Ikusi ingelesezko orrialdea.
Kategoriaren artxiboa: Software_eu
Conda Inguruneak
Ikusi ingelesezko orrialdea.
PHENIX
Informazio orokorra
PHENIXen dev-2229 (1.10 baino altuagoa) bertsioa (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX X izpiak eta beste metodoak erabiliz egitura makromolekularrak lortzeko softwarea da. [intlink id=”1975″ type=”post”]AMBER[/intlink]ekin erabiltzeko prest dago.
Nola erabili
Interfaz grafikoa Guinnessen exekutatzeko erabili:
phenix &
PHENIX kola sisteman exekutatzeko lehengo source aginduarekin PHENIXen ingurunea kargatu behar da. Adibidez exekutatu:
phenix.xtriage my_data.sca [options]
Informazio gehiago
PHENIX web orrialdea.
Documentazio web orrialdea.
Documentazioa pdf-n.
MCCCS Towhee 7.0.2
Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.
Informazio orokorra
Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).
Nola erabili
send_towhee
- Towhee ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
- send_towhee OUT NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
| JOBNAME: | Outputaren izana da |
| NODES: | Nodo kopurua. |
| PROCS: | Prozesagailu kopurua |
| TIME: | Kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan. |
| MEM: | Aukerakoal. Memoria Gb-etan( 1GB/core-ko esleituko du adierazten ez bada). |
| [``Other Torque Options'' ] | Optional. Kola sistemari adierazi nahi zaizkion beste hainbat aukera. Ikus azpian adibidea.. More information about this options |
Adibideak
send_towhee OUT 1 4 04:00:00send_towhee out 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'send_towhee OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''Lanen Monitorizazioa
Towhee lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.
remote_vi JOBID
send_towhee-n adierazitako output fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_towhee-rekin bidali bada soilik).
LAMMPS
LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.
Informazio orokorra
LAMMPS dinamika molekular klasikoak egiteko kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.
Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.
Nola erabili
send_lmp
- LAMMPS ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
- send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
| JOBNAME: | Is the name of the input with extension. |
| NODES: | Number of nodes. |
| PROCS: | Number of processors. |
| TIME: | Time requested to the queue system, format hh:mm:ss. |
| MEM: | Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set). |
| [``Other Torque Options'' ] | Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system. See examples below. More information about this options |
Adibideak
- Job1 lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
send_lmp job1.in 1 4 04:00:00- Lana 2 nodo eta 8 prozesagailutara eskatutako denbora 192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu, 8 GB, eta lana ez da 1234. lana amaitu aurretik martxan jarriko.
send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'- Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''Lanen Monitorizazioa
LAMMPS lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.
remote_vi JOBID
*. out fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).
Informazio gehiago
Gaussview
5.0.9 bertsioa. [intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian[/intlink] lanak prestatzeko eta aztertzeko interfaz grafikoa da. Erabili ahal izateko exekutatu:
gv
NX programaren bitartez Guinnessen erabiltzea gomendatzen dizuegu. NX zuzen konfiguratzeko jarraitu pausoz pauzo guida hau.
Turbomole
Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.
Informazio Orokorra
Katalisi homogeneo, heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa, hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:
- DFT (LDA, GGA, híbridos).
- Erantzun funtzioak (HF, DFT).
- spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
- Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
- Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak) CC2.
- Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
- Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
- NMR.
- C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
- ab initio dinamika molekularrak.
Nola Erabili
Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu [intlink id=”4727″ type=”post”] Turbomole nola bidali[/intlink].
TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:
TmoleX
Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:
turbomole_stop 1111
Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.
Informazio gehiago
Orca
Informazio Orokorra
Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT ugari ditu.
Nola Erabili
Exekutagarriak /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.
Benchmarkak
Orca (B3LYP optimizazioa) kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.
| Cores Xeon | Denbora | Speed Up | Eraginkortasuna |
| 1 | 3438 | 100% | |
| 8 | 498 | 6.9 | 86% |
| 16 | 316 | 10.90 | 62% |
| 32 | 218 | 15.77 | 50% |
Eskura kagoen kalkulu softwarea
Quantum MechanicsKola etiketak |
Katramila xeon,rh7,xeon20 |
Guinness xeon,oxeon |
Kalk2017 xeon,rh7,xeon28 |
||
| [intlink id=”1659″ type=”post”]Abinit[/intlink] |  |
|
|||
| [intlink id=”1599″ type=”post”]ADF[/intlink] | 2017.110 | 2017.110 | 2017.110 | ||
| [intlink id=”1677″ type=”post”]BigDFT[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1959″ type=”post”]Casino 2.4[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1549″ type=”post”]Dirac 08[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1627″ type=”post”]Espresso[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1569″ type=”post”]Gamess Jan 2009 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian 03 & 09[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2043″ type=”post”]Jaguar[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1893″ type=”post”]MIKA .81[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2071″ type=”post”]NBO 5[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2348″ type=”post”]NWChem 6.3[/intlink] | 6.3 | |
|||
| [intlink id=”4545″ type=”post”] Orca 3.0.3 [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”8850″ type=”post”]PSI4[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”8091″ type=”post”]Qbox[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2085″ type=”post”]Qsite[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 2.0.1[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 3.0[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1607″ type=”post”]TB-LMTO 4.6 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”4697″ type=”post”] Turbomole 6.6 [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2358″ type=”post”]VASP[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1641″ type=”post”]Wien2K[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1667″ type=”post”]Yambo 3.2.2 [/intlink] | |
|
|||
Biochemistry / Molecular Mechanics |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1975″ type=”post”]Amber[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2035″ type=”post”]DL_POLY [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”2003″ type=”post”]Gromacs[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”5759″ type=”post”]GULP 4.0 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5719″ type=”post”]LAMMPS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2057″ type=”post”]Macromodel[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”2021″ type=”post”]NAMD 2.6 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5953″ type=”post”]Towhee 7.0.2[/intlink] | |
||||
Matematika eta Grafikoak |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1401″ type=”post”] Coin-or [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”5252″ type=”post”] CPLEX [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1367″ type=”post”]Grace 5.1.19 [/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1447″ type=”post”]Mathematica [/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1433″ type=”post”]Matlab [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1375″ type=”post”]Matplotlib[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.3 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.4 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8633″ type=”post”]R, RCommander eta RStudio[/intlink] | 3.3.3 | 3.3.2 | 3.3.3 | ||
| [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.1.1 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.2.2 [/intlink] | |
||||
Genetika |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
Kola Etiketak |
xeon20 rh7 |
oxeon xeon12 xeon8 |
xeon28 rh7 |
||
| [intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1483″ type=”post”]BEAST[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”6011″ type=”post”]BLAST[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2Go[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”6121″ type=”post”]Clean_reads[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5897″ type=”post”]CLUMPP[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7668″ type=”post”] Cufflinks [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5921″ type=”post”]Genepop[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8067″ type=”post”]IDBA-UD[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”7975″ type=”post”]MetAMOS[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7877″ type=”post”]QIIME[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8037″ type=”post”]SPAdes[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”5861″ type=”post”]Structure[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7660″ type=”post”]TopHat [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7113″ type=”post”]Trinity[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”7748″ type=”post”]USEARCH[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] | |
||||
Bisualizazio Softwarea |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”5370″ type=”post”] Gaussview[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”3538″ type=”post”] Maestro [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1279″ type=”post”] Molden [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”2133″ type=”post”] NX client[/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”1357″ type=”post”] P4VASP [/intlink] | |
|
|||
| x2Go | |
|
|||
| [intlink id=”5532″ type=”post”] XCrysDen [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1267″ type=”post”] Xmakemol [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”3558″ type=”post”] VMD[/intlink] | |
|
|||
Beste Softwarea |
Katramila (xeon,rh7,xeon20) |
Guinness (xeon,oxeon) |
Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) |
||
| [intlink id=”1393″ type=”post”] GAP 4.4 [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”5475″ type=”post”] Gretl [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1383″ type=”post”] HTK 3.4.1 [/intlink] | |||||
| [intlink id=”1865″ type=”post”] NCL-NCAR [/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1587″ type=”post”] OOMMF [/intlink] | |
|
|||
| [intlink id=”6888″ type=”post”] PHENIX[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”8522″ type=”post”] SCIPION[/intlink] | |
||||
| [intlink id=”1457″ type=”post”] STAR-CCM+[/intlink] | |
|
|
||
| [intlink id=”1879″ type=”post”] WRF 3.1 [/intlink] | |