El Departamento cuenta con un grupo consolidado de investigación del sistema vasco, liderado por Emiliano Fernández de Pinedo, y con dos proyectos vivos del Plan Nacional de I+D+i, liderados por Emiliano Fernández de Pinedo y Jesús Mª Valdaliso, en los que participan varios profesores del Departamento. Además, varios miembros del Departamento participan en otros proyectos de investigación del Plan Nacional de I+D+i.

Las principales líneas de investigación del Departamento en la actualidad son:

• Crecimiento económico, instituciones y cambio institucional (siglos XVI-XX)
• Alimentación, consumo y niveles de vida en el muy largo plazo (siglos XVI-XX)
• Clústeres, competitividad y desarrollo regional en perspectiva histórica (siglos XIX y XX)
• Industrialización y desarrollo económico en el País Vasco
• Recursos naturales y crecimiento económico

El profesorado del departamento ha sido distinguido con numerosos premios y reconocimientos a la labor investigadora, entre los que destacan el premio Trayectoria 2013 de la Asociación Española de Historia Económica (AEHE) concedido a Emiliano Fernández de Pinedo, el Premio Ramón Carande a jóvenes investigadores de la AEHE en varias convocatorias (Jesús Mª Valdaliso, Mario García Zúñiga, Ernesto López Losa), o premios al mejor artículo publicado en diversas revistas internacionales (Historia Mexicana 2003, Colonial Latin American Review 2011).