Información general

Versión 1.2.03. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

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Cómo usar

Para ejecutar velveth o velvetg en el sistema de colas Torque añadir en los scripts:

/software/bin/velvet/velveth [opciones de velvet]

/software/bin/velvet/velvetg [opciones de velvet]

Rendimiento

Velvet ha sido compilado con soporte paralelo a través de OpenMP. Hemos medido el rendimiento y los resultados están disponibles en la memoria Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU. Velvet usa una enorme cantidad de memoria RAM para grandes cálculos y también la hemos medido. Hemos obtenido unas simples fórmulas para predecir el uso de memoria RAM en función de los ficheros de entrada de modo que el investigador pueda planificar su investigación.

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Más información

Página web de Velvet.
Memoria sobre el rendimiento Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.
Entrada en el blog hpc: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.