Informazio orokorra

Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.

Nola exekutatu

Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada

blast2go

bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere, [intlink id=”939″ type=”page”]opteron edo xeon[/intlink] nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.

Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skripetan gehitzea:

/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties

edo nahi diren opzioekin eta b2gPipe.properties fitxeroa zuzen konfiguratzea. B2gPipe.properties adibide fitxero bat kopiatu dezakezue

cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .

Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko blast2go.properties fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -> DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:

// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it

Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan teknikariekin.

Informazio Gehiago

BLASTeko [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] bertsio paraleloa ere instalatuta dago.

Blast2GOko tutoriala.

Informazio gehiago Blast2GO web orrialdea.