Hileko artxiboak: October 2010
Publikazioak
Ikerketa Arlo Nagusiak
TORQUE/MAUI Ilara-sistema
Zerbitzarian test txikiak konpilatu eta egin daitezke: ordu bete baino gehiagoko lanak automatikoki ezabatzen dira. Kalkulu handiagoak egiteko ilara-sistemaren bidez bidali behar dira. Jarraitu TORQUE/MAUI Ilara-sistema irakurtzen
Ohizko qsub komando
Programak ilaretara bidaltzeko agindu hau erabiltzen da qsub:
qsub script_file
Jarraitu Ohizko qsub komando irakurtzen
qsub interaktiboa
Modu interaktiboa: Ez bada inongo fitxeroa zehazten eta qsub soilik exekutatzen bada Jarraitu qsub interaktiboa irakurtzen
Sarbidea
Nola lortu kontu bat
Klusterrak EHUko ikertzaile guztien eskura daude; konektatzeko [intlink id=”3″ type=”page”]kontua eskatu[/intlink] behar dute, enpresak eta beste erakundeak jarri arremanetan teknikariekin. Dena den, kalkulu-nodoak erabiltzeko ere kalkulu-denbora [intlink id=”3″ type=”page”]eskatu behar[/intlink] da; denbora hori fakturatu egiten da. Baliabideak eskaerak ebaluatu ondoren esleituko dira. EHUko ikertzaileei fakturatuko zaien indarrean dagoen salneurriaren arabera. Péndulo klusterra doanik da eta ez da beharrezkoa kalkulu denbora eskaera egitea.
Nola Konektatu
Zerbitzarira konektatzeko ezinbestekoa da ssh bezeroa izatea. Windows/Mac (OSX gabe) sistema eragilea duten makinetan (Secure Shell, putty) programaren modukoak erabili. Aplikazio grafikoen leihoak esportatu ahal izateko tresna osagarri bat behar da, adibidez Xwin32 (IISIGen kontsultatu baimenen gaia edo intalatzeko, 15-4400 luzapena), Cygwin edo X2GO (gomendatuta etxetik konektatzeko eta windows ordenagailuentzat).
Unix/Linux sistema eragilea duten makinetan (Mac OSXen ere bai), terminal batetik erabili:
ssh -X usuario@katramila.lgp.ehu.es
ssh -X usuario@kalk2017.lgp.ehu.es
Aplikazio grafikoak
Flag-X delakoari esker aplikazio grafikoak exekutatu ahal izango ditugu Linuxen eta OSXen
Aplikazio grafikoak erabiltzerakoan, hau da, StarCD, StarCCM+, ADF, Maestro, ECCE, … bezalakoak, X2GO tresna bitartez egitea gomendatzen dugu, askoz ere azkarrago erabili ahal izango baitituzue. Instalazioa erraza da. Kontutan hartu behar duzuena Guinness, Maiz edo Péndulo zerbitzaria erabiltzea besterik ez da. Aukeratu behar da saioaren ezaugarrietan, saio mota “Aplicación” eta komandoa “Terminala”.
Beste TORQUE Agindu Interesgarriak
Informazio eta agindu gehiago nahi badituzu, jo ezazu TORQUE eta MAUI eskuliburuetara.
TORQUEk posta-helbide jakin batera mezua bidal diezagun agindu dezakegu, jakiteko lana noiz hazten den ibiltzen (b); lana bukatutakoan ere (e) mezua bidal diezaguke ; horretarako, scriptari hau gehitu behar diogu:
#PBS -M nirekontua@ehu.es
#PBS -m be
Nodo mota edo arkitektura aukeratzko etiketa bat gehitu behar zaio nodes lerrora. Balio diren etiketak opteron, itanium, itanium4, itanium8 eta itaniumb. Nodoak dituzten etiketak itanium eta opteron ezaugarrietan ikusi daitezke. Jarri adibidez:
#PBS -l nodes=1:ppn=8:itanium
Lana bidaltzeko nodoak aukera daitezke. Adibidez, scriptaren lerro honekin:
#PBS -l nodes=cn13:ppn=4+cn14:ppn=2
lana 4 prozesadore dituzten cn13 nodoetara eta 2 prozesadore dituen cn14 nodora bidaltzen du.
Lana kide garen beste talde batera bidali nahi badugu eta talde hori lehenetsita ez badago, erantsi sasiagindu hau:
#PBS -W group_list=grupo
grupo taldearen izena da. Lan horren fakturazioa adierazitako taldeari egokitzen zaio.
AMBER
Informazio orokorra
AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) programaren 14. bertsioa eta AMBER-tools15. Potentzial enpirikoak erabiltzen dituen programa da eta dimanika molekularra eta energi minimizazioak egiten ditu. Sistema biologikoetarako erabiltzen da bereziki.
Nola erabili
Seriean eta paraleloan konpilatuta dago eta direktorio honetan topatu daitezke programak:
/software/bin/amber/
send_amber
lanak kolara bidalteko send_amber tresna prestatu dugu:
send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"] Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes Nodes: is the number of nodes Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node. Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation Mem: the PBS memory (in gb) [Mem] and ["Other_queue_options"] are optional
“Other queue options” aukerarentzako see examples below:
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234" send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"
Informazio gehiago
Eskura kagoen kalkulu softwarea
Quantum MechanicsKola etiketak |
Katramila xeon,rh7,xeon20 |
Guinness xeon,oxeon |
Kalk2017 xeon,rh7,xeon28 |
||
| [intlink id=”1659″ type=”post”]Abinit[/intlink] |  |
|
|||
| [intlink id=”1599″ type=”post”]ADF[/intlink] | 2017.110 | 2017.110 | 2017.110 | ||
| [intlink id=”1677″ type=”post”]BigDFT[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1959″ type=”post”]Casino 2.4[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1549″ type=”post”]Dirac 08[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1627″ type=”post”]Espresso[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1569″ type=”post”]Gamess Jan 2009 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian 03 & 09[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2043″ type=”post”]Jaguar[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1893″ type=”post”]MIKA .81[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2071″ type=”post”]NBO 5[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2348″ type=”post”]NWChem 6.3[/intlink] | 6.3 | |
|||
| [intlink id=”4545″ type=”post”] Orca 3.0.3 [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”8850″ type=”post”]PSI4[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”8091″ type=”post”]Qbox[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2085″ type=”post”]Qsite[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 2.0.1[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 3.0[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1607″ type=”post”]TB-LMTO 4.6 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”4697″ type=”post”] Turbomole 6.6 [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2358″ type=”post”]VASP[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1641″ type=”post”]Wien2K[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1667″ type=”post”]Yambo 3.2.2 [/intlink] | |
|
|||
Biochemistry / Molecular Mechanics |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1975″ type=”post”]Amber[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2035″ type=”post”]DL_POLY [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2003″ type=”post”]Gromacs[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”5759″ type=”post”]GULP 4.0 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5719″ type=”post”]LAMMPS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2057″ type=”post”]Macromodel[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2021″ type=”post”]NAMD 2.6 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5953″ type=”post”]Towhee 7.0.2[/intlink] | |
||||
Matematika eta Grafikoak |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1401″ type=”post”] Coin-or [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”5252″ type=”post”] CPLEX [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1367″ type=”post”]Grace 5.1.19 [/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1447″ type=”post”]Mathematica [/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1433″ type=”post”]Matlab [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1375″ type=”post”]Matplotlib[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.3 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.4 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8633″ type=”post”]R, RCommander eta RStudio[/intlink] | 3.3.3 | 3.3.2 | 3.3.3 | ||
| [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.1.1 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.2.2 [/intlink] | |
||||
Genetika |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
Kola Etiketak |
xeon20 rh7 |
oxeon xeon12 xeon8 |
xeon28 rh7 |
||
| [intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1483″ type=”post”]BEAST[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”6011″ type=”post”]BLAST[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2Go[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”6121″ type=”post”]Clean_reads[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5897″ type=”post”]CLUMPP[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7668″ type=”post”] Cufflinks [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5921″ type=”post”]Genepop[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8067″ type=”post”]IDBA-UD[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”7975″ type=”post”]MetAMOS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7877″ type=”post”]QIIME[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8037″ type=”post”]SPAdes[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”5861″ type=”post”]Structure[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7660″ type=”post”]TopHat [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7113″ type=”post”]Trinity[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7748″ type=”post”]USEARCH[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] | |
||||
Bisualizazio Softwarea |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”5370″ type=”post”] Gaussview[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”3538″ type=”post”] Maestro [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1279″ type=”post”] Molden [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2133″ type=”post”] NX client[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1357″ type=”post”] P4VASP [/intlink] | |
|
|||
| x2Go | |
|
|||
| [intlink id=”5532″ type=”post”] XCrysDen [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1267″ type=”post”] Xmakemol [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”3558″ type=”post”] VMD[/intlink] | |
|
|||
Beste Softwarea |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1393″ type=”post”] GAP 4.4 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5475″ type=”post”] Gretl [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1383″ type=”post”] HTK 3.4.1 [/intlink] | |||||
| [intlink id=”1865″ type=”post”] NCL-NCAR [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1587″ type=”post”] OOMMF [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”6888″ type=”post”] PHENIX[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8522″ type=”post”] SCIPION[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1457″ type=”post”] STAR-CCM+[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1879″ type=”post”] WRF 3.1 [/intlink] | |