Son tres las líneas fundamentales que desarrolla el Instituto. En primer lugar, la referida a los procesos de nacionalización y las diversas dinámicas que estos generan: creación de identidades, desarrollo de formulaciones nacionales desde el Estado y/o desde la sociedad, confrontación de propuestas, mecanismos de nacionalización y resultados, etcétera. bien de signo estatal o su contrario, etc. Este análisis se enriquece con la competencia observada de proyectos nacionales en el caso vasco. Se dedica también un espacio al estudio de culturas políticas que no han tenido a la cuestión territorial como central en sus actuaciones.

Una segunda línea se vincula a los estudios de la violencia política, con las conexiones que ello tiene tanto con la memoria de las víctimas, la propia narrativa de la violencia y las dificultades que entraña, o el nexo entre violencia y procesos de nacionalización. En los últimos años se le ha prestado en el Instituto una atención singular a los fenómenos terroristas y a la violencia de intención y objetivos políticos desde los años de la guerra civil hasta el presente.

Finalmente, se mantiene la atención a la línea original y que dio a luz al Instituto, como es la historia social en su acepción más amplia y abierta, entendida sobre todo como herramienta epistemológica, como mirada de la realidad y como perspectiva que ofrece una gran cantidad de temáticas para su abordaje.