Aunque es un centro relativamente joven, porque los estudios universitarios de informática lo son, la Facultad de Informática tiene ya una larga historia tras de sí. Los orígenes de la misma se remontan al 9 de agosto de 1971, cuando se crea en San Sebastián un Centro de Informática dependiente del Instituto de Informática surgido en Madrid en 1969 y que acababa de aprobar, en junio de 1971, un plan de estudios estructurado en cinco cursos: Programador de Aplicaciones, Programador de Sistemas, Analista de Aplicaciones, Analista de Sistemas, y Técnico de Sistemas.

La Facultad, tal como la conocemos hoy, nace el 4 de marzo de 1976, cuando se crean en el estado español las primeras Facultades de Informática, en Barcelona (U. Politécnica), Madrid (U. Politécnica), y San Sebastián, dependiendo ésta en ese momento de la Universidad de Valladolid. Donostia se convierte así en una de las tres primeras ciudades del estado en ofrecer estudios universitarios de informática, un ejemplo de la previsión y dinamismo de quienes promovieron en su momento una universidad para Gipuzkoa y Euskal Herria.

En esas fechas se está gestando ya lo que en breve será la Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea, que culminará el anhelo de este país por una universidad pública propia. En 1977 la Facultad se incorpora a la Universidad de Bilbao, creada en 1968, la cual, el 25 de febrero de 1980, se convertirá en la actual UPV/EHU.

Han dirigido el centro desde su formación: Josep Miró (71/78), Luis Gurruchaga (78/83), Javier Torrealdea (83), Josu Aranberri (84/85), Javier Torrealdea (85/92), Julio Abascal (92/95), Iñaki Morlán (96/03), Julián Gutiérrez (03/07), Clemente Rodríguez (08), Arantza Illarramendi (08/10), Agustin Arruabarrena (11/14), Kepa Sarasola (14/17) y Alexander Mendiburu (17/actualidad).

La oferta formativa de la Facultad ha ido adaptándose en estos años al ritmo vertiginoso con el que cambian las disciplinas que impartimos. Los estudios iniciales de informática dan paso a una Licenciatura en el curso 1978/79 (5 años divididos en dos ciclos), que es ligeramente modificada en el curso 1982/83. La Licenciatura en Informática es sustituida, en todo el Estado, por la Ingeniería Informática, comenzando su andadura el curso 1994/95 y siendo modificada ligeramente en el curso 2001/02. Por otra parte, el curso 2000/01 se ofrece por primera vez una Ingeniería Técnica enInformática de Sistemas en tres años. La reforma de todos los planes de estudio en el estado, ligada al denominado proceso Bolonia, da por concluida esa etapa, concentrándose la oferta, a partir del curso 2010/11, en un Grado en Ingeniería Informática de cuatro años y 240 créditos, con tres especialidades.

La formación de postgrado también ha ido evolucionando, desde los tradicionales Cursos de Doctorado hasta los actuales cursos Máster. Tras una primera experiencia con el Máster en Ciencia y Tecnología de Computadores, que tuvo tres ediciones en los años 91 a 93, la oferta se ha concretado en los siguientes Másteres: Ingeniería de Sistemas Empotrados e Hizkuntzaren Azterketa eta Prozesamendua (a partir del curso 2007/08), Sistemas Informáticos Avanzados, Ingeniería Computacional y Sistemas Inteligentes, y Tecnología de Apoyo a la Autonomía Personal (a partir del curso 2009/10). A partir del curso 14/15 la oferta se amplia con el Máster profesional en Ingenieria Informática, el Máster en Computación de Altas Prestaciones, y el Máster "Erasmus Mundus" Language and Communication Technologies.

Los departamentos con sede en el centro -Arquitectura y Tecnología de Computadores, Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial, y Lenguajes y Sistemas Informáticos- ofrecen en la actualidad dos Programas de Doctorado con "mención hacia la excelencia".