Uno de los objetivos fundamentales de este Departamento es contribuir, en la medida de sus posibilidades, al avance y desarrollo de la ciencia en las áreas de conocimiento de Economía Aplicada, Métodos Cuantitativos para la Economía y la Empresa o áreas afines como Fundamentos del Análisis Económico, Economía Financiera o Estadística e Investigación Operativa. Para lograr este objetivo los profesores desarrollan su actividad investigadora  de manera individual o en grupo y la dan a conocer por medio de comunicaciones en congresos científicos,  publicación de artículos en revistas científicas, libros, etc.

El Departamento mantiene dos grupos de investigación consolidados: el Grupo de Investigación en Econometría (Econometrics Research Group, ERG) y el Grupo de Investigación en Análisis Multivariante, Optimización y Técnicas de Imputación. Investigadores de ambos grupos suelen concurrir a convocatorias públicas de proyectos de investigación, tanto estatales como europeas, del Gobierno Vasco o de la propia UPV/EHU, y es normal que en cualquier momento haya en el departamento varios proyectos de investigación en vigor.

Los profesores doctores del Departamento,  suelen participar también impartiendo asignaturas en los programas de Máster y, también en ellos, dirigiendo a los alumnos de Máster en sus primeros trabajos de investigación, que se presentan como Proyectos de Fin de Máster y en algunos casos, posteriormente dirigiendo las tesis doctorales de los alumnos que, una vez finalizado el Máster, deciden continuar con el Doctorado..