Eguneko artxiboak: January 24, 2012

Gulp 4.0

Uncategorized @eu

Informazio Orokorra

GULP programak  materialeen  era askotako simulazioak  egin dintzake 0-D  (molekula eta klusterrak), 1-D (polimeroak), 2-D (azalerak, lauza, …) da , edo 3-D (solidoa peridikoak).  Kodearen helburua soluzio analitiko bat lorztea da da, “sare dinamika” (ahal denean) erabiltzen  dinamika molekularraren ordez. Indarr-eremu anitzak erabili ditzake.

Erabili aurretik mesedez begira bere erabilera baldintzak.

Guinness:/Softwarea/Gulp katalogoan instalatuta dago.

Nola erabili

send_gulp

  • GULP ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia honakoa da:
  • send_gulp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
NODES: Number of nodes.
PROCS: Number of  processors.
TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
See examples below.   More information about this options

Adibideak

  • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    • send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    • send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    • send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    GULP lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_gulp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://projects.ivec.org/gulp/

    LAMMPS

    Biokimika, Software_eu

    LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”)  Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek  MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode  irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.

    Informazio orokorra

    LAMMPS  dinamika molekular klasikoak egiteko  kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.

    Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.

    Nola erabili

    send_lmp

    • LAMMPS ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
    • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

    • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    send_lmp job1.in 1 4 04:00:00
    • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
    • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    LAMMPS lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://lammps.sandia.gov