Información general

SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads. Supports paired-end reads, mate-pairs and unpaired reads. SPAdes can take as input several paired-end and mate-pair libraries simultaneously. Note, that SPAdes was initially designed for small genomes. It was tested on single-cell and standard bacterial and fungal data sets.

Cómo usar

Para enviar trabajos a la cola se puede usar el comando

send_spades

que realiza unas preguntas para configurar el cálculo.

Rendimiento

No se ha medido ninguna mejora ni reducción del tiempo de cálculo configurando más de un core en un tipo de cálculo:

spades.py -pe1-1 file1 -pe1-2 file2 -o outdir

Recomendamos usar 1 core a menos que se sepa que se va a obtener un mejor rendimiento con más cores.

Más información

Página web de SPAdes.