XcrysSDen es un programa de visualización de estructuras cristalinas y moleculares. Dibuja isosuperficies y contornos que pueden ser superpuestas a las estructuras cristalinas y rotadas y manipuladas interactivamente.
Para usar XCrySDen ejecutar:
xcrysden
Es necesario poder abrir aplicaciones gráficas ([intlink id=»48″ type=»post»]ver acceso a los servidores[/intlink])
Versión 5.0.9 de Gaussview, interfaz gráfica para la creación y análisis de trabajos de [intlink id=»12″ type=»post»]Gaussian[/intlink]. Para su uso basta con ejecutar:
gv
Se recomienda usarlo en Guinness a través de NX-Client. Para ver como configurarlo correctamente seguir esta guía paso a paso.
VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.
Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.
Para usar VMD ejecutar en la terminal
vmd
Maestro is the unified interface for all Schrödinger software. Impressive rendering capabilities, a powerful selection of analysis tools, and an easy-to-use design combine to make Maestro a versatile modeling environment for all researchers.
En los servidores Guinness y Péndulo está instalada la versión 9.0, en Maiz la versión 8.5. Recomandamos usar Maestro en el servidor Guinness, es el servidor más nuevo y el que soporta las últimas versiones de Maestro.
Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.
Para ejecutar Maestro usar en la terminal
maestro
P4vasp es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas,…de cálculos de VASP.
Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.
Para su ejecución, simplemente ejecutar
p4v
P4Vasp home page.
Molden es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas, que lee los formatos de los siguientes programas Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… desarrollado en la Radboud University Nijmegen. La versión disponible es la 4.4.
Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.
Para usar Molden ejecutar en la terminal
molden
Xmakemol es un paquete para visualizar estructuras atómicas. La versión disponible es la 5.14.
Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.
Para su ejecución, simplemente usar
xmakemol
NX es un servidor de terminal o conexión gráfica remota. Sirve para desde nuestro PC o PDA poder ver las aplicaciones gráficas ejecutadas en Maiz, Guinness, Péndulo,…. Tiene la ventaja de comprimir el tráfico, cachear información,…lo cual reduce las comunicaciones y lo hace muy adecuado para conectarse desde casa. Es válido para Windows, linux, Mac,….
Es necesario instalar el cliente en nuestro PC y ejecutarlo para conectarse a los servidores de cálculo. Este documento es una guía para instalar y configurar el cliente NX para conectarse a las máquinas del Servicio.
Página web para descargar el cliente NX.