Salamancako Unibertsitatean Medikuntza eta Kirurgiako lizentziatura lortu zuen. Oviedoko, Murtziako unibertsitateetan eta UPV/EHUn aritu zen irakaskuntzan eta ikerkuntzan. Irakasle izateaz gain, eginkizun garrantzitsuak izan ditu gure unibertsitatean: Medikuntza Fakultateko idazkaria (1974-1975), Akademia Antolakuntzako errektoreordea (1980-1984) eta errektorea (1991-1996). Era berean, 1984ko uztailetik 1987ko maiatzera arte Eusko Jaurlaritzako Osasun eta Gizarte Segurantza Saileko Osasun eta Kontsumo sailburuordea izan zen. 1996an Eusko Ikaskuntzako lehendakari hautatu zuten. Gainera, Europako Zientzia eta Arteen Akademiako eta Medikuntzako Errege Akademiako kide izan zen. Juan José Goiriena, gainera, Jakiundeko euskaltzain oso izan zen 2007an Akademia sortu zenetik.

1997tik Basurtuko Mediku Institutuko zuzendaria da, Kirol Medikuntzan espezializatua. Irakasleak 20 doktore-tesi zuzendu ditu, eta horietatik bostek Aparteko Saria jaso zuten. 80 komunikazio eta ikerketa lan baino gehiagoren egilea ere izan da, horien artean British Journal of Pharmacology: Enzime; Med. SCI. Sports Exerc; j Appl. Physiol, etab. Halaber, liburu askotan parte hartu du irakasleak. Bere azken ikerlanen artean txirrindularitzaren fisiologiarekin lotutakoak nabarmendu ziren, eragin handieneko kirol arloko aldizkarietan (Sport Ciencias) argitaratutakoak. Jaso zituen sarien artean, aipatzekoak dira doktorego-tesiagatik jaso zuen Sari Berezia (1973) eta UPV/EHUren Urrezko Domina (1996).

“Juan José Goirienaren heriotza galera handia da Euskal Herriko Unibertsitatearentzat –adierazi du Nekane Balluerka UPV/EHUko errektoreak–. Goiriena irakaslea akademiko aparta izan da irakaskuntzaren eta ikerkuntzaren arloan, baina horrez gain, gure herriarekiko eta Euskal Herriko Unibertsitatearekiko konpromiso sendoa erakutsi zuen, horren adibide izanik Eusko Jaurlaritzan edo Eusko ikaskuntzan egindako lana edo unibertsitate honetan sutsu egindakoa. Bere errektoretza taldearen ezaugarria izan zen gure unibertsitateari egonkortasuna eman izana, bai erakunde moduan, bai finantza arloan, biak ala biak guztiz ezinbestekoak izanik unibertsitatea gerora garatu ahal izateko. Lanean jarraitzeko oinarri sendoa ezarri zuen, eta ekarpen hori ez dugu inoiz ahaztuko".