Información general
La versión que se encuentra instalada en el cluster es DIRAC08. Dirac es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares usando mecánica-cuántica relativista.
Como ejecutar
Para ejecutar dirac hay que crear un script para torque y utilizar la herramienta de pam de dirac. El SGI/IZO ha actualizado pam deshabilitando la opción -mpi, ya que el sistema de colas se encarga de gestionar los procesadores. Dirac (bases y pam incuidos) esta instalado en /software/Dirac08.
Un script de ejemplo se encuentra aquí.
Benchmarks
El tipo de cálculos que realiza dirac requiere de bastantes recursos computacionales, y realiza muchas operaciones I/O por ello, no paralaliza muy bien como se puede ver en la pruebas realizadas:
| nproc | Itanium | Opteron | Pendulo (1:ppn=nproc) |
| 1 | 2176 | 4650 | 3603 |
| 2 | 2056 (1.04) | 3370 (1.37) | 3100 (1.16) |
| 4 | 990 (2.19) | 1847 (2.5) | 1840 (1.97) |
| 8 | 730(2.98) | 1054 (4.4) | NA |
| El speed-up se muestra en negrita. | |||
Input y sistema utilizado para los benchmarks.