La mejoría en el manejo y tratamiento de pacientes quirúrgicos y médicos ha estado acompañada por un incremento en el número de infecciones que amenazan la salud del paciente debido a hongos patógenos oportunistas. Los tratamientos contra el Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA), la quimioterapia y las altas dosis de corticosteroides han contribuido al incremento del número de pacientes inmunodeprimidos. Muchos individuos inmunodeprimidos desarrollan infecciones oportunistas de hongos filamentosos saprofíticos, tales como las especies del género Aspergillus que se encuentran en el ambiente y que originalmente eran considerados de baja virulencia. Estas infecciones son con frecuencia fulminantes y fatales para individuos inmunodeprimidos.

El desarrollo de nuevos y específicos fármacos ha mejorado el control de las infecciones producidas por Aspergillus sp. Sin embargo, el diagnóstico continúa siendo difícil, debido a que los sistemas convencionales de detección y caracterización de especie por medio del cultivo del microorganismo y la observación tanto de su morfología macroscópica como microscópica son métodos muy lentos, que requieren de gran experiencia por parte del microbiólogo que lo lleva a cabo y además, no siempre son eficaces debido a la variabilidad fenotípica que puede mostrar una misma cepa en diversas condiciones.

La amplificación de las regiones ITS, principalmente las regiones ITSI e ITSII, seguida de secuenciación y análisis comparativo de la secuencia obtenida, es actualmente un método recomendado para la identificación de especies de Aspergillus a nivel de sección o complejo de especies (Balajee et al. 2007. Studies in Mycology. 59: 39-46). Sin embargo, la identificación entre especies dentro de una misma sección es complicada, ya que las diferencias morfológicas y moleculares son pequeñas. Aún así, la identificación de Aspergillus a nivel de especie puede realizarse mediante la amplificación por PCR de dianas más específicas, como el gen de la ß-tubulina, seguido de un análisis comparativo de la secuencia amplificada (Balajee et al. y col, 2007, citado supra).

Los sistemas utilizados actualmente para la detección e identificación de Aspergillus sp. como agente causal de un proceso infectivo o contaminación son normalmente poco efectivos, tediosos o conllevan un elevado coste. Por ello, existe la necesidad de desarrollar un sistema rápido, sencillo y sensible que permita, la detección y diferenciación de Aspergillus sp. de otros géneros, de secciones diferentes dentro del mismo género Aspergillus e incluso de las especies más relevantes dentro de esas secciones, partiendo de muestras de diversa procedencia.