Comando send_gauss
El comando send_gauss
envía los cálculos con g09.
Recomendamos el uso del comando send_gauss
. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendrá en el /scratch
del nodo de remoto, pero send_gauss
envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_vi
y remote_molden
(ver más abajo).
modo de uso del comando send_gauss
es el siguiente:
send_gauss trabajo cola_o_tiempo num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
donde:
trabajo
: Es el nombre del input de gaussian sin la extensión (*.com).cola o tiempo
: Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).num_proc
: El número de procesadores que se quiere usar por nodo, ha de ser igual o menor de 8 o un múltiplo de 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumbmem
: la memoria en GB.- [
opciones de TORQUE
]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.
Ejemplos
send_gauss h2o p_slow 8
Enviará el trabajo h2o en 1 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).
send_gauss h2o p_slow 16 20
Enviará el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadoresencada uno a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.
send_gauss h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''
Enviará el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno, con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.
Comando qsub interactivo
Si se ejecuta simplemente qsub
sin añadir ninguna orden más:
qsub
este entrará en modo interactivo, nos realizará unas preguntas simples, que nos guiará en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. Más informacián en [intlink id=»233″ type=»post»]qsub interactivo[/intlink].
qsub tradicional
Podemos construir nuestro propio script para Torque. [intlink id=»237″ type=»post» target=»_blank»]En este enlace[/intlink] hay ejemplos adecuados.
Seguimiento del trabajo
Existen las herramietas remote_vi
y remote_molden
, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usar send_gaussian
o qsub interactivo
. Su uso el el siguiente:
remote_vi 2341 remote_molden 2341
o
remote_vi 2341.arina remote_molden 2341.arina
donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.