Información general
USEARCH is a unique sequence analysis tool that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros y tiene la limitación de 4 GB de RAM como máximo.
Cómo usar
Para ejecutar USEARCH ejecutar en los scripts el comando
/software/bin/usearch
por ejemplo
/software/bin/usearch -cluster_otus data.fa -otus otus.fa -uparseout out.up -relabel OTU_ -sizein -sizeout
Por el momento USEARCH solo está disponible en los nodos con etiqueta xeon20.
QIIME
USEARCH puede ser empleado bajo [intlink id=»7686″ type=»post»]QIIME[/intlink].
Más información
[intlink id=»7686″ type=»post»]QIIME[/intlink].