La Escuela de Ingeniería de Bilbao nace el 5 de Enero de 2016, como consecuencia de un proceso de reorganización de facultades y escuelas dentro de la Universidad del País Vasco. Este nuevo centro universitario aglutina las instalaciones, personal, estudiantes y titulaciones que hasta entonces se repartían en 4 escuelas, algunas de ellas centenarias. Esos diferentes orígenes marcan el devenir histórico de este nuevo centro hasta su creación, por lo que a continuación, se reseña brevemente el recorrido de cada uno de los centros que se integraron esta nueva realidad. 

La Escuela de Ingenieros de Bilbao fue el segundo Centro de Estudios Superiores de la Villa y su fundación fue promovida por el Ayuntamiento de Bilbao, la Diputación Foral de Vizcaya, así como por distintos empresarios y técnicos.

El día 2 de abril de 1897, S.M. la Reina Regente Doña María Cristina otorgaba en Palacio un Real Decreto por el que "se establece en Bilbao, a expensas principalmente de la Diputación Provincial de Vizcaya y del Ayuntamiento de aquella Villa, una Escuela de Ingenieros Industriales".

En 1899, se constituyó la Junta del Patronato que procedió al nombramiento de profesores interinos y del Director de la Escuela, cargo que recayó en D. Darío Bacas, Ingeniero de la Armada. Todos los nombramientos fueron refrendados por el Gobierno. El 27 de octubre de 1899, se publicaba en el Diario oficial el Reglamento provisional de la Escuela, abriéndose seguidamente plazo de matrícula para el nuevo curso, en el que se inscribieron 107 alumnos. Finalmente el día 2 de noviembre de 1899, tuvo lugar en el salón de actos del Instituto vizcaíno el solemne acto de apertura de curso. La primera Promoción de la Escuela finalizó sus estudios el año 1904, y se graduaron cuatro alumnos.

Una época importante de la Escuela fue la comprendida entre los años 1954 y 1957, siendo su Director D. Leandro José de Torróntegui, ya que en ese momento se inicia una fase de modernización y puesta al día. Este periodo comienza con el traslado del Centro desde las instalaciones iniciales de la plaza de la Casilla hasta las actuales, que se inauguran el 17 de Marzo de 1958.

En 1983, se promulga la Ley de Reforma Universitaria, que pretende adaptar la Universidad española a las necesidades de una sociedad moderna. La transferencia de la UPV/EHU al Gobierno Vasco se produce en el año 1985. A partir de esta fecha, la Escuela diversifica su campo de trabajo, comenzando con la implantación, en diciembre del año 1986, se de la carrera de Ingeniería de Telecomunicación.

La Escuela Técnica de Peritos Industriales fue creada por orden ministerial de 8 de mayo de 1942, comenzando las clases el día 7 de diciembre del mismo año, a instancia de varios grupos sociales de Bilbao y con el fin de completar la formación de Técnicos para la Industria del País Vasco.

Las necesidades de Profesorado se cubrieron con personal interino muy seleccionado, a base de Ingenieros y Peritos de prestigio que trabajaban en la industria con cargos de responsabilidad.

En 1944 se inicia el nombramiento de Profesores de Cátedra con la de Dibujo, a la que siguieron en 1945 las de Matemáticas, Física, Química, Química Analítica, Química Industrial y Electrotecnia, completándose el equipo en años sucesivos.

Al no disponer de edificio propio, las clases se impartían por las tardes en el edificio perteneciente a la Escuela de Ingenieros Industriales, recayendo la Dirección del Centro en la misma de la Escuela de Ingenieros. La independencia de la Escuela Técnica de Peritos Industriales comenzó en 1951, siendo su primer director D. Ramón Losada. En el año 1958 el edificio de la antigua Escuela de Ingenieros se destinó en su totalidad a Escuela Técnica de Peritos Industriales. Más adelante, se solicitó del Ministerio de Educación Nacional la subvención necesaria para la construcción de uno nuevo más acorde con las exigencias de la enseñanza a impartir. El nuevo edificio fue inaugurado en 1963.

Posteriormente, de acuerdo con la Ley de Reordenación de las Enseñanzas Técnicas de 29 de Abril de 1964, la Escuela pasa a denominarse Escuela de Ingeniería Técnica Industrial. Y más adelante, la Escuela se integra en la Universidad como Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial. En el año 2012 se trasladó al nuevo edificio ubicado junto a la antigua Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao.

Los inicios se remontan a la Escuela de Capataces y Facultativos de Minas, que se fundó en Bilbao en el año 1913, y se ubicó en el barrio de Atxuri, con el objetivo de hacer frente a la demanda de personas preparadas que exigía el creciente desarrollo de las explotaciones mineras y la industria en general.

En la década de los 60, la Escuela se traslada a Barakaldo, y es en el año 1972 cuando pasa a depender directamente de la Universidad, bajo la denominación de Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Minera, siendo los estudios de tres años de duración.

En el curso académico 2000/01 se implanta la titulación de Ingeniería Técnica de Obras Públicas, que se mantiene actualmente. En el año 2012 la escuela abandonó su ubicación en Barakaldo para instalarse al nuevo edificio ubicado junto a la antigua Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao.

La Escuela de Náutica de Bilbao se fundó a iniciativa del Ayuntamiento de la Villa en colaboración con el Consulado y la Diputación General del Gobierno Universal del Señorío de Vizcaya. Una vez tomado el acuerdo por las Juntas Generales de Gernika en 1739 de establecer en Bilbao una Escuela de Náutica, se nombró director de la misma al capitán de fragata lequeitiano Don Joseph Vicente Ybañez de la Rentería, el cual había  publicado el  año  anterior, 1738, en Bayona la obra «Explicación del Círculo Náutico Astronómico Universal», pero su nombramiento tuvo carácter interino hasta que en 1742 se  hizo cargo el  maestro de náutica  y  matemáticas  Don Miguel Archer, bilbaíno, nacido en 1689.

Durante el reinado de Carlos III, 1783, mediante Real Orden se permite que los Directores de Pilotos y los Maestros de las Escuelas de Navegación examinaran de Pilotin y de Pilotos de primero y segundo a quienes quisieran dedicarse a la profesión marinera y de conductores de barcos. Ya en este siglo, el R.D. de 28 de mayo de 1915 declaró Escuelas Oficiales de Náutica, a doce en total, entre ellas la de Bilbao y el R.D. de 7 de febrero de 1925 divide los estudios de náutica en dos ramas: la de Náutica y la de Máquinas.

Instalada inicialmente en los locales del Instituto de 2ª Enseñanza de Bilbao, en 1925 se traslada a Deusto, concretamente a la actual ubicación del Instituto Botikazar. En esta ubicació permaneció hasta 1968, cuando se trasladó al actual edificio radicado en Portugalete.

La Ley 144/61 de 23 de diciembre acomoda a la estructura general de las Enseñanzas Técnicas, a las que se equiparan, las Enseñanzas que se imparten en las Escuelas Oficiales de Náutica. El proceso de incorporación de estas enseñanzas al sistema educativo general culmina con el Decreto 1439/1975 por el que se otorga a las enseñanzas cursadas en estas Escuelas el nivel de 2º ciclo de enseñanzas universitarias, la O.M. del 18 de octubre de 1977 que establece el plan de estudios de las titulaciones: Diplomatura y Licenciatura en Náutica y Diplomatura y Licenciatura en Máquinas Navales, y el R.D. de 4 de diciembre de 1980 que otorga la denominación de Escuelas Superiores de Marina Civil a las antiguas Escuelas Oficiales de Náutica.