La Facultad de Educación y Deporte nace en enero de 2016, como  consecuencia de la reorganización de centros de la UPV/EHU. La Facultad surge  de la unión de la Escuela Universitaria de Magisterio de Vitoria-Gasteiz y la Facultad de Ciencias de la Actividad Física y del Deporte. En la nueva Facultad se han fusionado dos ámbitos: el de la educación y el del deporte.
Respecto del ámbito de la educación, la E.U. de Magisterio de Vitoria-Gasteiz, creada en  1847 como Escuela Normal de Maestros, se instaló inicialmente en la calle Herrería. Posteriormente, en la década de los 60, se elevó a Superior, categoría hasta entonces reservada exclusivamente a las Normales cabeceras de Distrito. Durante esos años, la Escuela Normal de Álava actuó como único Centro de formación de Profesores de las Vascongadas, siendo anterior a la de Vizcaya y Guipúzcoa.
El período comprendido entre los años 1850 y 1870 coincide con la etapa de mayor esplendor. Aumenta espectacularmente la matrícula, mejoran las condiciones materiales y de equipamiento, y se le dota de un nuevo edificio en la parte alta de la ciudad en el que ha permanecido durante casi un siglo hasta trasladarse a la actual ubicación. En esta etapa en 1856 se creó la Escuela Normal de Maestras, la primera y única del Distrito, anticipándose en varios años a la de Valladolid, y a la legislación general que hasta 1881 no regulará el plan de estudios. La Normal, además de atender a la formación inicial también se ocupó de la formación permanente. Desde los primeros años, a partir de 1863, llevó a cabo un plan especial para maestras y maestros sin título atendiendo a la demanda formativa de los llamados "Maestros Provinciales". Organizó los estudios para la obtención de un título propio que les habilitaba para impartir docencia en las escuelas incompletas de la provincia.
Posteriormente, hasta 1976 perteneció a la Universidad de Valladolid. En 1977 pasó a la Universidad de Bilbao, hasta 1980, año en que se crea la UPV/EHU. En esta época la titulación que se impartía era la Diplomatura en Profesorado de Educación General Básica, con las especialidades de Ciencias, Ciencias Humanas, Filología Inglesa y Filología Francesa, incorporándose la Filología Vasca tras la creación de la UPV/EHU. En 1994, coincidiendo casi con la última reforma del edificio, se implanta el Plan 10 de la LRU, reformado en el año 2000 con el Plan 20.
En el curso 2010/2011 se implantaron los grados en la Universidad, dando fin a las diplomaturas y a las licenciaturas. Así,  el Grado en Educación Infantil y el Grado en Educación Primaria se imparten actualmente en el edificio de la Facultad ubicado en la calle Juan Ibañez de Sto. Domingo, 1 de Vitoria-Gasteiz.
Respecto del ámbito del deporte, es a partir de 1981, con la regulación de la situación académica de los Institutos Nacionales de Educación Física ubicados en Madrid y Barcelona por el Real Decreto 790/81 de 24 de abril, que da lugar a las titulaciones de Diplomado y Licenciado en Educación Física, cuando el Gobierno Vasco se plantea la necesidad de crear un instituto de educación física en su Comunidad. Así,  en septiembre de 1986 comienza en Vitoria-Gasteiz la andadura del Instituto Vasco de Educación Física (SHEE-IVEF), adscrito a la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea y con dependencia administrativa del Departamento de Cultura del Gobierno Vasco. Ciertamente, fueron muchas las dificultades que se fueron superando en sus inicios, pero la gran aceptación que tuvieron dichos estudios, y la ilusión de sus trabajadores y estudiantes fueron consolidando y asentando el Instituto como pieza clave en la formación de profesionales en el ámbito de la actividad física y el deporte.
En septiembre de 2005, tal como se recoge en el Decreto 240/2005, de 13 de septiembre, de integración del Instituto Vasco de Educación Física en la UPV/EHU, el antiguo SHEE-IVEF pasa a ser una Facultad de esta Universidad. De esta manera los estudios cursados en la Facultad cambian de nombre y las personas licenciadas reciben el título de Licenciatura en Ciencias de la Actividad Física y del Deporte.
La integración del antiguo IVEF en la UPV/EHU da lugar a un nuevo cambio y a una remodelación integral de su viejo edificio que desde 2011, tras año y medio de obras, y permite disfrutar de un centro que cuenta con una infraestructura docente moderna, actualizada y con unos espacios de estudio adaptados a las nuevas exigencias del Espacio Europeo de Educación Superior.
Después de 24 años de enseñanza en Educación Superior en el área de la Educación Física y del Deporte, desde la Facultad de Educación y Deporte se apuesta por la continuidad de los estudios en este área de conocimiento, tanto en la licenciatura como en el grado. En el curso 2010/2011 se implantaron los grados, y actualmente se tienen seis promociones de alumnado graduado en  Ciencias de la Actividad Física y del Deporte. Este grado se imparte en el edificio de la Facultad ubicado en Portal de Lasarte, 71, en Vitoria-Gasteiz.