El Diario Oficial del País Vasco publica, el 12 de octubre de 1936, el Decreto para el establecimiento de la Universidad Vasca, universidad de efímera existencia. La Facultad de Medicina fue el único centro que llegó realmente a ponerse en funcionamiento, dentro del Hospital de Basurto. Se matricularon 72 estudiantes para el primer curso preparatorio y otros 71 para cursos posteriores. El curso fue inaugurado el 1 de diciembre de 1936, en una ceremonia presidida por el Lehendakari José Antonio Aguirre.

Por Decreto Ley 5/68, de 6 de junio de 1968, se crea la Universidad de Bilbao, formada en un primer momento por la Facultad de Ciencias Económicas y Comerciales de Bilbao (creada en 1955 como continuación de la Escuela de Comercio) y las nuevas facultades de Medicina y de Ciencias.

La Facultad de Medicina inicia sus clases el 1 de octubre de 1968 en la antigua Escuela de Náutica en Bilbao, junto al puente de Deusto, con 30 docentes y 500 estudiantes.

En el curso 1969-1970 comienza la actividad académica en la Unidad Docente de Medicina en Basurto, en un edificio provisional construido en el terreno cedido por el Hospital.

El 3 de agosto de 1970 se coloca la primera piedra del futuro Campus de Bizkaia en Leioa-Erandio dando inicio a la construcción de un proyecto dirigido por CP Arquitectos.

En el curso 1972-1973 se inicia la actividad docente e investigadora en el actual edificio de la Facultad de Medicina y Enfermería, situado en el área de Leioa-Erandio. En esta sede realizarán los cursos preclínicos (1º, 2º y 3º) y en la Unidad Docente de Basurto los clínicos (4º, 5º y 6º).

La primera promoción de la Facultad de Medicina se licencia en el curso 1973-1974. En junio de ese mismo año se implantó el sistema MIR para la formación de médicos posgraduados.

A finales de diciembre de 1976 se firma el convenio para que el Hospital Universitario de Cruces pudiera albergar los cursos clínicos.

El 7 de marzo de 1978 se autoriza la creación de la Escuela Profesional de Estomatología, dependiente de la Facultad de Medicina de la Universidad de Bilbao. Con ella, el alumnado licenciado en Medicina podía cursar la especialización universitaria que habilitaba para el ejercicio de la profesión de dentista.

Se crea la Unidad Docente de Medicina en el Hospital Universitario de Donostia (entonces llamado Hospital Nuestra Señora de Aránzazu).

En el curso 1979-1980 se crea la Unidad Docente de Medicina en el Hospital Universitario de Txagorritxu, que en 2012 pasará a llamarse Hospital Universitario de Araba al fusionarse el Hospital de Txagorritxu y el Hospital Santiago Apóstol.

La Universidad de Bilbao se convierte en Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea el 25 de febrero de 1980.

En el curso 1986-1989 comienza a impartirse la licenciatura de Odontología, lo cual implica el cambio de denominación del centro: Facultad de Medicina y Odontología.

La UPV/EHU se convierte en la primera universidad del Estado en contar con un monumento que alberga las cenizas de quienes que donaron su cuerpo a la ciencia. El Bosque de la Vida se encuentar en el Arboretum del Campus de Bizkaia, en un claro junto al embalse de Lertutxe.

El 16 de noviembre de 2009 se inaugura el hospital virtual de la Unidad Docente de Medicina del Hospital Universitario de Basurto, al que un año más tarde se sumarán el de la Unidad Docente de Medicina del Hospital Universitario de Donostia-San Sebastián (29 de octubre de 2010) y de Cruces (24 de noviembre 2010) y dos años después el de Txagorritxu (27 de octubre del 2011). Nueve años más tarde se abrirá el hospital virtual en la Facultad de Medicina y Enfermería en el área de Leioa-Erandio (18 de diciembre del 2020).

El Grado de Fisioterapia comienza a impartirse en el curso 2011-2012.

El 4 de enero de 2016 se crea Facultad de Medicina y Enfermería, que surge de la reorganización de la Facultad de Medicina y Odontología, la Escuela Universitaria de Enfermería de Leioa (inaugurada en febrero de 1978) y la Escuela Universitaria de Enfermería de Donostia-San Sebastián (constituida en 1997, que funcionaba desde 1978 como Unidad Delegada de la de Leioa).

La rectora de la UPV/EHU Nekane Balluerka, la consejera de Educación Cristina Uriarte, y el consejero de Salud Jon Darpón presentan el proyecto del nuevo edificio de la Facultad de Medicina y Enfermería en un acto celebrado en Bilbao el 15 de diciembre de 2018.

El 30 de mayo de 2019 se aprueba la creación de la Unidad Docente de Medicina en el Hospital Universitario de Galdakao-Usansolo. La actividad docente comenzó en el curso 2020-2021.

El 29 de noviembre de 2019 se adjudica la redacción de proyectos y dirección de obras del nuevo edificio a la empresa cooperativa LKS-KREAN.

El edificio tiene configuración de cuatro peines para optimizar el espacio disponible, siendo el de mayor tamaño (zona sur) el que albergará los espacios de investigación y laboratorios docentes. Se construirá en la parcela triangular de alrededor de 5.300 metros cuadrados, limitada por la Avenida de Montevideo y la calle Gurtubay. Consta de 7 plantas más sótanos, con 71 aulas docentes, una biblioteca, 191 laboratorios, dos salones de grado, alrededor de 200 despachos, junto con espacios de administración y servicios.

El 18 de octubre de 2021 se publica la licitación de las obras del nuevo edificio. El plazo de ejecución de la obra será de 36 meses.

En octubre de 2021, se licita el contrato para la construcción del nuevo edificio con un presupuesto de 53.410.463 €, contrato que se adjudica provisionalmente, pero que no se formaliza debido a la escalada de precios de la energía y, posteriormente, a los efectos de la guerra de Ucrania.

En diciembre de 2022, se publica nuevamente la licitación de la obra por un importe de 64.092.555,22 €.

En junio de 2023, se adjudica el contrato para la construcción del nuevo edificio de la Facultad de Medicina y Enfermería en Basurto, a la UTE formada por Ferrovial Construcción S.A. y Eraikuntza Birgaikuntza Artapena S.L. (EBA), por un importe de 62.174.103,33 €.

El 28 de julio de 2023 se coloca la primera piedra del nuevo edificio de la Facultad de Medicina y Enfermería dando inicio a las obras.