La Facultad de Economía y Empresa (FEE) reviste una gran complejidad institucional consecuencia de su naturaleza multicentro y multicampus, ya que cuenta con dependencias en los Campus universitarios de Álava, Bizkaia y Gipuzkoa. Los procesos académicos y administrativos, tendentes a organizar, coordinar y gestionar las enseñanzas de grado y posgrado, se realizan a través de los órganos de gobierno colegiados, según se especifica en su Reglamento interno.

La gestión y coordinación de la FEE se realiza de una manera descentralizada y relacionada de los órganos de gobierno colegiados. La Junta de Facultad es el órgano supremo de gobierno y administración del Centro, y en ella están representados los distintos colectivos que forman parte de ella. Este órgano puede constituir cuantas comisiones delegadas juzgue oportunas para el ejercicio de sus funciones.

Para favorecer la descentralización y agilización de las actividades de gestión se ha creado la figura de los Vicedecanos o Vicedecanas Coordinadores que forman parte del Equipo de Coordinación junto con el/la Decano/a, el/la Secretario/a Académico/a y la persona que ostenta la Jefatura de Administración.

Cada una de las cuatro secciones que componen el Centro dispone de su Junta de Sección y Comisión de Sede (en el caso de Sarriko), presidida por la persona que ostenta el Vicedecanato Coordinador correspondiente y el Decano en el caso de Sede. Asimismo, cada una de las secciones que componen la FEE, alberga sus respectivos vicedecanatos de área, manteniendo reuniones periódicas en lo que concierne a sus competencias. En el caso del Vicedecanato de Posgrado su actuación es común para toda la Facultad y reside en Sede.

A nivel del personal Técnico y de Administración y Servicios también existe una descentralización, que es coordinada por la persona que ostenta la Jefatura de Administración.

Junto a los órganos colegiados mencionados anteriormente se han desarrollado mecanismos de decisión y coordinación, como las reuniones del Decano o Decana con la Mesa Paritaria, con la dirección de los departamentos y otras de carácter bilateral, que tienen como objeto facilitar la gestión interna y la gobernanza multinivel.