Eguneko artxiboak: September 22, 2010

Siesta nola bidali

F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

Nola bidali Siesta

Koletara bidaltzeko hiru era daude:

  • send_siesta komandoa erabiliz.
  • qsub interaktiboan erabiliz.
  • Qsub-entzako script arrunt bat sortuz.

send_siesta

send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu:

send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM ["Other queue options"]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria Gb-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak
job1 lana, nodo batean eta 4 itaniumb prozesadoretan bidalzteko:

send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 4 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu:

send_siesta job2 2 4 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

job2 lana 4 nodo 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako RAM memoria eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.

send_siesta job2 4 8 200:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_siesta aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -n burutuko du -azken kasua 2 edo nodo gehiago erabiliz gero-. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera.

 

Qsub interaktiboa

Exekutatu

qsub

eta erantzun galderei.

qsub tradizionala

Sortu pbs-rentzako scrip bat,[intlink id=”677″ type=”post”] hemen adibideak daude[/intlink], non siesta exekutatzeko gehitu lerro hau

/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

non input fitxeroa gehitu estensio gabe.

Lanen jarraipena

      send_siesta edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:
remote_vi
gvim erabiliz, siesta kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol
xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.ANI fitxategia irekiko digu.
remote_qmde
xmgrace programarekin Dinamila Molekularra egiten ari den siesta kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik. Adibideak 3465 lanarentzako:

remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465

Macromodel Nola Bidali

Lanak Bidaltzeko
  1. Sarrera fitxategiak prestatu eta gero, kalkulua ilara sistemara bidaltzeko moduak honakoak dira:
    • send_mmodel:
      send_mmodel JOBNAME
      JOBNAME input-aren izena delarik.
    • [intlink id=”667″ type=”post”]qsub[/intlink] interaktibo-a erabiliz.

    Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

Euskarri Estrategikoa

Zerbitzuak
  • Konputazio zientifikoaren alorrean garapen aipagarrienen jarraipena, Zerbitzua hobetzeko asmoarekin.
  • Zerbitzu berarentzako edo eskatzen duen erakundeko ikertzaile edo ikertzaile taldeentzako Kalkulu zientifikorako ekipamendu berri bat eskuratzeari buruzko aholkularitza.
  • Ikerketa taldeek erabiltzeko softwarea eskuratzeko kudeaketa.
  • EHUn dagoen softwarearen arrazionalizazioa.
  • Kalkulu zientifikoko ekipamendua eskuratzeko deialdi publiko lehiakorrentzako eskaerak prestatzeari buruzko aholkularitza, bai eta deialdi horietan erakundearentzat eraginkorrenak diren ikertzaileen aliantzei buruzkoak.

VASP

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

Vienna Ab-initio of Simulation Package

DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta.

Lizentzia izatea beharrezkoa da.

Nola erabili

Paraleloan honekin exekutatu daiteke:

/software/bin/vasp

[intlink id=”1357″ type=”post”]p4vasp[/intlink] eta [intlink id=”5532″ type=”post”]XCrySDen[/intlink] ikustarazteko softwarea instalatuta dago. Fitxeroak XCrySDen formatora pasatzeko XfsConvert instalatuta dago, erabiltzeko exekutatu:

v2xfs

Kalkuluen jarraipena

Kalkuluen conbergentzia aztertzeko

remote_vi JOB_ID

komandoa dago. Honek OSZICAR eta OUTCAR fitxeroak irekitzen ditu eta energia eta energiaren aldaketa marrazten ditu. Honetarako ssh -X erabili behar da konexioa irekitzerakoan edo X2GO erabili grafikoen lehioak ireki ahal izateko.

Informazio gehiago

VASP home page eta dokumentazioa.

VTST tools.

NWchem

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau.

[intlink id=”2307″ type=”post”]Nola erabili NWchem[/intlink]

Informazio gehiago

NWchem home page.

Zerbitzura sartzeko politika

Baliabide Konputazionalen Kudeaketa

Sarbidea

Informatika Zerbitzu Nagusia (Kalkulu Zientifikoa) (IZN) EHUko Ikerkuntzarako Zerbitzu Orokorren (SGIker) parte da; beraz, haien protokoloak eta araudiak betetzen ditu.
Ikertzaileek[intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak eska ditzakete[/intlink] baliabide konputazionaletarako; bestela, teknikariengana ere jo dezakete, laguntza eskatzera. Institutu publikoetarako eta enpresetarako sarrera eskatzeko [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] jarri behar dute harremanetan. Informazio gehiago honako loturan aurkitu dezakete: [intlink id=”71″ type=”category” /] Informazioa Enpresentzat.[/intlink]

Ordenagailuan nahi beste denbora egon daiteke, baina kalkulu-denbora fakturatu egiten da, bai EHUko ikertzaileei, bai enpresei, bai institutu publikoei, bai gainerako agenteei ([intlink id=”71″ type=”category” /]ikus kanporako tarifak[/intlink]). UPV/EHUko ikertzailek beheko fakturazioa jarraitzen dute. Diskontuak adostu daitezke kalkulu kopuru handiagatik edo beste unibertsitatekin, enpresekin edo erakundeekin eraturako hitzarmenen bitartez.

Tarifak

Tarifa hau indarrean egongo da 2011 azaroaren 30a arte, zerbitzuko azpiegitura nabarmen aldatzen ez bada (ez dago ezer programatuta).

2010 uztailaren 1etik 2010 azaroaren 30 arte proportzionalki fakturatuko da.

Tarifas por uso de CPU

  1. Talde batentzako tarifa 0.044 euro/ordu/core izango da taldeak zerbitzuak duen kalkulu denboraren %3.7 iritsi arte (10.100 kalkulu egunak 10.000 euro direnak).
  2. Kontsumo hemendik aurrera kalkulatzen dena 0.0044 euros/ordu/core salneurrira fakturatuko da.

Diska/Biltegiratze tarifak

Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

  1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
  2. Ez da fakturatuko 3 GBetatik baino gutxiatik.
  3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
  4. Beheko taulako salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera.
Rango de uso de CPU Tarifa de Almacenamiento
(en días al año) (Euros/Gb) al mes
2500< cpu 0.1
100< cpu <2500 0.5
1< cpu <100 1.0
0< cpu <1 1.5

EHUko ikertzaileen fakturazioa BGUen bitartez egin behar da (BGUrik ez izanez gero, [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] harremanetan jarri behar da). Lukua ez saturatzeko eta kudeaketa errazteko eta optimizatzeko[intlink id=”2275″ type=”post”] kalkulurako denbora-eskaria[/intlink] egin behar da.

Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea – KB3


Ikerkuntza Errektoreordeari sarrera-politikak eta erabiltzaileentzako gastuak (aholkularitza-zerbitzua eta hardwarearen erabilera) zehazten laguntzeko Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea (KB3) osatu da. Erabakiak irizpide hauek oinarri hartuko dira:

  1. IZNko baliabideen eskuragarritasuna.
  2. Eskarien garrantzi akademikoa.
  3. KB3 batzordeak erabakitzeko.

KB3 hauek osatzen dute:

  1. Ikerkuntzako errektoreordea.
  2. Campus bakoitzeko arduradun bana.
  3. Kalkulu zientifikoan gaitasun ziurtatua duen zientzialari bat, Ikerkuntzako errektoreordeak izendatua.
  4. Zerbitzuko teknikariak.

Hona hemen KB3 batzordeak hartutako erabaki nagusiak:

  • EHUko ikertzaile guztiek eska dezakete [intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak [/intlink] Arinan. Kontratatuta ez daudenek Unibertsitateko irakasle baten bermea beharko dute. Lukua erabiltzaile guztiek berdin erabiliko dute.
  • Baliabideak eskaera bidez esleituko dira (eskaera ikertzaile-taldeek egin behar dute). Ikertzaile-talde bakoitzak PUZa erabiltzeko denbora jakin bat izango du eta denbora hori fakturatu egingo da.
  • Kalkulu-denboren banaketa.

MKL Intelen matematika-liburutegiak

Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

Informazio orokorra

Liburutegi horiek osagai hauek dituzte: LAPACK eta BLAS liburutegiak, Fourier-en transformatuak, PARDISO (ekuazio linealen sistema handiak ebazten ditu), funtzio matematikoak (Vector Math Library-VML) eta funtzio estatistikoak (Vector Statistical Library-VSL).

Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.

 

Nola linkatu

Arkitektura desberdinentzako nola linkatu ez badakizu mesedez kontsultatu teknikariei.

Defektuz instalatutako liburutegiak

  • 11.1 Itanium2 nodoetan (/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/64).
  • 15.0 Xeon nodoetan (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).
  • 15.0 Pendulon (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).

Informazio gehiago

MKL 10.1 erabiltzailearen eskuliburua pdf formatuan.

MKL 10.1 liburutegien eskuliburua.

VSL 9.1ren eskuliburua pdf

Online informazioa.