El Museo está organizado en base a siete salas organizadas en torno a cuatro grandes espacios: Espacio de encuentro, Espacio Escolar, Espacio Vasco y Espacio enseñanzas y aprendizajes y Centro de Documentación.

Cuando los visitantes llegan al Museo lo primero con lo que se encuentran es con un espacio abierto y amplio, de unos 50 m2 en el que reciben una primera explicación de lo que van a poder ver en el museo. Es el espacio de encuentro y presentación del mismo, en el cual han sido instalados también una serie de carteles sobre la "Universidad Vasca", en los que se muestra la creación por parte del Gobierno Vasco durante la segunda República, de dicho proyecto universitario y se explica la evolución y significado de esta primera "Universidad Vasca". Se trata de un espacio que relaciona la realidad universitaria de la UPV/EHU con relación a su inmediato pasado

Hemos recuperado ocho pupitres dobles del periodo franquista, junto con una mesa de profesor, una pizarra de pared negra, y demás elementos ornamentales.
Con todo ello hemos procedido a recrear un aula de los años 50-60. Este es un elemento importante ya que va a servir para que los visitantes se sitúen en un modelo escolar tradicional que, bien pueden recordar por experiencia propia, o bien pueden conocerlo a través de las clases de Historia de la Educación, en caso de ser alumnado de los grados de magisterio o pedagogía. Asimismo hemos conseguido la cesión de material más moderno, correspondiente a la reforma educativa de los años 70 que se ha instalado junto al anterior, de manera que los visitantes, de un golpe de vista puedan ver los cambios estructurales en el mobiliario escolar. El objetivo de este espacio es explicar lo que significa la escolarización, evocando la escuela vivida y las experiencias escolares

Este espacio está organizado en dos salas que van a permitir al visitante hacer un recorrido de lo acontecido en el País Vasco en la educación formal desde comienzos del siglo XIX: los efectos de la Ley Moyano, las Guerras Carlistas, el Sexenio revolucionario, la Dictadura de Primo de Rivera, etc.).En este espacio queremos resaltar la importancia de la lengua y cultura propias y las acciones que Diputaciones y Ayuntamientos realizaron para defender el euskara, un papel clave lo tienen las Escuelas de Barriada de Vizcaya y las Escuelas Rurales de Gipuzkoa, así como las Escuelas de Artes y Oficios y los Institutos Provinciales. Fruto de la colaboración con un voluntario hemos conseguido dos maquetas, una de la Escuela de Artes y Oficios de San Sebastián y otra del Instituto Provincial, actualmente en pie pero ya sin usos educativos formales. Asimismo se han incorporado una serie de paneles sobre una de las primeras acciones que organizó el Gobierno Vasco durante la II República: la evacuación de los niños de las zonas de guerra y su envío a "colonias" establecidas en diversos países de Europa y México. Se trata de un espacio relacionado con la infancia en sus diversas facetas.
Una segunda sala está dedicada a mostrar lo ocurrido en el País Vasco desde la finalziación de la Guerra Civil. Durante el periodo franquista, surgieron en diversos pueblos de la geografía vasca unas escuelas que funcionaban de manera irregular en las que, aunque no estaba permitido, se enseñaba en lengua vasca. Estamos recreando una de estas "etxe-eskola" (escuelas domésticas), en las que se practicaba, fundamentalmente, una enseñanza activa, con paseos y aprendizaje informal. Contamos para ello con algunos cuadernos escolares de los utilizados en ellas y con fotografías y testimonios de quienes fueron alumnos de este tipo de centros. En este espacio también incluimos los movimientos de renovación pedagógica, los pasos dados para el establecimiento del Curriculum Vasco, la alfabetización en lengua vasca, etc.
Está previsto que este espacio se coloquen elementos que constituyen cada vez más la "marca" de un centro, especialmente los privados, desde uniformes, a banderines, que van a ser útiles para que crear una identidad compartida entre los estudiantes.  También se  prevé incluir las voces de la escuela, con relatos de vida de maestros y maestras; actividades extraescolares (tamborrada, fútbol playero, etc.), una cronología de las leyes educativas, etc.

El espacio que hemos denominado "Enseñanzas y aprendizajes" ocupa dos salas en las que van a estar expuestos material utilizados para la enseñanza de la física, química, geografía, ciencias naturales, etc.   Estos instrumentos, provenientes de diversos centros públicos y privados, nos van a permitir conocer la enseñanza y aprendizaje de las diversas asignaturas que constituyen el currículo escolar. El estudio del material científico es reflejo de unas determinadas intenciones pedagógicas y la dotación de este tipo de instrumentos ha sido también un elemento de "distinción" para algunos centros. Hemos obtenido de algunos de estos centros la cesión en depósito de parte de este material. En el momento de redactar este escrito el ME-UPV/EH-UHM ha recibido una donación de los Hermanos de La Salle de más de 60 objetos científicos para la enseñanza de la física, química, electricidad, óptica, etc. datados a principios del siglo XX y fabricados por la casa Deyrollé de París y Cultura de Madrid.

El Centro de documentación pone a disposición de los interesados libros de texto, cuadernos escolares, memorias escolares, etc. utilizados durante el siglo XX. Asimismo, contamos con una biblioteca sobre temática educativa, donde podemos encontrar libros de los siglos XVIII, XIX  y XX que versan sobre historia de la educación.
En la siguiente página web podemos encontrar parte del material documental aquí expuesto:
https://www.ehu.eus/euskal-hezkuntza/espanol/