Antropogenética

Práctica O1. Bases de datos.

En esta práctica se revisarán una serie de bases de datos disponibles en internet e interesantes desde el punto de vista de la práctica Antropogenética.

1. La Base de Datos del Genoma Humano
En la página del NCBI podemos encontrar herramientas muy interesantes para manejar secuencias de ADN, ya sea con el objetivo de identificarlas o para diseñar unos cebadores eficaces.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=Nucleotide

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa que permite identificar una secuencia determinada.

Seleccionando primero la herramienta BLAST, después Nucleotide BLAST,la base de datos del genoma humano, pegar la secuencia especificada y pulsar en BLAST, para identificar a qué genes corresponden las siguientes secuencias, o en todo caso, cuál es el gen más cercano.

Secuencia 1:

1 atttccagtg ctagaggccc acagtttcag tctcatctgc ctccactcgg cctcagttcc
61 tcatcactgt tcctgtgctc acagtcatca attatagacc ccacaacatg cgccctgaag
121 acagaatgtt ccatatcaga gctgtgatct tgagagccct ctccttggct ttcctgctga
181 gtctccgagg agctggggcc atcaaggcgg accatgtgtc aacttatgcc gcgtttgtac
241 agacgcatag accaacaggg gagtttatgt ttgaatttga tgaagatgag atgttctatg
301 tggatctgga caagaaggag accgtctggc atctggagga gtttggccaa gccttttcct
361 ttgaggctca gggcgggctg gctaacattg ctatattgaa caacaacttg aataccttga
421 tccagcgttc caaccacact caggccacca acgatccccc tgaggtgacc gtgtttccca
481 aggagcctgt ggagctgggc cagcccaaca ccctcatctg ccacattgac aagttcttcc
541 caccagtgct caacgtcacg tggctgtgca acggggagct ggtcactgag ggtgtcgctg
601 agagcctctt cctgcccaga acagattaca gcttccacaa gttccattac ctgacctttg
661 tgccctcagc agaggacttc tatgactgca gggtggagca ctggggcttg gaccagccgc
721 tcctcaagca ctgggaggcc caagagccaa tccagatgcc tgagacaacg gagactgtgc
781 tctgtgccct gggcctggtg ctgggcctag tcggcatcat cgtgggcacc gtcctcatca
841 taaagtctct gcgttctggc catgaccccc gggcccaggg gaccctgtga aatactgtaa
901 aggtgacaaa atatctgaac agaagaggac ttaggagaga tctgaactcc agctgcccta
961 caaactccat ctcagctttt cttctcactt catgtgaaaa ctactccagt ggctgactga

Secuencia 2:

aattggaagc aaatgacatc acagcaggtc agagaaaaag ggttgagcgg caggcaccca

En dos artículos sobre una misma inserción Alu ha encontrado una diferencia en los cebadores. Encuentre qué pareja es la correcta mediante la opción especializada de BLAST para el diseño de cebadores. Para ello, seleccionar la herramienta BLAST, después Primer-BLAST, pegar ambos cebadores en su cuadro correspondiente, seleccionar "Genome for selected organisms", "Homo sapiens" y pulsar "Get primers".

1. Primer F: GCCTCATGGCCTGAATCTGCCAGTGTCCTT
Primer R: GTAACTGACCTGCCCTCTATAGTATAGTCT

2. Primer F: GCCTCATGGCCTGATTCTGCCAGTGTCCTT
Primer R: GTAACTGACGTGCCCTCTATAGTATAGTCT

2. PCR y enzimas de restricción

Obtenga la secuencia de la región lactasa que se amplifica con el siguiente par de cebadores y compruebe la existencia del lugar de restricción para la enzima Hin6I(HinP1I).

Primer F: CTCAGTGATCCTCCCACCTC
Primer R: CCCCTACCCTATCAGTAAAGGC

Será preciso utilizar de nuevo la herramienta Primer-BLAST. Se obtiene el tamaño del amplificado, la referencia del fragmento en GenBank y la posición de los nucleótidos que acotan el amplificado dentro de este fragmento. Se selecciona el enlace a la región del amplificado, se especifica la posición de ambos extremos del amplificado y se copia la secuencia que muestra.

En la página de Nebcutter se pega la secuencia. Pulsando en "Submit" se otiene un mapa del fragmento y de los lugares de restricción. Pulsando en la enzima correspondiente, el programa informará, entre otras cosas, del tamaño del fragmento que quedará en el extremo 5'.

3. La base de datos pop.STR (http://spsmart.cesga.es/popstr.php)

Busque en esta base de datos las frecuencias de los alelos y poblaciones que se especifican:

	Mujer khoi

4. Allele Frequency Net Database (http://www.allelefrequencies.net/)

Obtenga y anote en el cuadro inferior las frecuencias de:
HLA-A*02:01 en la Isla de Pascua
HLA-DRB1*04:07 en los Tehuelche de Patagonia
HLA-B*07:02 en los Inuit Yupik de Alaska
HLA-DQB1*02 en los Ceilandeses de Sri Lanka
HLA-DQA1*01:02 en los Amhara de Etiopia

@Jose A. Peña, 2007-2024 UPV/EHU