El Departamento de Fisiología imparte las asignaturas adscritas a las áreas de conocimiento de Fisiología y Fisioterapia, dirigidas hacia la formación que debe adquirir el alumnado de los siguientes Centros:
•    Facultad de Medicina y Enfermería, en los grados de Medicina, Odontología y Fisioterapia.
•    Facultad de Farmacia, en los grados de Farmacia, Nutrición Humana y Dietética y en el doble grado de Farmacia y Nutrición Humana y Dietética.
•    Facultad de Ciencia y Tecnología, en el grado de Bioquímica y Biología Molecular
EL Departamento, además, imparte docencia en las Aulas de la Experiencia, en la asignatura “Salud y actividad física” impartida en los tres Campus de la UPV/EHU, (Araba, Bizkaia y Gipuzkoa) y en la asignatura “Ejercicio físico, fragilidad y enfermedades crónicas” impartida en el Campus de Gipuzkoa

El Departamento de Fisiología es responsable de la docencia del Máster en Investigación Biomédica, ofertado en común con el Departamento de Biología Celular e Histología y del Máster en Envejecimiento Saludable y Calidad de Vida. Además, es responsable de la signatura “Fundamentos de lipidómica y liporregulación” del Máster en Biología Molecular y Biomedicina.
El Departamento colabora activamente en varios másteres oficiales de otras universidades públicas estatales.