El grupo ENEDI participa en la impartición de dos Másters, uno de ellos es un Máster Oficial y el otro un Máster Erasmus Mundus, ambos son habilitantes para realizar estudios de Doctorado. Además, en una etapa posterior, ENEDI participa en un Programa de Doctorado Interuniversitario junto con las Universidades de Vigo y Burgos.