Descripción y contextualización de la asignatura

La asignatura optativa Epidemiología en la infección pertenece al itinerario de Infección e Inmunidad. Los marcadores de tipificación epidemiológicos, genotípicos y fenotípicos, se han empleado durante muchos años para el estudio epidemiológico y el seguimiento de las vías de diseminación de los microorganismos patógenos, tanto a nivel local como mundial. Su utilización permite poder discriminar entre cepas pertenecientes a brotes epidémicos y casos esporádicos de infección, así como detectar nuevas cepas infecciosas emergentes. Por otro lado, los marcadores moleculares o al menos algunos de ellos pueden ser útiles para la detección y el diagnóstico de los microorganismos, el conocimiento de los procesos infecciosos, la detección de nuevas dianas para el tratamiento o la elaboración de vacunas.



El gran desarrollo de los marcadores que se pueden aplicar al estudio epidemiológico hace que sea necesario conocer en profundidad tanto los métodos clásicos como los de más reciente desarrollo, saber analizar los resultados obtenidos por ellos y utilizar los sistemas informáticos y el software disponible en Internet que permite seleccionar, desarrollar y analizar los microorganismos a nivel genómico antes de su estudio en el laboratorio.



Por ello, esta asignatura permitirá ampliar el conocimiento científico y el desarrollo del espiritu crítico entre el alumnado para el uso adecuado de estos marcadores microbianos en el estudio de brotes, epidemias u otras circunstancias en las que han demostrado de utilidad.

Resultados del aprendizaje de la asignatura

Conoce las características de los estudios epidemiológicos.

Comprende y conoce la utilidad de los marcadores de tipificación que se aplican en los estudios epidemiológicos.

Sabe analizar y reflexiona con sentido crítico sobre el uso de los marcadores epidemiológicos que se utilizan en los estudios epidemiológicos.

Es capaz de comunicar e informar a una audiencia especializada información sobre la utilidad de los estudios epidemiológicos y sus marcadores.

Sabe manejar bases de datos y software sobre estudios epidemiológicos.

Sabe diseñar experimentos de tipificación y realiza técnicas de tipificación in silico a genomas secuenciados.

Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia

La asistencia es obligatoria. La evaluación del curso será mediante evaluación continua. Se tendrá en cuenta, por un lado, la calidad científica de las presentaciones de los seminarios por parte del alumnado(2/3 de la nota final) y, por otro lado, la superación con éxito de varios ejercicios on-line de la plataforma de genotipicación del curso (1/3 de la nota final). Si el alumno no acude a las clases se considerará que renuncia a la convocatoria y constará como «No presentado». Los alumnos tendrán derecho a ser evaluados mediante el sistema de evaluación final, con independencia de haber participado o no en el sistema de evaluación continua.

En caso de que la situación socio-sanitaria, derivada de la pandemia de COVID-19, dificultara o impidiera el desarrollo de la docencia presencial, esta pasaría a impartirse on-line utilizando la plataforma que disponga la Institución junto con recursos digitales de libre acceso disponibles en la web. En estas circunstancias, la evaluación también se realizaría on-line, manteniendo las herramientas y porcentajes de calificación indicados en el apartado correspondiente.

Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia

La evaluación del curso será mediante evaluación continua. Se tendrá en cuenta, por un lado, la calidad científica de las presentaciones de los seminarios por parte del alumnado(2/3 de la nota final) y, por otro lado, la superación con éxito de varios ejercicios on-line de la plataforma de genotipicación del curso (1/3 de la nota final). En el supuesto de no ser posible la docencia presencial, se utilizará la plataforma de comunicación eGela que incluye, entre otras, la herramienta Blackboard Collaborate para videoconferencias.

Temario

Programa teórico



1. Introducción a la Epidemiología en la Infección. Definiciones y conceptos.

2. Descripcción de los principales marcadores fenotípicos: Serotipo, fagotipo, biotipo, antibiotipo, etc.

3.Descripcción de los principales marcadores genotípicos: basados en el ADN plasmidico y cromosómicos, hibridación del genoma, basados en la secuenciación de genes individuales o del genoma completo, MLVA, etc.

4.Uso crítico de los marcadores epidemiológicos en estudio de las infecciones. Criterios de interpretación y análisis estadístico.



Programa práctico

1. Uso de la plataforma informática in-silico.ehu.eus para el análisis genotipico.



Seminarios



Presentación y discusión individualizada de seminarios preparados por cada alumno/a tras el análisis y síntesis de la bibliografía.

Bibliografía

Materiales de uso obligatorio

Se utilizará la plataforma on-line eGela para la comunicación entre el equipo docente y el alumnado. En esta página específica para apoyo a la docencia estarán disponibles los resúmenes de los temas impartidos, las lecturas recomendadas y las presentaciones del alumnado, así como los enlaces a los trabajos bioinformáticos.

Bibliografía básica

Nelsoon K. E., Williams C. M. Infectious disease epidemiology; theory and practice. Jones and

Bartlett publishers. Boston. 2006

Dijkshoorn L., Towner K. J., Struelens M. New approaches for the generation and analysis of

microbial typing data. Elsevier. Amsterdam. 2006

Townes KJ, Cockayne A. Molecular methods for microbial identification and typing. Chapman

and Hall. London, 2006

Bikandi et al. (2004). In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and

endonuclease restriction. Bioinformatics 20: 798 -799.

Garaizar et al. (2006). DNA microarray technology: a new tool for the epidemiological typing

of bacterial pathogens. FEMS Immunology and Medical Microbiology 47: 178-9.

van Belkum et al. (2007). Guidelines for the validation and application of typing methods for

use in bacterial epidemiology CMI, 13 (Suppl. 3), 1-46.

van Belkum A. (2008). Newer Methods for Bacterial Strain Typing. Clinical Microbiology

Newsletter 30: 63-69.

Bibliografía de profundización

Tang S, Orsi RH, Luo H, Ge C, Zhang G, Baker RC, Stevenson A, Wiedmann M. Assessment and Comparison of Molecular Subtyping and Characterization Methods for Salmonella. Front Microbiol. 2019 Jul 12;10:1591. doi: 10.3389/fmicb.2019.01591. PMID: 31354679; PMCID: PMC6639432.



Brown E, Dessai U, McGarry S, Gerner-Smidt P. Use of Whole-Genome Sequencing for Food Safety and Public Health in the United States. Foodborne Pathog Dis. 2019 Jul;16(7):441-450. doi: 10.1089/fpd.2019.2662. Epub 2019 Jun 13. PMID: 31194586; PMCID: PMC6653787.



Van Goethem N, Descamps T, Devleesschauwer B, Roosens NHC, Boon NAM, Van Oyen H, Robert A. Status and potential of bacterial genomics for public health practice: a scoping review. Implement Sci. 2019 Aug 13;14(1):79. doi: 10.1186/s13012-019-0930-2. PMID: 31409417; PMCID: PMC6692930.

Revistas

Epidemiology and infection



Journal Clinical Microbiology



European Journal of Epidemiology



European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases



Applied and Environmental Microbiology



International Journal of Food Microbiology



Research in Microbiology



Journal of Hospital Infection



Journal of Medical Microbiology



Journal of Infectious Diseases



Journal of Applied Microbiology

Enlaces

http://insilico.ehu.es/



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/