Hileko artxiboak: January 2012

MCCCS Towhee 7.0.2

Software_eu

Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.

 

Informazio orokorra

Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko  (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).

 

Nola erabili

send_towhee

  • Towhee ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
  • send_towhee OUT NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Outputaren izana da
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua
TIME: Kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan.
MEM: Aukerakoal. Memoria  Gb-etan( 1GB/core-ko esleituko du adierazten ez bada).
[``Other Torque Options'' ] Optional. Kola sistemari adierazi nahi zaizkion beste hainbat aukera.
Ikus azpian adibidea..   More information about this options

Adibideak

  • OUT izango da output.a.   Lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    • send_towhee OUT 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    • send_towhee out 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    • send_towhee OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    Towhee  lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    send_towhee-n adierazitako output  fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_towhee-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://towhee.sourceforge.net

     

    Genepop

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    4.1 bertsioa.

    Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations.

    Nola erabili

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/Genepop < input_file

    Non input_file Genepop-en opzioak dituen fitxeroa da, hots, Genepop interaktiboan egiten dituen galdereen erantzuna. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    Genepopen web orrialdea.

    CLUMPP

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    1.1.3 bertsioa. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as [intlink id=”5861″ type=”post”]structure[/intlink], so that they match up as closely as possible. The user has the option of choosing one of three algorithms for aligning replicates, with a tradeoff of speed and similarity to the optimal alignment.

    Nola erabili

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/CLUMPP

    CLUMPPek behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interactiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    CLUMPPen web orrialdea.

    Structure

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    2.33 bertsioa

    The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including SNPS, microsatellites, RFLPs and AFLPs.

    Nola erabili

    Interfaz grafikoa exekutatzeko Pendulon, Maiz edo Guinnessen exekutatu

    structure

    Aplikazio grafikoak exekutatu ahal izateko irakurri [intlink id=”48″ type=”post”]nola konektatu Arinara[/intlink].

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/structure

    structure behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    Structureren web orrialdea.

    Gulp 4.0

    Uncategorized @eu

    Informazio Orokorra

    GULP programak  materialeen  era askotako simulazioak  egin dintzake 0-D  (molekula eta klusterrak), 1-D (polimeroak), 2-D (azalerak, lauza, …) da , edo 3-D (solidoa peridikoak).  Kodearen helburua soluzio analitiko bat lorztea da da, “sare dinamika” (ahal denean) erabiltzen  dinamika molekularraren ordez. Indarr-eremu anitzak erabili ditzake.

    Erabili aurretik mesedez begira bere erabilera baldintzak.

    Guinness:/Softwarea/Gulp katalogoan instalatuta dago.

    Nola erabili

    send_gulp

    • GULP ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia honakoa da:
    • send_gulp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

  • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    • send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    • send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    • send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    GULP lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_gulp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://projects.ivec.org/gulp/

    LAMMPS

    Biokimika, Software_eu

    LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”)  Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek  MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode  irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.

    Informazio orokorra

    LAMMPS  dinamika molekular klasikoak egiteko  kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.

    Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.

    Nola erabili

    send_lmp

    • LAMMPS ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
    • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

    • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    send_lmp job1.in 1 4 04:00:00
    • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
    • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    LAMMPS lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://lammps.sandia.gov