Irakasgai honen helburu nagusia da ikaslea gaur egungo makromolekulen arteko elkarreraginak aztertzeko erabiltzen diren metodologia eta kontzeptuekin ohitzea, oinarrizko ikerketan eta industrian interes handia baitute. Gai hauek jorratuko dira: proteina-proteina elkarrekintzen oinarri molekularrak; elkarrekintzak karakterizatzeko metodo biofisikoak; elkarrekintza- eta interaktoma-sareen kontzeptua; datu-baseak; errendimendu handiko behaketa-sistemak (HTS); proteina-proteina elkarrekintzak in vivo eta in vitro antzemateko teknikak.

Irakasgaiak beste irakasgai batzuetan landutako kontzeptuak biltzen ditu: proteinen egitura, sistemen biologia, proteomika, genetika.

Irakasgaiaren lehen zatian, ikasleak uler dezala elkarrekintza makromolekularrek zelulen funtzionamenduan duten garrantzia. Teknika bakoitzak elkarreraginak aztertzeko ematen duen informazioa baloratzeko gaitasuna lortzea da helburua.

Bigarren zatiaren helburua da ikasleak biologia molekularrean oinarritutako zenbait teknikaren ezagutza metodologikoak bereganatzea, eskala handiko elkarrekintzak hautemateko.

Lehen zatia:

1) Proteina-proteina elkarrekintzei buruzko kontzeptu orokorrak. Genoma, proteoma eta interaktoma kontzeptuak. Proteina-sareak. Proteomaren antolaketa funtzionala. Sareen terminologia. Proteina-proteina elkarrekintzen datu-baseak eta mapak. Sare konplexuen eta sare-ereduen azterketa. Sareen ondorio biologikoak.

2) Elkarrekintzen oinarri molekularrak: osagarritasuna, malgutasuna, “hot spot”ak. Elkarrekintza garrantzitsuak biologian: erabilitako domeinuak. Immunitate-sistemaren azterketa. Proteinen eta azido nukleikoen eta mintzen arteko elkarrekintza. Elkarrekintzak karakterizatzeko metodo biofisikoak: konplexuen egitura, kalorimetria, biosentsoreak.

3) Errendimendu handiko teknikak (HTS). HTS kontzeptua. HTS atzemateko teknikak. Tresna informatikoak eta estatistikoak.

4) Mikroarrayen teknologia.

Bigarren zatia:

Makromolekulen arteko elkarrekintzak detektatzeko metodoak:

1) Hibrido bikoitzeko sistemak.

2) Afinitate bidezko arazketa-sistema konbinatuak eta masen espektrometria.

3) PhageDisplay.

4) Interakzio genetikoen azterketa sistematikoa, letalitate sintetikoko saiakuntzen bidez.

5) mRNA-ren adierazpen-profilen korrelazioa.

6) ChIP (chromatin immunoprecipitation).

Eskola teorikoak, ikerketa-artikulu adierazgarrietan oinarritutako talde-lanak, eta ordenagailu-praktikak.

• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • Garatu beharreko proba idatzia (%): 85
  • Praktikak egitea (ariketak, kasuak edo buruketak) (%): 5
  • Lanen, irakurketen... aurkezpena (%): 10

Deialdi arrunta:

Deialdi arrunta amaierako ebaluazio sistema bat da, atal hauetan banatua:

A) Teoriaren edukien azterketa (%85). Azterketak irakasle bakoitzak ematen duen irakasgaiaren bi zati ditu. Gutxienez 5 puntu (10etik) lortu behar dira zati bakoitzean, azterketaren bataz bestekoa egiteko.

B) Talde-lanaren azalpena eta defentsa (%10).

C) Ordenagailu-praktiken txostena (%5).

B eta C atalek azken notan hartuko dira kontuan azterketa teorikoan batez besteko nota 5 edo handiagoa lortu denean.

Nahikoa da ikaslea azken probara ez aurkeztea, irakasgaiaren azken kalifikazioa “aurkeztu gabea” izateko.

Ebaluazio probak egiten diren bitartean, ikasleek debekatuta dute liburuak, oharra edo apunteak erabiltzea, baita telefono, elektronika, informatika edo bestelako aparatu edo gailuak ere. Nolanahi ere, etika akademikoari eta UPV/EHUko ebaluazio-probetan eta lan akademikoetan buruzko protokoloan zehaztatutakoa aplikatu da.

Ezohiko deialdia ebaluatzeko irizpideak deialdi arruntaren berdinak dira.

Deialdi arruntaren B eta C ataletako nota ezohiko deialdirako gordeko da.

Ez dago testuliburutzat har daitekeen liburu bakar bat. Ematen den irakasgaiaren zati handi bat ikasleek eskuragarri duten berrikuspenetan eta ikerketa-artikuluetan oinarritzen da.

Oinarrizko bibliografia

- High throughput protein expression and purification: methods and protocols (2009) Sharon A. Doyle. Totowa, N.J.: Humana Press ; [London : Springer, distributor]

- High Throughput Screening: Methods and Protocols (2002) Ed Humana Press

- Proteomics and Protein-Protein Interactions: Biology, Chemistry, Bioinformatics, and Drug Design. (2005) Gabriel Waksman. Springer.

- Applications of Chimeric Genes and Hybrid Proteins, Part C: Protein-Protein Interactions and Genomics (2000) Methods in Enzymology, Volume 328.

Gehiago sakontzeko bibliografia

Argitalpen zientifikoetako artikuluak landuko dira.

Aldizkariak

Science, Nature, Cell, Curr. Opin. Chem. Biol.

Web helbideak

------