la adquisición se puede hacer mediante un barrido de fullscan o la monitorización selectiva de iones. La adquisición de datos se realiza con el software ChemStationTM mientras que el procesado de los mismos se lleva a cabo en el software MassHunterTM el cual integra la librería de espectros NIST permitiendo el uso del instrumento en enfoques dirigidos y análisis de sospechosos.