Materia
Epidemiologia en la infección
Datos generales de la materia
- Modalidad
- Presencial
- Idioma
- Castellano
Descripción y contextualización de la asignatura
La asignatura optativa Epidemiología en la infección pertenece al itinerario de Infección e Inmunidad. Los marcadores de tipificación epidemiológicos, genotípicos y fenotípicos, se han empleado durante muchos años para el estudio epidemiológico y el seguimiento de las vías de diseminación de los microorganismos patógenos, tanto a nivel local como mundial. Su utilización permite poder discriminar entre cepas pertenecientes a brotes epidémicos y casos esporádicos de infección, así como detectar nuevas cepas infecciosas emergentes. Por otro lado, los marcadores moleculares o al menos algunos de ellos pueden ser útiles para la detección y el diagnóstico de los microorganismos, el conocimiento de los procesos infecciosos, la detección de nuevas dianas para el tratamiento o la elaboración de vacunas.El gran desarrollo de los marcadores que se pueden aplicar al estudio epidemiológico hace que sea necesario conocer en profundidad tanto los métodos clásicos como los de más reciente desarrollo, saber analizar los resultados obtenidos por ellos y utilizar los sistemas informáticos y el software disponible en Internet que permite seleccionar, desarrollar y analizar los microorganismos a nivel genómico antes de su estudio en el laboratorio.
Por ello, esta asignatura permitirá ampliar el conocimiento científico y el desarrollo del espiritu crítico entre el alumnado para el uso adecuado de estos marcadores microbianos en el estudio de brotes, epidemias u otras circunstancias en las que han demostrado de utilidad.
Profesorado
Nombre | Institución | Categoría | Doctor/a | Perfil docente | Área | |
---|---|---|---|---|---|---|
BIKANDI BIKANDI, JOSEBA | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Titular De Universidad | Doctor | Bilingüe | Microbiología | joseba.bikandi@ehu.eus |
MARTINEZ BALLESTEROS, ILARGI | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Agregado | Doctora | Bilingüe | Microbiología | ilargi.martinez@ehu.eus |
REMENTERIA RUIZ, AITOR DOMINGO | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Titular De Universidad | Doctor | No bilingüe | Microbiología | aitor.rementeria@ehu.eus |
GARAIZAR CANDINA, JAVIER | jubilado | Otros | Doctor | javier.garaizar@ehu.eus |
Competencias
Denominación | Peso |
---|---|
Conocer las características de los estudios epidemiológicos con la profundidad suficiente para comprender la utilidad de los marcadores de tipificación molecular y no molecular que se aplican a dichos estudios. | 34.0 % |
Ser capaz de analizar y reflexionar con sentido crítico sobre el uso de diferentes marcadores epidemiológicos en el estudio de la infección y ser capaz de comunicarlo eficazmente a una audiencia especializada. | 33.0 % |
Tener habilidad para manejar el software y las bases de datos disponibles en Internet de utilidad para los estudios epidemiológicos y aplicar in silico las técnicas de tipificación molecular a genomas secuenciados para diseñar experimentos de tipificación. | 33.0 % |
Tipos de docencia
Tipo | Horas presenciales | Horas no presenciales | Horas totales |
---|---|---|---|
Magistral | 10 | 12 | 22 |
Seminario | 14 | 30 | 44 |
P. Ordenador | 6 | 3 | 9 |
Sistemas de evaluación
Denominación | Ponderación mínima | Ponderación máxima |
---|---|---|
Examen Oral | 10.0 % | 10.0 % |
Exposiciones | 60.0 % | 60.0 % |
Trabajos Prácticos | 30.0 % | 100.0 % |
Resultados del aprendizaje de la asignatura
Conoce las características de los estudios epidemiológicos.Comprende y conoce la utilidad de los marcadores de tipificación que se aplican en los estudios epidemiológicos.
Sabe analizar y reflexiona con sentido crítico sobre el uso de los marcadores epidemiológicos que se utilizan en los estudios epidemiológicos.
Es capaz de comunicar e informar a una audiencia especializada información sobre la utilidad de los estudios epidemiológicos y sus marcadores.
Sabe manejar bases de datos y software sobre estudios epidemiológicos.
Sabe diseñar experimentos de tipificación y realiza técnicas de tipificación in silico a genomas secuenciados.
Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia
La asistencia es obligatoria. La evaluación del curso será mediante evaluación continua. Se tendrá en cuenta, por un lado, la calidad científica de las presentaciones de los seminarios por parte del alumnado(2/3 de la nota final) y, por otro lado, la superación con éxito de varios ejercicios on-line de la plataforma de genotipicación del curso (1/3 de la nota final). Si el alumno no acude a las clases se considerará que renuncia a la convocatoria y constará como «No presentado». Los alumnos tendrán derecho a ser evaluados mediante el sistema de evaluación final, con independencia de haber participado o no en el sistema de evaluación continua.En caso de que la situación socio-sanitaria, derivada de la pandemia de COVID-19, dificultara o impidiera el desarrollo de la docencia presencial, esta pasaría a impartirse on-line utilizando la plataforma que disponga la Institución junto con recursos digitales de libre acceso disponibles en la web. En estas circunstancias, la evaluación también se realizaría on-line, manteniendo las herramientas y porcentajes de calificación indicados en el apartado correspondiente.
Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia
La evaluación del curso será mediante evaluación continua. Se tendrá en cuenta, por un lado, la calidad científica de las presentaciones de los seminarios por parte del alumnado(2/3 de la nota final) y, por otro lado, la superación con éxito de varios ejercicios on-line de la plataforma de genotipicación del curso (1/3 de la nota final). En el supuesto de no ser posible la docencia presencial, se utilizará la plataforma de comunicación eGela que incluye, entre otras, la herramienta Blackboard Collaborate para videoconferencias.Temario
Programa teórico1. Introducción a la Epidemiología en la Infección. Definiciones y conceptos.
2. Descripcción de los principales marcadores fenotípicos: Serotipo, fagotipo, biotipo, antibiotipo, etc.
3.Descripcción de los principales marcadores genotípicos: basados en el ADN plasmidico y cromosómicos, hibridación del genoma, basados en la secuenciación de genes individuales o del genoma completo, MLVA, etc.
4.Uso crítico de los marcadores epidemiológicos en estudio de las infecciones. Criterios de interpretación y análisis estadístico.
Programa práctico
1. Uso de la plataforma informática in-silico.ehu.eus para el análisis genotipico.
Seminarios
Presentación y discusión individualizada de seminarios preparados por cada alumno/a tras el análisis y síntesis de la bibliografía.
Bibliografía
Materiales de uso obligatorio
Se utilizará la plataforma on-line eGela para la comunicación entre el equipo docente y el alumnado. En esta página específica para apoyo a la docencia estarán disponibles los resúmenes de los temas impartidos, las lecturas recomendadas y las presentaciones del alumnado, así como los enlaces a los trabajos bioinformáticos.Bibliografía básica
Nelsoon K. E., Williams C. M. Infectious disease epidemiology; theory and practice. Jones andBartlett publishers. Boston. 2006
Dijkshoorn L., Towner K. J., Struelens M. New approaches for the generation and analysis of
microbial typing data. Elsevier. Amsterdam. 2006
Townes KJ, Cockayne A. Molecular methods for microbial identification and typing. Chapman
and Hall. London, 2006
Bikandi et al. (2004). In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and
endonuclease restriction. Bioinformatics 20: 798 -799.
Garaizar et al. (2006). DNA microarray technology: a new tool for the epidemiological typing
of bacterial pathogens. FEMS Immunology and Medical Microbiology 47: 178-9.
van Belkum et al. (2007). Guidelines for the validation and application of typing methods for
use in bacterial epidemiology CMI, 13 (Suppl. 3), 1-46.
van Belkum A. (2008). Newer Methods for Bacterial Strain Typing. Clinical Microbiology
Newsletter 30: 63-69.
Bibliografía de profundización
Tang S, Orsi RH, Luo H, Ge C, Zhang G, Baker RC, Stevenson A, Wiedmann M. Assessment and Comparison of Molecular Subtyping and Characterization Methods for Salmonella. Front Microbiol. 2019 Jul 12;10:1591. doi: 10.3389/fmicb.2019.01591. PMID: 31354679; PMCID: PMC6639432.Brown E, Dessai U, McGarry S, Gerner-Smidt P. Use of Whole-Genome Sequencing for Food Safety and Public Health in the United States. Foodborne Pathog Dis. 2019 Jul;16(7):441-450. doi: 10.1089/fpd.2019.2662. Epub 2019 Jun 13. PMID: 31194586; PMCID: PMC6653787.
Van Goethem N, Descamps T, Devleesschauwer B, Roosens NHC, Boon NAM, Van Oyen H, Robert A. Status and potential of bacterial genomics for public health practice: a scoping review. Implement Sci. 2019 Aug 13;14(1):79. doi: 10.1186/s13012-019-0930-2. PMID: 31409417; PMCID: PMC6692930.
Revistas
Epidemiology and infectionJournal Clinical Microbiology
European Journal of Epidemiology
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Applied and Environmental Microbiology
International Journal of Food Microbiology
Research in Microbiology
Journal of Hospital Infection
Journal of Medical Microbiology
Journal of Infectious Diseases
Journal of Applied Microbiology
Enlaces
http://insilico.ehu.es/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/