Información General
GULP es un programa para llevar a cabo una variedad de tipos de simulación de materiales a partir de las condiciones de contorno de 0-D (moléculas y clusters), 1-D (polímeros), 2-D (superficies, losas, …), o 3 -D (sólidos periódicos). El objetivo del código es una solución analítica, a través del uso de la «dinámica de red» (cuando sea posible) en lugar de dinámica molecular. Se pueden utilizar una gran variedad de campos de fuerza dentro de GULP que abarca el modelo de capas de materiales iónicos, la mecánica molecular para los sistemas orgánicos, el modelo del átomo embebido de los metales y el potencial REBO de hidrocarburos. Se incluyen derivadas analíticas por lo menos de segundo orden para la mayoría de los campos de fuerza, y de tercer orden para muchos.
Está instalado en guinness:/software/Gulp
Cómo Usar
Antes de usar GULP por favor verifica que cumplas las condiciones de uso.
send_gulp
- Para enviar GULP en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_gulp. Cuando se ejecuta,
se muestra la sintaxis de comandos, que se resume a continuación: - send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
| JOBNAME: | El nombre del input con extensión. |
| NODES: | Número de nodos. |
| PROCS: | Número de procesadores. |
| TIME: | Tiempo pedido al sistema de colas, formato hh:mm:ss. |
| MEM: | Optional. Memora en Gb (Si no se especifíca usará 1GB/core). |
| [``Other Torque Options'' ] | Optional. Otras . More information about this options |
Ejemplos
Enviamos la entrada GULP Job1 a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado:
send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00
Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:
send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
Enviamos el Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .
send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''
El comando send_gulp copia el contenido del directorio desde donde se envió el trabajo al /scratch o /gscratch, si utilizamos dos o más nodos, y ahí es donde se hace el cálculo.
Jobs Monitoring
Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos GULP, se puede utilizar remote_vi
remote_vi JOBID
Nos muestra el archivo *. out (sólo si ha sido enviado con send_gulp).