El Departamento de Inmunología, Microbiología y Parasitología se compone de 3 Secciones Departamentales, denominadas Sección Departamental de la Facultad de Ciencia y Tecnología (Leioa), Sección Departamental de la Facultad de Farmacia (Vitoria-Gasteiz) y Sección Departamental de la Facultad de Medicina (Leioa).

Este Departamento imparte docencia en varios grados y también tiene una larga experiencia en docencia de postgrado. Actualmente es responsable del Máster MICROBIOLOGÍA Y SALUD y de un programa de Doctorado. Este Departamento viene formando Doctores desde su constitución, habiéndose dirigido más de 100 tesis doctorales.

En el Departamento están constituidos varios grupos de investigación cuyo trabajo se desarrolla en líneas relacionadas con las infecciones humanas, y también otras de ámbito medioambiental. El Servicio de Microbiología y Control de la Infección del Hospital Universitario de Basurto está vinculado a este Departamento. Asimismo, existen vinculaciones investigadoras y de formación con otros centros y Universidades.