send_nwchem
send_nwchem komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko. Usage:
send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [“Other queue options”]
JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.
job1 lana, itaniumb nodo batean eta 4 prozesadoretan bidalzteko:
send_nwchem job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
- job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 8 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu.
send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
- job2 lana 4 nodo 4 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako Ram memroia eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.
send_nwchem job2 32 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''
send_nwchem aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -2 edo nodo gehiago erabiliz gero- kopiatuko du, kalkulua bertan burutuko da. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera
Qsub interaktiboa
Exekutatzen bada
qsub
[intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboan[/intlink] sartuko gara eta galdera batzuk egingo dizkizu
Lanen jarraipena
send_nwchem edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:¡
remote_vi:gvim erabiliz, nwchem kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_molden: moldenl erabiliz, siesta kalkuluaren *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol: xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.md.xyz fitxategia irekiko digu.
remote_qmde: xmgrace programarekin dinamika molekularra egiten ari den NWchem kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.
Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik.
Adibideak
remote_vi 1243 remote_xmakemol 2390 remote_molden 2390 remote_qmde 3432
ECCE 4.0.2
(Extensible Computational Chemistry Environment) NWchem talde bera garatutako programa (ECCE Homepage). Grafikoki NWchem, Gaussian eta beste kimika kuantikako programentzako inputak sortzeko da. Erabiltzeko exekutatu:ecce &Maiz-etik erabiltzea gomendatzen dizuegu erabiliz.