Informazio orokorra

Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.

Nola exekutatu

Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada

blast2go

bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere, [intlink id=”939″ type=”page”]opteron edo xeon[/intlink] nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.

Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skripetan gehitzea:

/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties

edo nahi diren opzioekin eta b2gPipe.properties fitxeroa zuzen konfiguratzea. B2gPipe.properties adibide fitxero bat kopiatu dezakezue

cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .

Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko blast2go.properties fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -> DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:

// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it

Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan teknikariekin.

Informazio Gehiago

BLASTeko [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] bertsio paraleloa ere instalatuta dago.

Blast2GOko tutoriala.

Informazio gehiago Blast2GO web orrialdea.

Informazio orokorra

mpiBLAST blast-en  bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan.

mpiBLAST BLASTeko bertsio zaharrean oinarrituta dago eta sintaxi zaharra erabiltzen du,  esteka honetan eskuragarri dago.

Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Zure [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skriptetan exekutatu nahi baduzu honakoa gehitzea nahikoa da:

/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats

Adibidez, blastx erabiltzeko nr base datuarekin eta emaitzak XMLn lortzeko eta [intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2GO[/intlink]rekin gero erabiltzeko honako agindua erabili beharko litzateke:

/software/bin/mpiblast -output-search-stats -use-virtual-frags -use-parallel-write -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml

send_blast behin exekutatu dezakezue adibide script bat lortzeko. Gomendagarria da -use-virtual-frags aukera erabiltzea data basearen kopia lokal bat egin ez dadin, hau memorian kargatuko da. Penduloko nodoak memoria gutxi dute eta garrantzitsua da jakitea zenbat memoria erabiliko duen kalkulua zuzen exekutatzeko (ikus mpiBLAST errendimenduari buruzko txostena).

Beharrezkoa da data basea formateatzea zatitan eta kore (cpu) bakotzari zati bat ematea. Adibidez, nr data basea 6 zatitan formateatzeko erabili:

/software/bin/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T

mpiBLAST kalkulorako eskatu behar diren kore kopurua data basearen zatiak gehi bi izan behar da, kasu honetan 8 kore adibidez.

mpiBLAST oso ondo eskalatzen du. Test eta benchmark batzuk egin ditugu memoriaren ta cpuren erabilera aurreikusteko ondorengo mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean.

Errendimendua

Kalkuluak prestatzeko lagungarri izan daiteke errendimenduari buruzko txostena. Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira.

Informazio gehiago

mpiBLASTeko web orrialdea. Hemen manualak eta tutorialak topatu ditzazkezu.
[intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2GO[/intlink] ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean

Informazio orokorra

BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing phylogenies but is also a framework for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability.

Nola erabili

input.xml sarrera fitxeroa exekutatzeko erabili:

/software/bin/beast input.xml > output.log

Beste BEAST instalatutako programak:

beast, beauti, loganalyser, logcombiner eta treeannotator.

Benchmark

Aurkezten ditugu zerbitzuko makinetan egindako benchamrk txikia BEASTeko errendimendua aztertzeko. Beast oso ondo eskalatzen du 8 koreetaraino. 16 koreak erabiltzea pena merezi dezake oso lan luzeetan denbora oraindik nahiko murrizten delako, baina efizienzia ez da jadanik oso ona.

Informazio gehiago

BEAST programari buruz BEAST.

StarCD CFD programa bat da, eta bere bi bariante desberdinak daude Arina, Arinaz eta Maiz-en instalatuta. StarCD y StarCCM+. Stardesign tresna berriz, Maizen dago bakarrik erabilgarri.Stardesign.

Programa hauek rabiltzeko:

Starcd 3.26

Lehengo starcd3 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.

Starcd 4.04

Lehengo starcd4 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.

starccm+

zuzenean egikaritu starccm+ aguindua.

stardesign

(Maizen Soilik!). egikaritu stardesign.

Bestalde, programa hauek Maizetik eta bertan dagoen FreeNXtresnaren bitartez erabiltzea gomendatzen dizuegu. Ikus hemen nola.

Informazio orokorra

StarCCM+ CFD programa bat da. Bi bariante daude zerbitzuan, StarCCM+ 14.04.013 bertsioa. Itanium arkitekturarentzako egindako azken bertsioa eta instalatutakoa 6.04 da.

StarCCM+ Zerbitzuko zerbitzari batean exekutatzen bada aplikazio grafikoa irekitzen da, nodoetan [intlink id=”661″ type=”post”]kola sitemaren[/intlink] bitartez exekutatu behar, da interfaz grafikorik gabe.

Starview+ programa ere eskuragarri dago.

Nola erabili

Modu interaktiboan (interfaz grafikoarekin)

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.

Starccm+, stardesign edo starview+ erabiltzeko exekutatu:

starccm+
starview+

Kola sisteman

Kalkulu nodoetan Starmcc+ [intlink id=”661″ type=”post”]kola sisteman[/intlink] erabiltzeko exekutatu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktibon[/intlink]:

qsub

eta beharrezkoak diren galderak egingo dizkizue, lehenengo galderan, bigarren aukera Starccm+ da erabiltzea da. Komando honek Xeon nodoak aukeratzen ditu, errendimendo hoberena ematen dutenak.

Torqueko skripta erabili nahi baduzue egikaritu beharreo agindua honbakao da:

/software/bin/starccm+ -run macro_file.jar input_file.sim > log_file.log

sarrera eta log fitxeroei dagokien izenekin. “-run macro_file.java” hautazkoa da.  Link honetan adibide skript bat dago eta gomendagarria da begiratzea. 8 koreetara era paraleloan lanak bidaltzeko kalkulu intentsiboko lizantzia badago.

Kalkuluak nola jarraitu

Era erraz batean kalkulu baten jarraipena eta konbergentzia egiteko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari den kalkuluaren jarraipena egiteko, erabili:

starccm+_plot 1111

Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

starccm+_abort 1111

Baita konekta zaitezkete nodoetara aplikazio grafikoaren bitartez, “ni” komandoa zuen lana zein nodoan exekutatzen ari den erakuzten du.

Benchmarkak

Aurkezten ditugu zerbitzuko 8 koretako xeon makinetan (E5520 – 2.27 GHz) egindako benchmark bat STAR-CCM+-eko errendimendua aztertzeko, 8.02 bertsioa erabili da. Iterazio bakoitzak behar duen batez besteko denbora (segundutan) erabilitako kore kopuruaren arabera neurtu da.

Lehenengo ikusten duguna STAR-CCM+-k oso ondo eskalatzen duela kore kopurua handitzen dugun einean da. Kore kopurua bikoizten dugunean denbora zati bi da. Izan ere adibide honetan errendimendu superlineala lortzen dugu eraginkortasuna %100 baino handiagoa izanik.

Informazio gehiago

StarCCM+ programari buruz CD-dapco.

Programaren interfaz grafikoak eskuliburu zabala du.