Towhee es un código de Monte Carlo (libre) de simulación molecular diseñado originalmente para la predicción de equilibrio en fluidos utilizando campos de fuerza basados en átomos.
Información General
Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadistícos l (NVT, NpT, uVT, NVT and NpT) varios pasos Montecarlo y también diferentes campos de fuerza. (Más información).
Cómo Usar
send_towhee
- Para enviar Towhee en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_towhee. Cuando se ejecuta,
se muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: - send_towhee JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
| JOBNAME: | Nombre del Output. |
| NODES: | número de nodos. |
| PROCS: | Número de procesadores. |
| TIME: | Tiempo solicitado al sistema de colas: formato hh:mm:ss. |
| MEM: | Opcional. Memoria en Gb ( It will used 1GB/core if not set). |
| [``Other Torque Options'' ] | Opcional. Otras opciones que se quieran pasar al sistema de colas. More information about this options |
Ejemplos
Enviamos la entrada Towhee a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado. El output generado estara en el fichero OUT
send_gulp OUT 1 4 04:00:00
Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:
send_gulp OUT 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
Enviamos el Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .
send_gulp OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''
El comando send_gulp copia el contenido del directorio desde donde se envió el trabajo al /scratch o /gscratch, si utilizamos dos o más nodos, y ahí es donde se hace el cálculo.
Jobs Monitoring
Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos Towhee, se puede utilizar remote_vi
remote_vi JOBID
Nos muestra el archivo output indicado en send_towhee (sólo si ha sido enviado con send_towhee).