Hileko artxiboak: September 2010

Gaussian nola bidali

F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

send_gauss agindua

G09 lanak bidaltzeko agindu hau erabiltzea gomendatzen dugu. Honek, gaussianeko *.com-ean prozesagauilu kopurua eta memoria egokitzeaz gain, torqueren kolako sarrera fitxategia ere prestatuko du.

Lana, exekuzio nodoetan egingo da eta emaitza bertan gorde. Lana jarraitu ahal izateko remote_vi eta remote_molden prestatu ditugu (ikusi beherago).

send_gauss erabiltzeko modua honakoa da:

send_gauss lana denbora  proz_kop [mem] [ TORQUE beste aukerak]

Zein:

  • lana: gaussian inputaren izena da *.com estensiorik gabe.
  • denbora:  oo:mm:ss formatoan, kakuluarentzat eskatzen den denbora.
  • proz_kop: Erabiltzea nahi den prozesagailu kopurua, 8 baino txikiagoa edo 8ren multiploa izan behar du . Prozesagailu mota ere adierazi daiteke “:xeon”, “:itanium”, edo “:opteron”.
  • mem:  zenbat memoria eskatzen den nodo bakiotzeko
  • [TORQUE Aukera Aurreratuak]: torque ilara sistemari adierazi nahi zaizkion aukera aurreratuak.

Adibideak

send_gauss h2o 400:00:00 16

h2o lana  16 prozesagailuetara bidaliko du, 8 prozesagailu nodo bakoitzean,  400:00:00 ordutarako.  Memoria defektuzkoa jarriko zaio,  (nproc*900mb), 7200mb.

send_gauss h2o 10:00:00 8 60

h2o  8 prozesagailuetara bidaliko du (nodo bakarrera)   60gb-etako  RAM memoria eskatuz. Lanak 10 ordu iraungo ditu gehienez.

send_gauss h2o 23:00:00 16:itaniumb 16 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

h2o en 16   itaniumb motako prozesagailuetara bidaliko du, 16gb-etako   RAM memoria erreserbatuz. Eskatutako denbora 23 ordutakoa da. Torque ilara sistema, lana hasi eta bukatzean email bay bidaliko du “niri@ehu.es” helbidera.  Gainera,  4827 lana bukatu harte ezingo da hasi.

qsub interaktiboa

qsub

exekutatzen bada menu interaktibo bat agertuko zaigu eta honek egindako galderak erantzunez g09 bidlai hal izango da. [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboari[/intlink] buruzko informazio gehiago.

Ohiko qsub

Torquerako qsub skritp bat presta daiteke zuzenean. [intlink id=”677″ type=”post” target=”_blank”]Esteka honetan[/intlink] adibide batzuk daude.

Lanaren jarraipena

remote_vi eta remote_molden aginduek, lana exekutatzen ari den bitartean .log fitxeroa ikusteko edo Molden-ekin marrasteko aukera eskeintzen dute. Lana send_gauss edo qsub interaktiboarekin bidali behar da.

remote_vi 2341
remote_molden 2341.arina

edo

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341

non 2341(.arina) lanaren identifikadorea den.

Siesta nola bidali

F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

Nola bidali Siesta

Koletara bidaltzeko hiru era daude:

  • send_siesta komandoa erabiliz.
  • qsub interaktiboan erabiliz.
  • Qsub-entzako script arrunt bat sortuz.

send_siesta

send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu:

send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM ["Other queue options"]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria Gb-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak
job1 lana, nodo batean eta 4 itaniumb prozesadoretan bidalzteko:

send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 4 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu:

send_siesta job2 2 4 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

job2 lana 4 nodo 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako RAM memoria eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.

send_siesta job2 4 8 200:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_siesta aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -n burutuko du -azken kasua 2 edo nodo gehiago erabiliz gero-. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera.

 

Qsub interaktiboa

Exekutatu

qsub

eta erantzun galderei.

qsub tradizionala

Sortu pbs-rentzako scrip bat,[intlink id=”677″ type=”post”] hemen adibideak daude[/intlink], non siesta exekutatzeko gehitu lerro hau

/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

non input fitxeroa gehitu estensio gabe.

Lanen jarraipena

      send_siesta edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:
remote_vi
gvim erabiliz, siesta kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol
xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.ANI fitxategia irekiko digu.
remote_qmde
xmgrace programarekin Dinamila Molekularra egiten ari den siesta kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik. Adibideak 3465 lanarentzako:

remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465

Macromodel Nola Bidali

Lanak Bidaltzeko
  1. Sarrera fitxategiak prestatu eta gero, kalkulua ilara sistemara bidaltzeko moduak honakoak dira:
    • send_mmodel:
      send_mmodel JOBNAME
      JOBNAME input-aren izena delarik.
    • [intlink id=”667″ type=”post”]qsub[/intlink] interaktibo-a erabiliz.

    Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

Euskarri Estrategikoa

Zerbitzuak
  • Konputazio zientifikoaren alorrean garapen aipagarrienen jarraipena, Zerbitzua hobetzeko asmoarekin.
  • Zerbitzu berarentzako edo eskatzen duen erakundeko ikertzaile edo ikertzaile taldeentzako Kalkulu zientifikorako ekipamendu berri bat eskuratzeari buruzko aholkularitza.
  • Ikerketa taldeek erabiltzeko softwarea eskuratzeko kudeaketa.
  • EHUn dagoen softwarearen arrazionalizazioa.
  • Kalkulu zientifikoko ekipamendua eskuratzeko deialdi publiko lehiakorrentzako eskaerak prestatzeari buruzko aholkularitza, bai eta deialdi horietan erakundearentzat eraginkorrenak diren ikertzaileen aliantzei buruzkoak.

VASP

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

Vienna Ab-initio of Simulation Package

DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta.

Lizentzia izatea beharrezkoa da.

Nola erabili

Paraleloan honekin exekutatu daiteke:

/software/bin/vasp

[intlink id=”1357″ type=”post”]p4vasp[/intlink] eta [intlink id=”5532″ type=”post”]XCrySDen[/intlink] ikustarazteko softwarea instalatuta dago. Fitxeroak XCrySDen formatora pasatzeko XfsConvert instalatuta dago, erabiltzeko exekutatu:

v2xfs

Kalkuluen jarraipena

Kalkuluen conbergentzia aztertzeko

remote_vi JOB_ID

komandoa dago. Honek OSZICAR eta OUTCAR fitxeroak irekitzen ditu eta energia eta energiaren aldaketa marrazten ditu. Honetarako ssh -X erabili behar da konexioa irekitzerakoan edo X2GO erabili grafikoen lehioak ireki ahal izateko.

Informazio gehiago

VASP home page eta dokumentazioa.

VTST tools.

NWchem

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau.

[intlink id=”2307″ type=”post”]Nola erabili NWchem[/intlink]

Informazio gehiago

NWchem home page.

Zerbitzura sartzeko politika

Baliabide Konputazionalen Kudeaketa

Sarbidea

Informatika Zerbitzu Nagusia (Kalkulu Zientifikoa) (IZN) EHUko Ikerkuntzarako Zerbitzu Orokorren (SGIker) parte da; beraz, haien protokoloak eta araudiak betetzen ditu.
Ikertzaileek[intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak eska ditzakete[/intlink] baliabide konputazionaletarako; bestela, teknikariengana ere jo dezakete, laguntza eskatzera. Institutu publikoetarako eta enpresetarako sarrera eskatzeko [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] jarri behar dute harremanetan. Informazio gehiago honako loturan aurkitu dezakete: [intlink id=”71″ type=”category” /] Informazioa Enpresentzat.[/intlink]

Ordenagailuan nahi beste denbora egon daiteke, baina kalkulu-denbora fakturatu egiten da, bai EHUko ikertzaileei, bai enpresei, bai institutu publikoei, bai gainerako agenteei ([intlink id=”71″ type=”category” /]ikus kanporako tarifak[/intlink]). UPV/EHUko ikertzailek beheko fakturazioa jarraitzen dute. Diskontuak adostu daitezke kalkulu kopuru handiagatik edo beste unibertsitatekin, enpresekin edo erakundeekin eraturako hitzarmenen bitartez.

Tarifak

Tarifa hau indarrean egongo da 2011 azaroaren 30a arte, zerbitzuko azpiegitura nabarmen aldatzen ez bada (ez dago ezer programatuta).

2010 uztailaren 1etik 2010 azaroaren 30 arte proportzionalki fakturatuko da.

Tarifas por uso de CPU

  1. Talde batentzako tarifa 0.044 euro/ordu/core izango da taldeak zerbitzuak duen kalkulu denboraren %3.7 iritsi arte (10.100 kalkulu egunak 10.000 euro direnak).
  2. Kontsumo hemendik aurrera kalkulatzen dena 0.0044 euros/ordu/core salneurrira fakturatuko da.

Diska/Biltegiratze tarifak

Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

  1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
  2. Ez da fakturatuko 3 GBetatik baino gutxiatik.
  3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
  4. Beheko taulako salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera.
Rango de uso de CPU Tarifa de Almacenamiento
(en días al año) (Euros/Gb) al mes
2500< cpu 0.1
100< cpu <2500 0.5
1< cpu <100 1.0
0< cpu <1 1.5

EHUko ikertzaileen fakturazioa BGUen bitartez egin behar da (BGUrik ez izanez gero, [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] harremanetan jarri behar da). Lukua ez saturatzeko eta kudeaketa errazteko eta optimizatzeko[intlink id=”2275″ type=”post”] kalkulurako denbora-eskaria[/intlink] egin behar da.

Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea – KB3


Ikerkuntza Errektoreordeari sarrera-politikak eta erabiltzaileentzako gastuak (aholkularitza-zerbitzua eta hardwarearen erabilera) zehazten laguntzeko Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea (KB3) osatu da. Erabakiak irizpide hauek oinarri hartuko dira:

  1. IZNko baliabideen eskuragarritasuna.
  2. Eskarien garrantzi akademikoa.
  3. KB3 batzordeak erabakitzeko.

KB3 hauek osatzen dute:

  1. Ikerkuntzako errektoreordea.
  2. Campus bakoitzeko arduradun bana.
  3. Kalkulu zientifikoan gaitasun ziurtatua duen zientzialari bat, Ikerkuntzako errektoreordeak izendatua.
  4. Zerbitzuko teknikariak.

Hona hemen KB3 batzordeak hartutako erabaki nagusiak:

  • EHUko ikertzaile guztiek eska dezakete [intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak [/intlink] Arinan. Kontratatuta ez daudenek Unibertsitateko irakasle baten bermea beharko dute. Lukua erabiltzaile guztiek berdin erabiliko dute.
  • Baliabideak eskaera bidez esleituko dira (eskaera ikertzaile-taldeek egin behar dute). Ikertzaile-talde bakoitzak PUZa erabiltzeko denbora jakin bat izango du eta denbora hori fakturatu egingo da.
  • Kalkulu-denboren banaketa.

MKL Intelen matematika-liburutegiak

Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

Informazio orokorra

Liburutegi horiek osagai hauek dituzte: LAPACK eta BLAS liburutegiak, Fourier-en transformatuak, PARDISO (ekuazio linealen sistema handiak ebazten ditu), funtzio matematikoak (Vector Math Library-VML) eta funtzio estatistikoak (Vector Statistical Library-VSL).

Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.

 

Nola linkatu

Arkitektura desberdinentzako nola linkatu ez badakizu mesedez kontsultatu teknikariei.

Defektuz instalatutako liburutegiak

  • 11.1 Itanium2 nodoetan (/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/64).
  • 15.0 Xeon nodoetan (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).
  • 15.0 Pendulon (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).

Informazio gehiago

MKL 10.1 erabiltzailearen eskuliburua pdf formatuan.

MKL 10.1 liburutegien eskuliburua.

VSL 9.1ren eskuliburua pdf

Online informazioa.

Intel Konpilatzaileak

Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

Informazio orokorra

Itanium2 nodoetan bereziki, konpilatzaile hauek erabiltzea goemndatzen dugu. GNU konpilatzailean baino eraginkorragoak baitira.

Zerbitzuko zerbitzaritan konpilatzeko txosten bat (pdf) prestatu dugu. Oso gomendagarria da irakurtzea. Bertan, zerbitzuko makina guztietarako programak nola konpilatu eta erabili azltzen dugu ere.

Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.

 

Nola exekutatu

Fortran, C edo C++ exekutatzeko erabili ifort, icc, icpc.

Defektuz instalatutako konpilatzaileak

  • Itanium nodoetan Intel 11.1 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).
  • Xeon nodoetan Intel 15.0 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).

Informazio Gehiago:

Egikaritu, ifort -help konpilatzaile bakoitzarentzat edo galdetu  teknikariei.

Fortan Eskuliburua

Fortran Konpilatzailearen Eskuliburua

C Konpilatzailearen Eskuliburua

MPI Liburutegiak

Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

Informazio orokorra

MPI liburutuegiak kalkulu paraleloak banatuak egiterakoan gehien erabilzten diren liburutegiak dira. MPI inplementazio mota desberdinak daude. Zerbitzuan hainbat ditugu instalatuta: HP-MPI, Bull-MPI,… Azkeneko bertsioak IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 eta mvapich2 1.5 dira. [intlink id=”3650″ type=”post”]Taula honetan[/intlink] erraz ikusi dezakezu bakoitza non dagoen eskuragarri.

Zalantzak badituzu edo informazio gehiago behar baduzu galdetu teknikariei.


Defektuz instalatutako liburutegiak

Defektuz erabiltzen direnak hauek dira

  • Itanium  nodoetan (Arina), MPIbull2.
  • Opteron nodoetan (Maiz) IntelMPI.
  • Xeon nodoetan (Guinness eta Katramila) Intelmpi.
  • OpenMPI Pendulon.

IntelMPI liburutegiak

Xeon y opteron nodoetan (Arina y maiz) eskuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

source /software/intel/impi_latest/bin64/mpivars.sh

Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpiifort, mpiicc e mpiicpc hurrenez hurren. GNU konpiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

MPIbull2 liburutegiak

Xeon eta itanium nodoetan (Guinness eta Arina) ezkuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

source /opt/mpi/mpibull2-1.3.9-18.s/share/mpibull2.sh

Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

HpMPI liburutegiak

Itanium eta opteron nodoetan (Arina y Maiz) eskuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

export PATH=/opt/hpmpi/bin:$PATH

Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

OpenMPI liburutegiak

Xeon nodoetan (Guinness) eta Pendulon eskuragarri daude. /software/openmpi direktorioan instalatuta daude. Erabili ahal izateko path osoa zehaztu behar da, adibidez

/software/openmpi/bin/mpif90

Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

mvapich2 liburutegiak

Xeon nodoetan (Guinness) eskuragarri daude. /software/mvapich2 direktorioan instalatuta daude. Erabili ahal izateko path osoa zehaztu behar da, adibidez

/software/mvapich2/bin/mpif90

Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

NX Zerbitzaria

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

NX terminal edo remotoko konexio grafiko bat egiteko tresna da.
Gure PC-tik aplikazio grafikoak modu eraginkorrean erabilzteko oso gomendagarria da, esate baterako, Maestro, ADFView, starccm+, gaussview ea,. bezalako programa grafikoak. Konexioa Arinarekin egiterako garaian, Guinness, Pendulo edo Maiz erabili beharko dira.

Nola erabili

Dokumentu honetan pausoz pauso azaltzen dugu nola egin konexioa.

Informazio gehiago

NX bezeroak Nomachine web-orritik jeitxi dezakezue.

Enpresak

Zerbitzuko baliabideak edozein  enpresa edo unibertsitatetik kanpo dagoen edozein erakundearentzat eskuragarri daude. Informazio gehiago beharrez gero [intlink id=”647″ type=”page”]arremanetan jarri Zerbitzuko Teknikeriekin[/intlink].

Empresentzako tarifak

Enpresak, Tarifak

CPU tarifa

Konputazio baliabideak erabiltzeko tarifa 0.016 €/ordu bakoitzeko eta kore bakoitzeko da (B.E.Z. gabe). Laguntza teknikoa barne dago lan eta arazo txikientzako. Ez dago barne datuentzako diskoa ezta teknikarien zerbitzu espezializatuak, hauentzako aurrekontua eskatu beharko da.

Disko tarifa

Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

  1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
  2. Ez da fakturatuko 3 GB baino gutxiatik.
  3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
  4. Hurrengo taulan salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
Taula: GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera. 
CPU erabilera Diska tarifa
(egunak) (Euro/Gb/hilabete)
2500< cpu 0.1
100< cpu <2500 0.5
1< cpu <100 1.0
0< cpu <1 1.5

B.E.Z. gabe.

Macromodel

Kalkulu Softwarea

Schrodinger-en Mekanika Molekularra erabiliz hainbat kalkuku mota egiten dituen programa da.

Informazio Orokorra

2011-ko otsaileraino izango da erabilgarria. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. 18 schrodinger token daude, macromodelek 2 behar ditu kalkulatzeko. Token-en egoera ikusteko

checklicenses

tresna erabili dezakezue uneoro zenbat token libre dauden jakiteko.

Maestro erabili daiteke Macromodel programarako behar den inputa eraikitzeko. Maestro, Schrodinger-en tresna guztiak bateratzen dituen interface grafikoa da MAIZ, Guinness eta Pendulotik erabili daiteke.

Maestro egikaritzeko agindua honakoa da:

maestro &.

NX bezeroaren bitartez erabilztea gomendatzen dugu. Ikus hemen nola:

[intlink id=”2388″ type=”post”]Nola Erabili[/intlink]

Informazio Gehiago

Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

Nola bidali Jaguar

F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

send_jaguar komandoa

Jaguar lanak bidaltzeko send_jaguar agindua sortu dugu.

send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']

non

JOBNAME: Jaguarren sarrera datuen fitxategia.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua.
TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan
MEM: memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe
[``Other queue options''] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak.
Aukera hauei buruzko informazio gehiago.

Adibideak

  • job1 inputa duen kalkulua itaniumb motako nodo batera eta bertako 4 prozesagailu erabil ditzan esaten dugu. Memoria Gb batekoa eta denbora 4 ordu izanik.
send_jaguar job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
  • job3 inputa duen kalkuluari, bi nodo, eta bakoitzek 4 prozesagailu erabil ditzan eskatzen dizkiogu. Memoria 8 Gb batekoa eta denbora 60 ordu izanik. Gainera 1234 lana bukatu ondoren abiatu daitekela soilik adieratzen dugu.
send_jaguar job3 2 4 60:00:00 8  ``-W depend=afterany:1234''>
  • job3 inputa bidalzten dugu, nodo bat, eta 4 prozesagailu erabil ditzan eskatuz. Memoria 15 Gb-etakoa eta denbora 400 ordu izanik. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidaltzeko adierazten dugu nire.emaila@ehu.es helbidera.
send_jaguar job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

Qsub interaktiboa

Kalkuluak bidali daitezke ere [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboa.[/intlink] komandoarekin.

DL_POLY

Biokimika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

Daresbury Laborategian garatutako dinamika molekularreko programaren 4.02 bertsioa makromolekula, polimero, sistema ioniko, disoluzio eta beste sistema molekularentzako. Programa arkitektura guztietan instalatu egin da, Arinan eta Pédulon (2.2 bertsioa).

Nola erabili

Programa exekutatzeko idatzi skriptetan:

/software/bin/DL_POLY/DL_POLY.Z

GPGPU nodoetan sartzen bada programa GPGPUak erabilik exekutatuko da. gpu etiketa erabiliz [intlink id=”693″ type=”post”]kola sisteman[/intlink] bideratu daiteke lana GPGPU nodo batetara.

Interfaz grafikoa ere instalatu egin da. Hau exekutatzeko gomendatzen dizuegu Pendulon edo Maizen egitea, azkarragoa baita. Exekutatzeko:

/software/bin/DL_POLY/gui

Hainbat tresnen iturriak ere instalatu dira ondorengo direktorioan /software/bin/DL_POLY/.

Benchmark

Benchmark txiki batzuen datuak egin ditugu 4.02 bertsioarekin. Bai paralilizazioa bai GPGPUen eraginkortasuna neurtzen da.

System 1 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Itanium 1.6 GHz 1500 419 248 149 92 61
Opteron 1230 503 264 166 74
Xeon 2.27 GHz 807 227 126 67 37 25

Lehenengo bencharmark honetan ikusten da xeon nodoak eraginkorragoak direla eta gomandagarriak lan luzeetarako. DL_POLYk oso ondo paralelizatzen du.

System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores
Itanium 1.6 GHz 2137 303 165 93 47
Opteron 1592 482 177 134 55
Xeon 2.27 GHz 848 180 92 48 28
1 GPGPU 125 114 104 102
2 GPGPU 77 72 69
4 GPGPU 53 50
8 GPGPU 37
System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Xeon 2.27 GHz 2918 774 411 223 122 71
1 GPGPU 362 333 338 337
2 GPGPU 240 222 220
4 GPGPU 145 142
8 GPGPU 97

GPGPUak kalkulua bizkortzen dute. GPGPU kopurua bikoizterakoan abiadura 1.5 alditan igotzen da, hau dela etaazkenean prozesadore asko erabiltzea eraginkorragoa da. Hartu dezagun azken benchmarka. Nodo bakoitzak 8 kore ditu eta 2 GPGPU. Nodo batean GPGPUak erabiliz 220 s behar dira eta koreak erabiliz 411 s. 4 GPGPU 32 kore baino azkarragoak dira baina 64 kore jadanik 71 s behar dituzte lana bukatzeko eta 8 GPGPU 97 s. GPGPUak PC bat edo nodo batean egindako kalkulu bat dezente bizkortzen dute baina kalkulu paralelo handientzako koreetako paralelizazioa eraginkorragoa da.

DL_POLY sistema handietarako da eta milaka kore erabili ahal ditu. DL_POLYko dokumentazioaren arabera:

The DL_POLY_4 parallel performance and efficiency are considered very-good-to-excellent as long as (i) all CPU cores are loaded with no less than 500 particles each and (ii) the major linked cells algorithm has no dimension less than 4.

Informazio Gehiago

DL_POLYren web orrialde nagusi.

DL_POLYren eskuliburua (pdf).

DL_POLY interfaz grafikoaren eskuliburua (pdf).

GROMACS

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

2018 bertsioa. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.

Nola erabili

send_gmx

GROMACS lanak kolara bidalzeko send_gmx tresna sortu dugu. Egikaritzerakona, aginduaren laguntza erakusten da. Erabiltzeko modua:

send_gmx ``JOB and Options'' NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'' ]
``JOB and Options'': Kalkuluaren opzioak eta inputaren izena (extensioarekin). Oso garrantzitsua da komilla arten jartzea.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua.
TIME: kolari eskatutako denbora hh:mm:ss. formatuan
MEM: memoria en Gb-etan.
[``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua.
Ikus beheko adibideak[intlink id=”632″ type=”post”]. informazio gehiago[/intlink]

Adibideak

send_gmx ``-s job1.tpr'' 1 4 04:00:00 1

send_gmx ``-s job2.tpr'' 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

send_gmx ``-s job.tpr'' 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Ohiko pbs script bat sortu eta hau ere bidlai daiteke gero kolara. send_gmx erabili dezakezue adibide bat sortzeko.

Kalkuluen monitorizazioa

remote_vi  erabiliz md.log fitxeroa ikutsiko dugu.

Informazio gehiago

http://www.gromacs.org/About_Gromacs

Casino

Kalkulu Softwarea

Quantum Monte Carloren Casino programaren 2.4 bertsioa, Cambridgeko Unibertsitatean garatua.

Informazio orokorra

Sistema finituei edo periodikoei aplikatzeko programa paralelotua, uhinen funtzioak hedatzeko oinarri anizkunekin. Baimena nahitaezkoa da.

Nola erabili

Exekutatzeko erabili runqmc agindua. Honek defektuz, casino lana 8 itanium core-tara bidlaiko du, 36 ordutarako 4gb memoria eskatuz.

runqmc aginduaren beste aukerak ikusteko, exekutatu

runqmc -help

Jarraian hainbat adidbide erakusten dira:

  • Lan bat bi opteron nodo bakoitzari 8 core eskatuz bidaltzeko vfast ilarara eta 15gb RAM-a eskatuz.
runqmc -queue vfast -nnodes 2 -tpn 8 -arch opteron -mem 15072
  • Lan bat lau itanium nodoetara bakoitzari 8 core eskatuz bidaltzeko p_slow ilarara eta 22gb RAM-a eskatuz.
runqmc -queue p_slow -nnodes 4 -tpn 8 -arch itanium -mem 22072

Informazio gehiago

Casino Program home page.

Eskuliburua pdf formatuan.

NCL – NCAR

Kalkulu Softwarea

Informazio Orokorra

The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization.

NCL has robust file input and output. The graphics are world class and highly customizable.

Nola Erabili

Exekutatzeko adibidez:

/software/bin/ncdump

edo zerbitzarian zuzenean:

ncdump

Momentuz bakarrik itanium2 arkitekturentzako konpilatuta dago. Konpilatu da NETCDF-4, HDF4, HDF5, HDFEOS, GRIB2, vis5d+ soportearekin eta triangle erabiliz.

Informazio Gehiago

NCL web orrialdea.

Erakunde publikoentzako tarifak

Enpresak, Tarifak

Konputazio baliabideak erabiltzeko tarifa 0.011 €/ordu bakoitzeko eta kore bakoitzeko da (B.E.Z. gabe). Laguntza teknikoa barne dago lan eta arazo txikientzako. Ez dago barne datuentzako diskoa ezta teknikarien zerbitzu espezializatuak, hauentzako aurrekontua eskatu beharko da.

Disko tarifak

Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

  1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
  2. Ez da fakturatuko 3 GBetatik baino gutxiagotik.
  3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
  4. Hurrengo taulan  salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
Tabla : GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera.
CPU erabilera Diska tarifa
(egunak) (Euro/Gb/hilabete)
2500 cpu 0.1
100 cpu 2500 0.5
1 cpu 100 1.0
0 cpu 1 1.5

B.E.Z. gabe.

Organismos Públicos de Investigación (OPIs) según el MINECO
Organismos Públicos de Investigación dentro de los Agentes de la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación

SGIker-eko zuzendaritzak Estatuko unibertsitate publikoak  OPI taldean sartu ditu baita izan ditzateketen Hospital Unibertsitarioak ere.

Abinit

Kalkulu Softwarea

Informazio Orokorra

DFTren ab-initio kalkulu-programaren 7.0.4 bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna; bertsioa Lovainako Unibertsitate Katolikoan garatu dute. Lasaitze atomikoak egiteko aukera ematen du (dinamika molekularra).

Hainbat plugginekin konpilatu egin da netcdf, bigdft, wannier90, etsf_io eta libxc.

Nola Erabili

Programak /software/bin/abinit direktorioan daude. Horrela abinit exekutatzeko erabili

/software/bin/abinit/abinit < input.files > out.log

Eskatutako kore kopuruaren arabera paralelon exekutatuko da. Kalkuluak bidali daitezke ere [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboa.[/intlink] komandoarekin.

Beste erabilera eta programa batzuk ere baditu, adibidez:

abinetcdf, abinitgw, aim, anaddb, anascr, band2eps, conducti, cut3d, lwf, macroave, mrgddb, mrggkk, mrgscr, newsp, optic, etab.

Benchmark

Benchmark baten datuak aurkezten dizuegu 6.12.3 bertsioarekin egindakoak.

System 1 cores 4 cores 8 cores
Xeon12 7218 2129 1045
Xeon8 7275 1918 1165
Itanium 8018 2082 1491
Opteron 17162 4877 2802

Itanium eta xeon nodoak hoberenak direla ikusten da. Opteronak zertzobait atzean geratzen dira.

Informazio gehiago

Abiniteko web orrialdea.
Eskuliburuak.

Wien2k Nola Bidali

F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

WIEN2k programak fitxero berezia erabiltzen du lanak koletara bidaltzeko. Script hau bidaltzeko erabili

qsub script_file

run_lapw programa paraleloa egikaritzen duen scriptaren plantilla

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=[val]:ppn=[val]
#PBS -l walltime=[val]
#PBS -l mem=[val]

# Vamos a nuestro home
cd $PBS_O_WORKDIR

#Creamos el fichero .machines
cat $PBS_NODEFILE |cut -c1-6 >.machines_current
aa=$(wc -l .machines_current |cut -d " " -f 1)
echo '#' > .machines

i=1
while [ $i -le $aa ];do
echo -n '1:' >>.machines
head -$i .machines_current |tail -1 >> .machines
let i=i+1
done
echo 'granularity:1' >>.machines
echo 'extrafine:1' >>.machines

#Nuestro directorio de scratch
scrt=/scratch/$USER/$(echo $PBS_O_WORKDIR |xargs basename)
outdir=bukatuta_$PBS_JOBID
export SCRATCH=$scrt/scratch

#Creamos el directorio
mkdir $scrt
mkdir $scrt/scratch

#Copiamos los archivos al directorio scratch
#Usaremos cp -r $scrt para copiar también subdirectorios.
cp $PBS_O_WORKDIR/* $scrt
cp .machines $scrt

#Nos movemos de directorio
cd $scrt

#Ejecutamos WIEN2k en paralelo
run_lapw -p
#Movemos los archivos finales
mkdir  $PBS_O_WORKDIR/$outdir
mv -f $scrt/* $PBS_O_WORKDIR/$outdir
mv -f $scrt/.machines $PBS_O_WORKDIR/$outdir

#Borramos el directorio
rmdir $scrt
rm .??*

#PBS-rekin hasten diren lerroak ilara-kudeatzailearentzako aginduak dira; hauek aukeratzen dituzte:

nodes: [opcional] Kalkulu-nodoa aukeratzeko erabil daiteke (adibidea: [name]=cn14).

mem: Kalkulatzeko gordetako RAM memoria, mb edo gb-tan neurtua (adibide: [val]=100mb).

walltime: Mikroprozesadorean erreserbatutako denbora, ordua/minutua/segundoa formatuan (adibidea: [val]=24:00:00).

#-rekin hasten diren gainerako lerroak komentarioak dira.

Scriptean $USER aldagaiak erabiltzailearen izena bueltatzen du, $PBS_O_WORKDIR aldagaiak qsub agindua exekutatzen den lan-direktorioa eta $PBS_JOBID aldagaiak lanaren identifikazio-zenbakia.

Espresso

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization

DFTren ab-initio kalkulu-programa paketearen 6.1. bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna.

Programa DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFMn garatu dute. Paketeak osagai hauek dauzka: uhin lauko (PW) oinarridun egitura elektronikoko programa bat, lehen printzipioetan (FPMD) oinarritutako dinamika molekularreko programa bat eta Car-Parrileno (CP). Halaber, pseudopotentzialak sortzeko programa bat eta Pwrako interfaze grafikoa ditu. Serieko eta paraleloko bertsioak daude.

Nola erabili

Espresso lanak kola sistemara bidaltzeko send_espresso agindua prestatu dugu. Ikus

[intlink id=”4791″ type=”post”] Espresso nola bidali [/intlink]

Kalkuluen monitorizazioa

  • remote_vi JOBID :  Kalkuluarein *.out fitxeroa erakutsiko digu.
  • myjobs: Kalkulua martxan dagoenean CPU eta memoria (SIZE) erabilera erakutsiko digu.

Benchmark

pw.x eta ph.x programen benchmark txiki batzuen datuak aurkezten dizkizuegu zerbitzuko makinetan. Benchmarkean ikusi daite Xeonak hoberenak direla eta bikain eskalatzen dutela 32 kore arte, badirudi nabaritzen dela nodo hauen sare berriagoa.

Tabla 1: pw.x exekuzio denborak (4.2.1 bertsioarekin egindakoak).
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 1405 709 378
Itanium2 2614 1368 858
Opteron 2.4 4320 2020 1174
Core2duo 2.1 – – –
Tabla 2: ph.x exekuzio denborak(4.2.1 bertsioarekin egindakoak).
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 2504 1348 809
Itanium2 2968 1934 1391
Opteron 2.4 6240 3501 2033
Core2duo 2.1 – – –

Informazio gehiago

Espresso home page.
Web dokumentazioa.
Espresso wiki.

 

TB-LMTO

Kalkulu Softwarea


Informazio orokorra

Tight Binding Linear Muffin-Tin Orbital DFTko programaren 4.6 bertsioa linear muffintin orbital (LMTO) metodoan oinarrituta. Dohaineko softwarea da baina egilearen baimena behar da.

Nola erabili


Programak exekutatzeko erabili adibidez:

/software/bin/lm.run

Itaniumetan konpilatu ahal izateko optimizazioa jaitxi behar izan da eta nabarmen astiroago doa, opteronetan eta Penduloren aldean. Nahiko kode zaharra da eta era berezi batean kudeatzen du memoria, horrek itaniumetan arazoak dakartza.

Benchmarka

Benchmark txiki baten datuak aurkezten dizuegu non itaniumean aipatu dugun jokaera ikusten da

System segunduak
Itanium dual core 1225
Opteron 450
Core2Duo 332

Informazio gehiago

TB-LMTO-ko web orrialdea.

ADF

Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

Amsterdam Density Functional (2016.01 bertsioa).

The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas of homogeneous and heterogeneous catalysis, inorganic chemistry, heavy element chemistry, various types of spectroscopy, and biochemistry. Key Benefits of ADF

  • Spectroscopic properties and environments for any type of molecule
  • Excels in transition and heavy metal compounds
  • Accurate, robust, and fast
  • Expert staff and active community
  • Uses Slater functions, beats Gaussians!

ADF-ek bai molekulak bai solidoak kalkula ditzake (ADFBAND). Tresna grafiko potenteak ditu eta emaitzen azterketarako (Katramila-etik erabili daitezke soilik).

4 koreentzako lizentzia dauka zerbitzuak.

Nola erabili

Tresna grafikoak egikaritzeko erabili, Katramilan,

adfview

Arinatik adfinput tresnarekin sortutako lan bat kolara bidaltzeko send_adf komandoa gomendatzen dugu, bere sintaxia honakoa delarik:

send_adf JOBNAME NODES PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ]
  • JOBNAME: input-aren izena, extensiorik gabe (file.run izan behar du).
  • NODES: Nodo kopurua.
  • PROCS: Prozesagailu kopurua.
  • TIME:Eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan.
  • MEM: memoria GB-etan.
  • [“Otras opciones de Torque”] Kolari adierazi nahi zazikion beste aukera batzuk.


Adibidea


Adibidez au_min2.run inputa bidaltzeko 4 prozesadoretara, 20 orduko walltimekin eta 4 GB RAM erabili


send_adf au_min2.run 1 4 20:00:00 4


Informazio gehiago


ADFko web orrialdea.


ADFko documentazioa.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			OOMMF
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Simulazio mikromagnetikoak egiteko programa. 1.2 bertsioa instalatuta dago. Ez da tcl-ko bertsio paraleloarekin kompilatu.


Nola erabili


oommf.tcl


egikaritzen bada grafikoki lan egin dezakegu kalkuluak prestatzeko eta emaitzak aztertzeko. Kalkulu koletara bidaltzeko ondorengo agindua exekutatu dezakezue


send_oommf


eta koleentzako scripta prestatu eta bidaliko du, gainara.


Benchmark


Benchmark txiki bat egin da 1.2 bertsioarekin. Paraleloan OOMMFek ondo eskalatzen du 4 koreetaraino, bakarrik xeonetan egin dugu hor lortzen baitira emaitza hoberenak.






 Node type
xeon20
xeon12
xeon8




Time


776


905
1224






Informazio gehiago


OOMMF home page.


OOMMF dokumentazioa.

	

	
	

		
			



							

							


	

		
				

			Dirac 08
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra:


Dirak programa Zerbitzuko makina guztietan instalatua dago /software/Dirac08 katalogoan. Programa honek molekulen propietateak modelo kimiko kuantiko erlatibistak erabiliz kalkulatzen ditu.


Nola erabili


Zerbitzuko edozein makinatan erabiltzeko, torque script bat sortu behar da eta dirac-en pam erabili lanak bidaltzeko. SGI/IZO-k pam eguneratu du -mpi aukera ezabatuz kola sistemarekin integratuz. Dirac (baseak eta pam barne) /software/Dirac08 katalogoan daude.


Adibide moduan erabili daitekeen script hemen aurkitu daiteke.


Benchmarkak


Dirac kalkuluak konputazio baliabide dexente behar dituzte, batez ere I/O eragiketak egiteko eta beheko taulan ikusi daitekenez, ez du oso ongi paralelizatzen.


Frogetarako erabili den inputa eta sistema.






nproc
Itanium
Opteron
Pendulo (1:ppn=nproc)




1
2176
4650
3603




2
2056 (1.04)
3370 (1.37)
3100 (1.16)




4
990 (2.19)
1847 (2.5)
1840 (1.97)




8
730(2.98)
1054 (4.4)
NA




negritaz kalkuluen speed-up-a erakusten da.






Informazio Geiago


DIRAC Wikia eta dokumentazioa.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Blast2GO
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.


Nola exekutatu


Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada


blast2go


bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere, [intlink id=”939″ type=”page”]opteron edo xeon[/intlink] nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.


Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skripetan gehitzea:


/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties


edo nahi diren opzioekin eta b2gPipe.properties fitxeroa zuzen konfiguratzea. B2gPipe.properties adibide fitxero bat kopiatu dezakezue


cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .


Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko blast2go.properties fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -> DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:


// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it


Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:


#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron


Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan teknikariekin.


Informazio Gehiago


BLASTeko [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] bertsio paraleloa ere instalatuta dago.


Blast2GOko tutoriala.


Informazio gehiago Blast2GO web orrialdea.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			mpiBLAST
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


mpiBLAST blast-en  bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.


Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.


Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan.


mpiBLAST BLASTeko bertsio zaharrean oinarrituta dago eta sintaxi zaharra erabiltzen du,  esteka honetan eskuragarri dago.


Base datuak


Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin  behar ez diren kopiak ez edukitzeko.


Nola erabili


Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu


send_blast


komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.


Zure [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skriptetan exekutatu nahi baduzu honakoa gehitzea nahikoa da:


/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats


Adibidez, blastx erabiltzeko nr base datuarekin eta emaitzak XMLn lortzeko eta [intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2GO[/intlink]rekin gero erabiltzeko honako agindua erabili beharko litzateke:


/software/bin/mpiblast -output-search-stats -use-virtual-frags -use-parallel-write -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml


send_blast behin exekutatu dezakezue adibide script bat lortzeko. Gomendagarria da -use-virtual-frags aukera erabiltzea data basearen kopia lokal bat egin ez dadin, hau memorian kargatuko da. Penduloko nodoak memoria gutxi dute eta garrantzitsua da jakitea zenbat memoria erabiliko duen kalkulua zuzen exekutatzeko (ikus mpiBLAST errendimenduari buruzko txostena).


Beharrezkoa da data basea formateatzea zatitan eta kore (cpu) bakotzari zati bat ematea. Adibidez, nr data basea 6 zatitan formateatzeko erabili:


/software/bin/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T


mpiBLAST kalkulorako eskatu behar diren kore kopurua data basearen zatiak gehi bi izan behar da, kasu honetan 8 kore adibidez.


mpiBLAST oso ondo eskalatzen du. Test eta benchmark batzuk egin ditugu memoriaren ta cpuren erabilera aurreikusteko ondorengo mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean.


Errendimendua


Kalkuluak prestatzeko lagungarri izan daiteke errendimenduari buruzko txostena. Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira.


Informazio gehiago


mpiBLASTeko web orrialdea. Hemen manualak eta tutorialak topatu ditzazkezu.

[intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2GO[/intlink] ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.


mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			BEAST
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing phylogenies but is also a framework for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability.


Nola erabili


input.xml sarrera fitxeroa exekutatzeko erabili:


/software/bin/beast input.xml > output.log


Beste BEAST instalatutako programak:


beast, beauti, loganalyser, logcombiner eta treeannotator.


Benchmark


Aurkezten ditugu zerbitzuko makinetan egindako benchamrk txikia BEASTeko errendimendua aztertzeko. Beast oso ondo eskalatzen du 8 koreetaraino. 16 koreak erabiltzea pena merezi dezake oso lan luzeetan denbora oraindik nahiko murrizten delako, baina efizienzia ez da jadanik oso ona.






Koreak
Denbora (s)


Efizienzia (%)






1
12692
100




4
3573
89




8
1889
84




16
1200
66




20
1149
55






 


Informazio gehiago


BEAST programari buruz BEAST.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			SatrCD
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
StarCD CFD programa bat da, eta bere bi bariante desberdinak daude Arina, Arinaz eta Maiz-en instalatuta. StarCD y StarCCM+. Stardesign tresna berriz, Maizen dago bakarrik erabilgarri.Stardesign.


Programa hauek rabiltzeko:




Starcd 3.26


Lehengo starcd3 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.


Starcd 4.04


Lehengo starcd4 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.


starccm+


zuzenean egikaritu starccm+ aguindua.




stardesign


(Maizen Soilik!). egikaritu stardesign.




Bestalde, programa hauek Maizetik eta bertan dagoen FreeNXtresnaren bitartez erabiltzea gomendatzen dizuegu. Ikus hemen nola.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			STAR-CCM+
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


StarCCM+ CFD programa bat da. Bi bariante daude zerbitzuan, StarCCM+ 14.04.013 bertsioa. Itanium arkitekturarentzako egindako azken bertsioa eta instalatutakoa 6.04 da.


StarCCM+ Zerbitzuko zerbitzari batean exekutatzen bada aplikazio grafikoa irekitzen da, nodoetan [intlink id=”661″ type=”post”]kola sitemaren[/intlink] bitartez exekutatu behar, da interfaz grafikorik gabe.


Starview+ programa ere eskuragarri dago.


Nola erabili


Modu interaktiboan (interfaz grafikoarekin)


Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.


Starccm+, stardesign edo starview+ erabiltzeko exekutatu:


starccm+
starview+


Kola sisteman


Kalkulu nodoetan Starmcc+ [intlink id=”661″ type=”post”]kola sisteman[/intlink] erabiltzeko exekutatu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktibon[/intlink]:


qsub


eta beharrezkoak diren galderak egingo dizkizue, lehenengo galderan, bigarren aukera Starccm+ da erabiltzea da. Komando honek Xeon nodoak aukeratzen ditu, errendimendo hoberena ematen dutenak.


Torqueko skripta erabili nahi baduzue egikaritu beharreo agindua honbakao da:


/software/bin/starccm+ -run macro_file.jar input_file.sim > log_file.log


sarrera eta log fitxeroei dagokien izenekin. “-run macro_file.java” hautazkoa da.  Link honetan adibide skript bat dago eta gomendagarria da begiratzea. 8 koreetara era paraleloan lanak bidaltzeko kalkulu intentsiboko lizantzia badago.


Kalkuluak nola jarraitu


Era erraz batean kalkulu baten jarraipena eta konbergentzia egiteko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari den kalkuluaren jarraipena egiteko, erabili:


starccm+_plot 1111


Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:


starccm+_abort 1111


Baita konekta zaitezkete nodoetara aplikazio grafikoaren bitartez, “ni” komandoa zuen lana zein nodoan exekutatzen ari den erakuzten du.


Benchmarkak


Aurkezten ditugu zerbitzuko 8 koretako xeon makinetan (E5520 – 2.27 GHz) egindako benchmark bat STAR-CCM+-eko errendimendua aztertzeko, 8.02 bertsioa erabili da. Iterazio bakoitzak behar duen batez besteko denbora (segundutan) erabilitako kore kopuruaren arabera neurtu da.







8 cores
16 cores
32 cores




Tiempo por iteración
32.8
14.6
7.6




Aceleración ideal
1
2
4




Aceleración
1
2.2
4.3




Eficiencia
1
112 %
108 %






Lehenengo ikusten duguna STAR-CCM+-k oso ondo eskalatzen duela kore kopurua handitzen dugun einean da. Kore kopurua bikoizten dugunean denbora zati bi da. Izan ere adibide honetan errendimendu superlineala lortzen dugu eraginkortasuna %100 baino handiagoa izanik.


 


Informazio gehiago


StarCCM+ programari buruz CD-dapco.


Programaren interfaz grafikoak eskuliburu zabala du.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Mathematica
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Erabilera anitzeko matematika-programa, osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Mathematicaren script direlakoak). Guinnessen 10.0 bertsioa instalatuta dago eta Arinan (itanium nodoetan) 6.0a. Katramila eta nodo berrientzako 11.2 bertsioa instalatuta dago.


Mathematica paralelizatu daiteke.


Nola erabili


Interaktiboan


Interfaze grafikoa honekin exekuta daiteke:


mathematica


Mathematicako terminala


math


Oharra: Iturriekin arazoak izanez gero zure ordenagailuan iturriak instalatu behar dituzu. Errore mezua ezikusten baduzu (lehioa itxi “X” botoiarekin) funtzionatuko du baina baliteke sinboloak ondo ez ikustea.


Kola sisteman


Ilaretara bidaltzeko scriptetan linea hau erabili:


/software/bin/math < input > output


non input Mathematicarako aginduak dituen artxiboa da eta output ftxeroan pantailako irtera gordeko da.


Informazio gehiago


Mathematica home page.


Lineako dokumentazioa.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Matlab
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Erabilera anitzeko matematika-programaren 7.9 (2009b) bertsioa Opteronetan eta 7.12 (2010a) Xeonetan (inkopatibilitateak direla eta). Osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Matlab script direlakoak).


Nola erabili


Bakarrik eskuragarri dago opteron eta xeonentzako beraz [intlink id=”835″ type=”page” anchor=”opt”]Maizetik[/intlink] edo [intlink id=”835″ type=”page” anchor=”xeon”]Guinnessetik[/intlink] (gomendatuta) erabili behar duzue. [intlink id=”48″ type=”post”] Ikus zerbitzarietara nola konektatu[/intlink]. Interfaze grafikoa honekin exekuta daiteke:


matlab


Ilaretara bidaltzeko scriptetan linea hau erabili:


/software/bin/matlab < input_file > output_file


input_file Mathematicarako aginduak dituen artxiboa da eta out_filera bideratzen da irtera estandarra. Arazoak izan ditugu 169 lerro baino gehiago dituzten .m programekin. Idukiz gero beste .m programa baten bitartez deitzen badira arazoa ebazten da.


Kalkulua [intlink id=”661″ type=”post”]nodoetara bidaltzeko[/intlink] opteron edo xeon etiketa erabili behar da. Beste aldetik bakarrik bi lizentzia ditugu momentuz eta beraz kola berezia sortu dugu nodoetako lanak ez daitezen hil lizentzia arazoengatik. Beraz, lerro hauek gehitu behar dira zuen scriptei Adibidez:


#PBS -q matlab
#PBS -l nodes=1:ppn=1:xeon


edo Opteronetara bidaltzeko


#PBS -q matlab
#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron


Benchmarkak


[intlink id=”1421″ type=”post”]Octave, Scilab eta Matlab konparatzeko benchmark batzuk[/intlink] egin dira.


Toolboxes


Ezyfit toolbox askea instalatu egin da.


Optimization matlabeko toolboxa instalatu egin da.


Statistics matlabeko toolboxa instalatu egin da.


Informazio gehiago


Matlab home page.


Lineako dokumentazioa.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Scilab
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Ezaugarri Orokorrak


Zenbakizko kalkuluko programa matematikoaren 5.1.1 bertsioa Itanium, Opteron eta Pendulo nodoetan eta 5.2.2 bertsioa Xeonetan. Interfaz grafikoa bakarrik Pendulon eta Guinnessen eskuragarri dago. Matlab-en antzekoa funtzionalitateei dagokienez. Ondokoentzako tresnak ditu:


    

  • 2D eta 3D bistaratzea.
    • 

  • Programazio hizkuntza (scripts de scilab).
    • 

  • Ekuazio diferentzialak ebaztea.
    • 

  • Sistema hibridoen modelizatzaile eta simulatzailea: seinale tratamendua, kontrol sistemak, sistema biologikoak…
    • 

  • Algebra simbolikoa (Maple).
    • 

  • …
    • 



Nola Exekutatu


scilab


eta interfaz grafikoa irekiko du Pendulon eta terminal bat maizen. Ilaretara jaurtitzeko script-etan


/software/bin/scilab -f script_scilab > output_file


erabili, hemen script_scilab Scilab-entzako aginduak dituen fitxetegia da.


Informazio Gehiago


Informazio eta dokumentazio gehiago Scilabi buruz Scilab home page.


Benchmarkak


Benchmark batzuk egin ditugu Scilab, Octave eta Matlab konparatuz zerbitzuko makinetan. Benchmark handi bat egin dugu eta beste bat berdina baina txikiagoa Pendulon egin ahal izateko. Lehenengo taulan puntuen laburpen bat daukagu eta bigarrenean eta hirugarrenean denbora emaitzak daude.



Tabla 3: Benchmark handien laburpena. Puntuazioa benchmarketan lorutako 3 scoreeen batezbesteko geometrikoa.












Octave
Scilab
Matlab





Itanium
Opteron
Xeon
Opteron
Xeon
Opteron
Xeon




Total score
47.6
31.4
14.5
31.6
15.6
22.0
9.5














Laburbilduz, Matlab eta Octaveko azken bertsioek Xeon nodoetan antzerako errendimendua dute (bukleen ejekuzioan ezik, irakurri beherago). Scilab %50 mantxoagoa da gutxi gora behera. Makinei begiratuta Xeon berriek Opteronak edo Itaniumak bikoizten dute errendimenduan. (NOTA: Scilab eta Octave konpilatu eta optimizatuta daude eta instalatzen diren binarioak baino bi aldiz azkarragoak dira)


3. taulan programa bakoitzak lortutako puntuazioa ikusten dugu. Xeonetan zentratuko gara. Horietan badirudi Matlab azkarrena dela baina denboretan fijatzen bagara 4 taulan ikusten dugu Octave antzerako denborak dituela Programation 4 benchmarkean ez ezik, non Octave oso gaizki doa. Benchmark honetan bukleak exekutatzeko denbora neurtzen da Toeplitz matriz bat zortuz. Matlaben teknologiak bukleak oso azkar exekutatzen ditu baina Octavek ez. Horregatik bukleen ordez operazio vektorialak edo funtzioak erabiltzea gomendatzen da (Adibidez, Octaven toeplizt(c,r) funtzioa erabiliz benchmark horretan ez du ia denborarik behar).


Benchmark txikian Pendulo ere neurtu dugu Opteron eta Itanium nodoen errendimendua lortuz gutxi gorabehera. Pendulon Octave eta Scilab ez dira konpilatu, binarioak instalatu dira


Matlabeko lizentzia kopurua limitatua da, baina Scilab edo Octave dohanik dira eta asko kalkulatu behar bada ez dauka lizentzien edo prozesuen muga.



Tabla 4: Benchmark handiaren emaitzak segundutan. Scorea batezbesteko geometrikoa da emaitza txarrena eta hoberena kenduta. Bukaeran benchmarkak deskribatzen dira. ++ oso denbora handiak dira eta ez dira kontutan hartzen bataz bestekoan.












Octave
Scilab
Matlab





Itanium
Opteron
Xeon
Opteron
Xeon
Opteron
Xeon




Matrix calculation











Matrix calc	1
108.6
35.9
12.8
93.0
33.2
24.5
12.4




Matrix calc	2
49.5
3.8
7.5
9.8
9.3
18.1
13.4




Matrix calc	3
122.3
32.8
25.1
27.8
25.6
24.8
18.4




Matrix calc	4
72.2
137.0
41.5
172.1
80.2
132.8
40.8




Matrix calc	5
37.2
42.5
17.9
40.0
18.0
54.8
18.7




Score
72.9
36.8
17.9
46.9
24.8
32.1
16.6




Matrix functions











Matrix func	1
2.6
1.2
0.5
11.0
0.9
1.7
0.6




Matrix func	2
153.5
99.5
37.2
290.9
71.8
124.0
39.9




Matrix func	3
48.1
50.8
22.1
48.1
21.6
65.8
23.0




Matrix func	4
57.1
72.8
29.1
66.1
29.8
106.5
32.8




Matrix func	5
32.1
42.9
16.1
39.7
16.3
51.0
16.5




Score
44.5
54.1
21.8
50.2
21.9
71.0
23.2




Programation











Programation	1
4.7
2.2
1.4
2.8
1.7
4.7
3.1




Programation	2
48.1
22.2
5.3
18.4
5.7
13.7
6.4




Programation	3
3.9
1.5
0.4
3.7
1.3
1.6
0.6




Programation	4
161.2
76.2
66.1
35.5
35.6
0.1
0.0




Programation	5
++
++
++
++
++
++
++




Score
33.2
15.5
7.8
13.4
7.0
4.7
2.2















Tabla 5: Benchmark txikiaren emaitzak segundutan. Scorea batezbesteko geometrikoa da emaitza txarrena eta hoberena kenduta. Bukaeran benchmarkak deskribatzen dira.












Octave
Scilab
Matlab





Pendulo
Itanium
Opteron
Xeon
Pendulo
Opteron
Xeon
Opteron
Xeon




Matrix calculation













Matrix calc	1
2.2
3.1
2.4
1.0
4.3
5.6
2.8
2.1
1.1




Matrix calc	2
0.9
5.2
0.3
0.7
1.1
1.1
0.9
1.2
1.2




Matrix calc	3
1.5
1.8
1.4
1.3
1.9
1.8
1.3
1.0
0.9




Matrix calc	4
1.8
1.8
3.8
1.2
18.4
6.4
2.3
3.0
1.2




Matrix calc	5
1.0
2.5
1.4
0.6
3.5
1.7
0.6
1.6
0.6




Score
1.4
2.4
1.7
0.96
3.1
2.6
1.7
1.6
1.1




Matrix functions













Matrix func	1
0.4
0.63
0.4
0.2
0.9
2.6
0.5
0.8
0.3




Matrix func	2
3.0
3.3
4.3
1.9
7.5
9.4
2.3
4.3
2.0




Matrix func	3
1.1
1.0
1.6
0.7
4.3
1.6
0.6
1.6
0.7




Matrix func	4
1.3
1.3
2.0
0.9
5.2
2.7
0.9
2.3
0.9




Matrix func	5
0.9
0.7
1.2
0.5
3.2
1.6
0.5
1.2
0.5




Score
1.1
1.0
1.6
0.65
4.2
2.2
0.67
1.7
0.66




Programation













Programat.	1
0.5
0.6
0.6
0.4
0.6
0.8
0.5
1.1
0.9




Programat.	2
30.0
2.6
3.9
1.1
4.3
3.5
1.2
2.6
1.3




Programat.	3
0.6
0.3
0.4
0.1
1.0
1.2
0.4
0.3
0.2




Programat.	4
8.2
14.3
7.2
5.8
3.3
3.7
3.2
0.0
0.0




Programat. 5
24.0
27.8
36.0
14.8
67.8
57.4
33.2
38.9
17.5




Score
4.9
2.8
2.6
1.4
2.4
2.5
1.3
0.9
0.58














Benchmarken deskribapena.






Matrix calculation





Matrix calc
Creation, transp., deformation of a matrix.




Matrix calc
Normal distributed random matrix ˆ1000.




Matrix calc
Sorting of random values.




Matrix calc
Cross-product matrix (b = a’ * a).




Matrix calc
Linear regression over a matrix (c = a b’).




Matrix functions





Matrix func
FFT over random values.




Matrix func
Eigenvalues of a random matrix.




Matrix func
Determinant of a random matrix.




Matrix func
Cholesky decomposition of a matrix.




Matrix func
Inverse of a random matrix.




Programation





Programation
Fibonacci numbers calculation (vector calc).




Programation
Creation of a Hilbert matrix (matrix calc).




Programation
Grand common divisors of pairs (recursion).




Programation
Creation of a Toeplitz matrix (loops).




Programation
Escoufier’s method on a matrix (mixed).





	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Coin-or
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Konpilatu egin da [intlink id=”5252″ type=”post”]CPLEX[/intlink] erabiliz.


Nola erabili


blis, cbc, clp, OSSolverService eta symphony programak /software/bin/CoinAll karpetan daude. Adibidez, clp erabiltzeko exekutatu torque skriptetan


/software/bin/CoinAll/clp


Informazio gehiago


Coin-or home page.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			GAP
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Algebra diskreturako lengoaia matematikoaren 4.4 bertsioa.


GAP 2.5 aldiz astiroago da itanium nodoetan opteron-etan edo core2duo-etan baino. Gomendatzen dizuegu interaktibon Maiz edo Péndulon exekutatzea.


gap komandoa zuzenean exekutatu daiteke. Defektuz 512 MBetako lan ingurua erabiltzen du. Kola sistemako scriptetan beharrezkoa bada memoria hau handitzea -m erabili behar da, adibidez:


/software/bin/gap -m 900m < input-file > output-file


non input-file fitxeroak GAPentzako aginduak baititu, output-file fitxeroak pantailan erakusten dena gordetzen du eta 900 MBetako lan ingurua sortzen da GAPentzako.


Informazio eta dokumentazio gehiago GAP web orrialdean.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			HTK
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Markoven ezkutuko ereduekin lan egiteko programaren 3.4.1 bertsioa. Batez ere mintzamenaren azterketaren ikerkuntzan erabiltzen da.


Bakarrik Péndulon eta Opteron nodoetan instalatuta dago.


Programaren bat exekutatzeko erabili adibidez:


/software/bin/HDecode


Informazio gehiagorako HTK web orrialdea.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Matplotlib
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Python-entzako liburutegi matematikoak. Numpy liburutegiak eta ipython interpretea ere instalatu dira.


Python berriz konpilatu behar izan da eta erabili behar dira exekutatzen:


/software/bin/python


o directamente ipython con


/software/bin/ipython


Informazio gehiago


Matplotlib web orrialdea.


Numpy web orrialdea.


ipython web orrialdea.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Grace
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


5.1.19 bertsioa instalatuta dago. Datu numerikoak bi dimentsiotan irudikatzeko aukera ematen du. Grafikak egiteko Grace WYSIWYG (What you see is what you get, hau da, Ikusten duzuna da Lortuko duzuna) motako programa da.


Ez dago maizen instalatuta. Erabiltzeko honako agindua exekutatu behar da:


xmgrace


Informazio gehiago


Informazio gehiago eta dokumentazioa Grace web orrialdean.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			P4VASP
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


P4Vasp VASPekin egindako kalkuluen egitura, dentsitate elektronikoak… bistaratzeko pakete bat da


Nola erabili


Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu  aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal  dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola  konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.


Erabiltzeko exekutatu


p4v


Informazio gehiago


P4Vasp Homepage

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			MOLDEN
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Molden egitura eta dentsitate elektronikoak bistaratzeko pakete bat da; programa hauetako formatuak irakurtzen ditu Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… Radboud University Nijmegen uniertsitatean garatua. 4.4 bertsioa dago eskuragarri. Exekutatzekomolden idatzi besterik ez da egin behar.


Nola erabili


Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.


Molden exekutatzeko erabili


molden


Informazio gehiago


Molden Homepage eta lineako manuala.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			XMakemol
		

		
		

			Kalkulu Softwarea					

	


		

		
Informazio orokorra


Xmakemol egitura atomikoak ikusteko pakete bat da. Eskuragarri dagoen bertsioa 5.14 da.


Nola erabili


Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu  aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal  dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola  konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.


Exekutatzeko, hau erabili


xmakemol


Informazio gehiago


XMakemol Homepage.


Eskuliburua linean.

	

	
	

		
			



							


	

		
				

			Gamess Lanak Nola Bidali
		

		
		

			F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko					

	


		

		


Informazio Orokorra


12 JAN 2009 (R1)  bertsioa dago instalatuta.




send_gamess Agindua


send_gamess agindua erabiltzea gomendatze dugu Gamess lanak bidaltzeko. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El el *.log se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto.


send_gamess nola erabili


send_gamess trabajo num_nodos num_proc tiempo MEM (opciones del TORQUE)


non:






trabajo:
gamess programaren sarrera fitxategia da extensiorik gabe.




cola o tiempo:
Kolaren izena edo denbora adierazi daitezke atal honetan. Denboraren formatoa hh:mm:ss izan behar da.




num_nodos:
Erabiltzea nahi den nodo kopurua.




num_proc:
el número de procesadores que se quiere usar. Máximo 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb




mem:
La memoria en Gb. Si no se especifica, el valor por defecto es nproc*900mb.




(opciones del TORQUE)
Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestros de colas TORQUE. [intlink id=”244″ type=”post”]Más información sobre estas opciones[/intlink]






Adibideak:


send_gamess ti3_cor 1 8 90:00:00 4


Enviará el trabajo ti3_cor en 1 nodo, con 8 procesadores, 90 horas de duración y 4Gb de memoria RAM.


send_gamess ti3_cor 4 8 190:00:00 16

Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos, y 8 procs en cada nodo, solicitando 190 horas y 16gb de memoria RAM.


send_gamess ti3_cor 4 4:itanium4 23:00:00 4 ``-m be -M niris@ehu.es -W depend=afterany:4827''


Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos con 4 procesadoeres que tengan la propiedad itanium4, 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.


Kalkulua jarraitzeko


Para poder visualizarlo, tenemos disponibles las herramientas


Para relaizar el seguimiento del trabajo existen las herramietas remote_vi y remote_molden. Su uso el el siguiente:


remote_vi 2341

o

remote_vi 2341.arinab


donde 2341(/.arinab) es el identificador del trabajo en la cola.


qsub interaktiboa


También se puede lanzar gamess con el comando [intlink id=”233″ type=”post”]qsub interactivo[/intlink].