Arina klusterra

Baliabide Konputazionalak

Informazio orokorra

Kalkuluarko baliabideen laburpena

Arinak 3.728 kalkulu kore ditu 3.664 Xeon eta 64 Itanium2 koretan banatuta, nodo bakoitzak 16 eta 512 GB bitarteko  memoria duelarik. 4 Xeon nodoek bina Nvidia Tesla txartel dituzte, beste nodo batek bi Nvidia Kepler 20, eta badago beste bi Nvidia Kepler 40 txartel dituen bat ere. Hiru eraginkortasun handiko fitxategi sistema daude Lustren oinarrituta 4.2 TBetakoa, 22 TBetakoa eta 40 TBetakoa. Kalkulu nodo guztiak Infiniband latentzia txikiko eta banda zabaleko sarearen bitartzen konektatuta daude.

Arina UPV/EHU-ko HPC konputagailua

Beste baliabideak

Arina klusterrera konektatzeko 3 zerbitzari erabili daitezke: arina (intanium2), katramila eta guinness (xeon), Zerbitzariak ethernet sarea bati medio dago nodoei konektatua. Sare horren bitartez esportatzen da  /home katalogoa nodo guztietara, NFS protokoloa erabiliz. Gauero katalogo honen segurtasun-kopia egiten da (/home). Nodoren batek/home-an idazten badu, informazioa zerbitzarira bidali behar da NFS protokoloaren (motela) bitartez. Horregatik, ez da komeni kalkuluak egiterakoan direktorio hori erabiltzea, hobe da kalkuluak nodo bakoitzeko tokiko diskoetan egitea. Horretarako, nodoek 36 … 500 Gb bitarteko  diskoak dituzte, /scratch direktorioan. Ikusi ataleko ilaren sistema medio lanak nodora nola bidali [intlink id=”68″ type=”category”] ikusi ilara-sistema.[/intlink].

3 GB-eko diska kuota dago /home-ean erabiltzaile bakoitzeko. Hortik aurrera edukiera fakturatu egingo da. [intlink id=”71″ type=”category”]Ikus hemen[/intlink].

Nodoak ahalmen eta abiadura handiko Infiniband sarea medio daude konektatuta, kalkulua egiterakoan komunikatzeko.

Xeon nodoen ezaugarriak

  • Cluster BullX sistema operatiboa, Red Hat Linux AS 5, AS6 eta AS7.
  • 464 Xeon 5420 prozesadoreak 2.3 GHz-etara, 648 Xeon 5645 prozesadoreak 2.4 GHz-etara, 630 Xeon 2680v2 prozesadoreak 2.8 GHz-etara eta 32 Xeon 4620v2 prozesadorea 2.6 GHz-etara memoria handiko nodoan (512 GB) eta 2.8 GHz-etako baidaurako 1.876  Xeon 2680v4 core.
  • 24 eta 512 GB bitarteko  RAM memoria nodo bakoitzeko .
  • Infiniband QDR 40 Gb/s eta FDR 56 GB/s-etara banda zabalera handiko eta latenzia txikiko sarea.
  • Konpilatzeko zerbitzari nagusia Guinness eta Katramila.

GPGPUs nodoak

GPGPU nodoak aurrekoa bezalakoak dira:

  • Bi nodo bi Tesla 20 C2050 txartelekin, Xeon 5420 prozesadoreak 2.3 GHz-etara, 24 GB RAM eta bi Infiband QDR txartelak.
  • Bi nodo bi Tesla 20 C2070 txartelekin, Xeon 5420 prozesadoreak 2.3 GHz-etara, 24 GB RAM eta bi Infiband QDR txartelak.
  • Nodo bat bi Tesla 20  txartelekin, Xeon 2680v2 prozesadoreak 2.8 GHz-etara, 24 GB RAM eta Infiband FDR txartelak.
  • Nodo bat bi Tesla 40  txartelekin, Xeon 2680v4  prozesadoreak 2.8 GHz-etara, 128 GB RAM eta Infiband FDR txartelak.

Nodoen ezaugarri berariazkoak:

Kopurua Izena Mota S.E. Proc. Cores Abiadura RAM (GB) Diskoa (GB) Etiketa
1 Guinness Zerbitzaria RH6 2 8 2.3 GHz 12 — —
1 Katramila Zerbitzaria RH7 2 8 2.6 GHz 128 — —
1 cn3 Nodoa RH6 2 8 2.3 GHz 96 250 xeon,xeon8,xeonbull
17 cn4-cn20 Nodoa RH6 2 8 2.3 GHz 24 250 xeon,xeon8,xeonbull
36 cn21-56, Nodoa RH6 2 8 2.3 GHz 48 250 xeon,xeon8,xeonbull
4 cn57-60 gpu nodo RH6 2 8 2.3 GHz 24 450 xeon,xeon8,gpu,xeonbull
18 cn61-78 Nodoa RH6 2 12 2.4 GHz 48 250 xeon,xeon12,xeonbull
1 cn79 Nodoa RH6 2 12 2.4 GHz 96 250 xeon,xeon12,xeonbull
35 cn80-cn114 Nodoa RH6 2 12 2.4 GHz 24 250 xeon,xeon12,xeonbull
30 n1-n30 Nodo RH7 2 20 2.8 GHz 128 128 xeon,xeon20,,xeonbull,rh7
1 n31 Nodo RH7 2 32 2.6 GHz 128 1000 xeon,xeon20,,xeonbull,rh7
1 n32 Nodo GPU RH7 2 20 2.8 GHz 128 128 xeon,xeon20,gpu,,xeonbull,rh7
66 n1-nd14,nd16-nd67 Nodo RH7 2 28 2.8GHz 128 128 xeon,xeon28,rh7
1 nd15 Nodo GPU RH7 2 28 2.8GHz 128 128 xeon,xeon28,rh7,gpu

Nodo guzti hauek xeon etiketa dute. Kalkuluak egiterako garaian, nodo jakinak aukeratzeko erabili daitezke etiketak.

Itanium nodoen ezaugarriak

  • Cluster HP Integrity Server Red Hat Linux AS 4 sistema eraginkorrarekin.
  • 128 Itanium2 koreak 1.3 y 1.6 GHz-etara.
  • 4 eta 128 GB  bitarteko RAM memoria nodo bakoitzeko.
  • SDR eta DDR a 20 eta 10 Gb/s eta latenzia txikiko Infiniband sarea.
  • Konpilatzeko zerbitzaria: arina.

Ezaugarri berariazkoak:

Cantidad Nombre Tipo Proc. Cores Velocidad RAM (GB) Disco (GB) Etiqueta
1 Arina Servidor 2 4 1.6 GHz 8 — —
4 cndXX Nodo 4 8 1.6 GHz 16 550 itaniumb
10 cndXX Nodo 4 8 1.6 GHz 32 550 itaniumb
1 cnd43 Nodo 4 8 1.6 GHz 64 550 itaniumb

Nodo guztiak itanium etiketa dute. Kalkuluak egiterako garaian, nodo jakinak aukeratzeko erabili daitezke etiketak. [intlink id=”68″ type=”category”] Ikusi ilara-sistema.[/intlink].

Diska sitemaren ezaugarriak

Nodo bakoitzak dituen disko lokalez aparte (/scratch), Itanium eta Opteron nodoek HP-SFS diska sistema globala dute 4.7 TB-etako tamainarekin (Lustre teknologian oinarrituta dago) eta Xeon prozesagailuek 22 TB-etako Lustre diska sistema bat. Lustre biltegi sistema oso eraginkorra da paraleloan idazten baitu disko askotan.

  • Bere erabilera kalkuluetan erabiltzen diren aldi baterako fitxeroentzako da.
  • /gscratch bezala montatuta dago.
  • Bakarrik kalkulu nodoetatik idatzi/irakurri egin daiteke.
  • Fitxategi sistema bakarra da, hots, nodo guztiak direktorio bera ikusten dute.
  • Ez dira segurtasun kopiak egiten.
  • Oso egonkorra da eta erredundantea.

Bere erabilera gomendatzen dugu kasu hauetan

  • Programak asko idazten edo irakurtzen du.
  • Fitxeroak oso handiak dira disko localak erabili ahal izateko, gutxi gorabehera 8 GB erabilitako cpu bakoitzagatik.
  • Kalkulu bateko nodoak fitxero bera erabili behar badute, adibidez MPI lanak zenbait nodoetan.